兩名宿衛禦林軍押解著高允來到皇宮中，太武帝見到高允被五花大綁、披頭散發，憐才之心頓生。他沉著臉道：“皇兒，高允文弱之身，如何經得起這般折騰？還不趕緊給高允鬆綁？朕特許高允站著回話。”
太子拓跋晃慌忙對兩名宿衛禦林軍揮了揮手，兩名宿衛禦林軍不敢怠慢，立即給高允鬆綁，退出了宮殿。
高允拜伏在地，山呼萬歲，磕頭不已。太武帝慢條斯理地道 ：“下跪者不是高允高太傅嗎？何事自縛進宮？”
高允跪拜道：“皇上，高允奉旨修《國記》，冒犯天威，罪當處死，故自請罪於皇上麵前，請皇上下旨，誅臣三族！”
太武帝心中驚訝，沒料到高允會如此說話，這和崔浩被抓形成了鮮明的對比。
崔浩被抓時，太武帝也召其問話。崔浩自知處境不妙，竟於太武帝前嚇得語無倫次，甚至尿濕了褲檔。太武帝見此，頓生厭惡之心，揮手命人將崔浩押入天牢。
太子拓跋晃見太武帝臉色，心中暗喜，知馮媛所料不錯，太武帝有意寬恕高允，趕緊在旁求情道：“兒臣稟告父皇，中書侍郎高允已知其罪，求父皇憐惜其才，給高允一次改過自新的機會！”
太武帝微微點頭道：“《國記》崔浩所書，當與高允無關。”，太武帝故意這樣說，是因為心中已經決定赦免高允，隻要高允一口咬定《國記》為崔浩一人所為，與他無關，便可赦免高允而殺崔浩。
豈料高允高聲回答說：“稟告皇上，罪臣高允不敢欺主，當以實情告之。《國記》中的《太祖記》為前著作郎鄧淵所寫；《先帝記》以及《今記》，為臣與崔浩一同寫作。由於崔浩政事太多，隻是總裁修訂而已。至於注疏，為臣所作多於崔浩。”
太武帝大怒道：“這比崔浩的罪行還嚴重，朕怎能留給你一條活路！”
太子拓跋晃急道：“天威嚴重，高允是小臣，一時間迷亂失次，故而胡言亂語。兒臣先前問過高允幾次，他說《國記》都是崔浩寫的。”
太武帝心知太子拓跋晃力保高允，故意這樣說，於是順水推舟再次問高允道：“高允，此事果真如東宮太子說的那樣？”
高允道：“為臣才薄，謬參著作，犯觸天威，罪應滅族。為臣已經死到臨頭，決不敢虛妄。太子殿下因為臣為他講書時間很長，哀憐為臣，為臣求命。如皇上不問臣子，臣便沒有這番話。既問了，臣當如實對答，不敢絲毫迷亂。”
太武帝長歎一聲道：“高允，果良臣也！正直，這本已是人情所難，而高允你能臨死不移，這就更難了！而且以實對君，真是忠貞的臣子。像你剛才這一番話，朕寧願漏一有罪的人，也應該寬恕你。”
高允拜謝太武帝不殺之恩，太武帝欣然對太子拓跋晃言道：“高允世之良臣，當重用之。”
太武帝命令高允擬詔書，自崔浩以下、僮仆吏卒以上一百二十八人全部夷滅五族。高允卻仍跪於地下，不接太武帝口喻，對太武帝道：“崔浩所犯，還有沒有別的罪，臣不清楚。如隻是修《國記》這一項罪行，還不至於被殺。”