天子選擇的收場方式很含蓄，因為他選定的主審官是刑部何尚書。
當刑部尚書何喬新接到聖旨的時候，他就清楚皇帝究竟想要他怎麼幹。何尚書也是大有來頭的，他忠心勤奮，剛正耿直，曾經在河南任上，安撫過六萬多戶的流民，屬於典型的能臣幹吏。
他為官清廉，得罪人極多，和王恕是同道中人，王恕擔任吏部天官後，就推薦何喬新幹刑部這攤子活。刑部在六部中雖然地位相對不高，但也是三法司之一。劉吉一幫人屁股一向不幹淨，這樣一個對頭待在刑部，不是給自己找不痛快嗎？所以劉吉就曾百般阻撓。
所以何尚書是王恕的盟友，又是劉吉的對頭。這個案子劉吉可是幕後黑手呀，現在交給劉吉的仇人來審，天子這個安排，真是費了苦心了。
然後從犯人名單裏也可以看出來，兵部主事李文祥，是由王恕推薦進入兵部工作的。首犯湯鼎，當年正是他向天子上書召回王恕。而負責此案的刑部尚書何喬新，也是由王恕推薦來的。
犯案的是王恕的同道，辦案的也是王恕的同道，這麼個審法，可謂是不是一家人不進一家門。外麵群情洶湧，一邊是言官們，嚷嚷著要秉公辦案，嚴防司法黑幕；一邊又是劉吉，不停的到處活動，非要嚴厲的處罰他們。
但是，任你們外麵吵得歡，何尚書不慌不忙，穩坐釣魚台。他也是老江湖了，皇帝心思轉變，他一眼就看的出來。
何尚書決定把整個案子一分為三的看，姚謙是姚謙，趙昱是趙昱，湯鼎是湯鼎，都得分開。
按照明朝法律，姚謙弑父，十惡不赦，處以極刑淩遲，自不待言。
趙昱，馬金等人把弑父惡徒當成孝子，然後製造冤案，導致多人死傷。這個鍋你們幾個好好背著。
合肥縣令雖然沒有判錯醫鬧官司，但是他沒有察覺到這個惡徒，這屬於失職。
馬金，趙昱，趙同知三人同樣沒有察覺到這個惡徒，但是故意判錯醫鬧官司，按照“官司出入人罪”律規定，他們需要承擔“失入”的責任。
因此醫鬧案，主審官趙同知，馬金罷官，流放，王知縣罷官。
處理完了醫鬧官司。然後就是禦史結黨案，審判了幾天，何尚書很快就有了一審判決。
弑父案，主犯姚謙淩遲。
禦史結黨案，醫鬧案主犯趙昱兩罪並罰，斬首；
禦史結黨主犯劉概妖言惑眾斬首；
從犯湯鼎流放充軍，其餘人等一概罷官。
奏折上報後，皇帝迅速批複同意。這下子朝野可炸了鍋了，這處罰也太過分了。醫鬧案那幾個混蛋，貪贓枉法，坑了大夥，被處罰是活該，但牽連眾多禦史罷官，也太冤枉了吧。
大家都是苦讀十幾年熬出來的，現如今一招被罷，前功盡棄。兔死狐悲的官員們，高喊著朝廷培養一個禦史不容易呀，痛罵劉吉等人。
罵了幾天也沒結果，正想再接再厲，突然都老實了。因為宮裏傳來小道消息，皇上很生氣，後果很嚴重。內閣首輔劉吉也堅持刑部的原判，並且放風說誰替他們說話，下一個就治誰。