話說另一頭，路飛召集了幾個小夥伴，從路氏家族的隱秘基地翻出了祖傳的萬裏陽光號出海尋找曆史文本。
眾人在一個叫做風車村的地方登陸，在問詢風車村村長猿飛日斬一些信息後，眾人決定前往東京尋找曆史文本，在臨走之前，風車村上的博麗神社巫女靈夢告訴他們一路小心，因為東瀛野外有著八百萬妖怪肆虐，這讓路飛眾人大吃一驚。
在路上，因為巫女靈夢的告誡，眾人一路上小心翼翼，但還是遇到了諸如綠巨人，哥斯拉等等的強大妖怪，費勁好大一番功夫才將它們打敗，然而在一路上，路飛等人看到東瀛村莊人人安居樂業，夕陽餘暉下炊煙嫋嫋，不得不對東瀛民眾表示非常的佩服。
一行人在接近東京的時候，在野外救下了被一個叫做灰太狼的妖怪抓住的名為櫻桃小丸子的小女孩，櫻桃小丸子住在東京一個叫做學園都市的地方，鄰居是一位叫做江川戶柯南的青梅竹馬。
江川戶柯南對路飛救了自己的青梅竹馬非常的感謝，在路飛說出他們的目的後決定幫助路飛他們，雖然柯南並不知道曆史文本是什麼，不過他帶領路飛去到了東京城內的十一區，尋找一個號稱隻要有錢就能解決一切問題的萬事屋的老板阪田銀時。
阪田銀時是一個自帶滑稽笑臉的銀發男子，隻是當柯南路飛一行人到達萬事屋後，發現萬事屋的老板阪田銀時並不在家，問旁邊的鄰居一個叫做黑崎一護的男子才知道原來阪田銀時早上的時候就匆匆離開了。
經過柯南對萬事屋內痕跡一番精推細理的分析，知道阪田銀時最遲晚上就會回來，於是便在萬事屋女仆貞子和伽椰子的招待下等待阪田銀時的回歸。
然而到了夜晚，阪田銀時卻帶著一身血跡以及一個昏迷身受重傷的武士回到萬事屋中，在取得阪田銀時的信任後，眾人閑聊得知那個武士叫做緋村劍心，是東瀛國有名的劍聖，也是大名的貼身武士。
不久之後，緋村劍心便是醒來，告訴大家東瀛國大權已經被奧內斯特大臣所竊取，不久之後奧內斯特大臣就會安排一場意外讓年幼的大名魯魯修“意外”死去，然後發兵神州，完成一統世界的野心，奧內斯特大臣有東瀛國大將軍艾斯德斯的幫助，實力非常強大，希望眾人能夠助他一臂之力鏟除奧內斯特大臣，隻要解決了大臣，或許能夠在皇宮之中的古文之中找到曆史文本的線索。
不管是為了曆史文本還是為了神州的安危，路飛等人自然同意，與此同時柯南分析己方實力太弱，最好尋找一下盟友，於是眾人便是在阪田銀時的牽線下聯係到了夜襲組織，與夜襲組織的首領娜潔斯坦結為盟友，共同對付奧內斯特大臣。
經過智囊江川戶柯南的精密計算，眾人終於鏟除了野心家奧內斯特大臣，並且得到了大名魯魯修的召見。
夜襲首領娜潔斯坦拒絕了賞賜，帶領著組織眾人到妙木山隱居，而江川戶柯南則帶著貴族的爵位高高興興離開，緋村劍心最終也有情人終成眷屬娶到了魯魯修的妹妹禦阪美琴，至於阪田銀時，則是繼續和他的美侍女貞子和伽椰子過上沒羞沒躁的日子。
而路飛等人則趁機問魯魯修大名關於曆史文本的事，魯魯修沉默了一下，便是說道很小的時候確實聽過這事，接著便是召見護國陰陽師晴明，從陰陽師晴明口中得知，曆史文本在隱居大東瀛之內的上古忍村木葉忍者村內。
帶著大名的拜帖中人來到了木葉忍者村，並且得到了第五代火影綱手的熱烈款待。
在得知路飛等人的來意後綱手沉默了一下說道曆史文本的事她並不怎麼清楚，不過綱手告訴路飛可以去找村子裏麵的考古學家成龍，當年成龍，成小玉和老爹三人破解了十二符咒的秘密而名震忍界，或許他們會知道一些線索。
於是路飛眾人便去拜訪成龍，說明來意後成龍說他這這些年走遍忍界確實有一些線索，不過他現在有更重要的事，所以很抱歉，路飛等人好不容易才找到線索，自然不同意，在眾人的問詢下，成龍將一切緣由緩緩道來。
原來木葉忍者村曾經封印著一尾到九尾的九個大妖怪，但卻在不久前被一個帶著圈圈眼的白發男子奪走，白發男子說他叫做金木研，他要讓這個世界感受痛苦，要毀滅這個世界，為了世界的安慰，成龍必須阻止他，而成龍也說曆史文本與圈圈眼的上一代主人六道仙人有關，找到金木研或許會得到曆史文本的線索。