但是對於總統，民眾越來越不滿，這種憤怒也在積蓄。終於在2000年的10月爆發了。成千上萬的民眾湧上馬尼拉的街頭，要求總統埃斯特拉達下台。
當時阿羅約和丈夫米格爾正在土耳其的伊斯坦布爾進行國事訪問。當聽到消息後，在菲律賓宗教領袖和眾多政治朋友的建議下，阿羅約果斷地與腐敗的上層劃清了關係，她辭職了。
10月17日她回到馬尼拉立即得到了民眾的支持。結果曾經作為政府副總統的她在這時候變成了最主要的反對派領導。
她沒有參加任何公開的反對總統的遊行，但是，她將和所有反對伊拉普的組織對話，努力去成立一個反對的聯盟。對一般的政治黨派，她的目的是調和所有的黨派團結起來，步調一致。
當然，阿羅約也有反對者。
對於所麵臨的問題阿羅約都一一化解，也逐漸得到更多民眾的認可。而這些認可的最終結果是把她推向了國家權力的頂峰——總統之位。
2001年1月20日，星期6正午，馬尼拉菲律賓最高法官喜萊裏奧·大衛主持了，53歲的原副總統格洛麗亞·馬卡帕加爾·阿羅約的總統就職大典。菲律賓第十四任總統就這樣誕生了。
她的就職演說辭很簡潔。有些人說，她的開場白是：“懷著最大的謙卑，我接受共和國總統的職位。”可是，另外有一些人說，她真正的說辭是：“我接受了這個特殊的榮譽和責任，擔任共和國的總統。”這是律師最喜歡的謎一樣的言辭。
她後麵的講話還是有爭議。一些人說，這是母性的傳統。但另一些人歡呼，這是一個革命性的召喚，摘要如下：
“人民力量和‘統一’的願望與展望，使新的開始成為可能。”
“為了新菲律賓的追求，我們從舊時代脫穎而出。”
“我們必須大膽地樹立我們國家的雄心，所以，此後的10年，我們與貧困的鬥爭將贏得勝利。”
“加盟我，讓我們把隔在我們之間的牆推倒吧。”
整個午間充滿了歡呼聲，在路口的人群，歡呼雀躍，迎接新禮物，這是上天賜給國家的，以此維持國家的新希望。
鞏固
2001年，阿羅約雖然登上了權利的頂峰，但她的地位並不完全鞏固。因為前總統埃斯特拉達也是民選總統，也有相當的支持者。
2001年4月25日下午，菲律賓反貪汙法庭向前總統埃斯特拉達發出逮捕令，罪名是不可以獲得保釋的侵害國家經濟罪。隨後，埃斯特拉達被關進了國警總部克楠美軍營裏。消息一傳出，激起了埃氏眾多支持者和崇拜者的強烈不滿，他們開始聚集在克楠美軍營附近的乙沙聖殿廣場聲援被囚的埃斯特拉達。這些聲援者多數來自大馬尼拉市，以貧民階層為主。
4月26日，在菲律賓的聖殿廣場，數量眾多的抗議者高舉埃氏的總統畫像和各類標語，情緒激昂地要求現政府立即放人，並高喊現總統阿羅約下台，但現場秩序很好，人們對外國媒體也很友善。這些集會者主要由幾類人組成，一是埃氏堅定而狂熱的支持者；二是認為阿羅約政權接替前政權違憲的質疑者，這部分人以正在享受假期的在校大學生為主；三是一些無所事事、無處可去、看熱鬧捧場的無業遊民，他們看見哪裏人多就奔過去看熱鬧；除此以外，希望賺點小錢的小攤販們也沒放過這個機會，他們穿梭在示威的人群中，不失時機地推銷著東西。
28日，在廣場上集會的人更多了。據把守在集會現場外邊路口的警察估計，抗議的人數已經達到了20萬。集會現場的氣氛熙熙攘攘，集會組織者更是直白地宣稱，是馬卡蒂金融中心區的富人們把埃斯特拉達趕下了台。顯然，與出身名門的阿羅約總統相比，埃斯特拉達更易為貧民們接受。
4月30日是阿羅約新政府滿百天的日子。5月1日淩晨2時半，一支5萬多人的示威隊伍來勢凶猛地衝過5層路障，圍攻和衝擊了阿羅約的總統府。暴亂者們用石塊木棒等攻擊前去維持秩序的軍警，但菲律賓軍警仍保持在民眾麵前“最大容忍”的一貫態度，結果一名被搶走手槍的警察被暴亂者打死。暴民們搶劫了總統府附近街道的店鋪，並放火燒了電視台的實況轉播車。總共有4人在衝突中死亡，上百人受傷。這起事件成為菲律賓15年來最嚴重的暴亂事件。