到達日本後，鑒真曾受到孝謙天皇和聖武太上皇的隆重禮遇，754年2月1日，重臣藤原仲麻呂還親自在河內府迎接鑒真，2月4日，鑒真抵達奈良之後，便同另一位本土高僧統領日本佛教事務，封號“傳燈大法師”。
根據聖武和孝謙的意願，作為律宗高僧，鑒真就應當負起規範日本僧眾的責任。當時日本社會中存在一個相當普遍的問題，就是托庇佛門，以逃避勞役賦稅的現象。因此，孝謙下旨：“自今以後，傳授戒律，一任和尚”。但是，這引起了日本本國“自誓受戒”派的反對，尤其是興化寺的賢璟等人，更是激烈反對。於是，鑒真決定與其在興福寺公開辯論，在辯論中，鑒真做出讓步，承認“自誓受戒”仍可存在，但是作為正式認可的具足戒必須要有三師七證，結果賢璟等人都被折服，決定舍棄舊戒。於是鑒真便在東大寺中起壇，為聖武、光明皇太後以及孝謙之下皇族和僧侶約500人授戒。756年，鑒真被封為“大僧都”，統領日本所有僧尼，還在日本建立了正規的戒律製度。
年，曾經最支持鑒真孝謙天皇在宮廷鬥爭中失勢，被迫將位置傳給淳仁天皇。之後，鑒真也遭受到排擠。758年，淳仁天皇下旨，以“政事煩躁，不敢勞老”為名，解除了鑒真“大僧都”一職，並將在宮廷鬥爭中敗死的原皇太子道祖王的官邸賜給鑒真。次年，鑒真弟子在該官邸草成一寺，淳仁賜名“唐招提寺”，鑒真從東大寺遷居至此。淳仁還下旨，令日本僧人在受戒之前必須前往唐招提寺學習，使得唐招提寺成為當時日本佛教徒的最高學府。763年5月6日，鑒真在唐招提寺圓寂，人滅之前，其弟子為鑒真膜影，立夾漆像，傳世至今。
年，孝謙天皇鎮壓了惠美押勝之亂，重新登基。鑒真的弟子思托、法進等人相繼成為“大僧都”，唐招提寺也得以擴建，成為日本建築史上的國寶。在開創日本天台宗之前，鑒真所開創的四戒壇曾是日本佛教僧侶正式受戒的唯一場所。因此，鑒真被尊為日本律宗初祖。