曾有宦官對馮太後搬弄是非，譖說孝文帝的壞話。馮太後盛怒之下，又把孝文帝拓跋宏痛打了一頓。孝文帝默然接受，並不自明申辯。他對祖母太皇太後，沒有絲毫的怨言與不滿。也許是馮太後被孝文帝的態度感化了，也許是從未生養的馮太後對自己親自撫養長大的孝文帝動了惻隱之心，此後她對孝文帝再也沒有動過火氣，而是以一個慈祥的祖母的身份培養、訓導這位雅有至性的皇孫。
同樣，孝文帝也逐漸感到祖母皇太後是那樣的和藹可親，並且也為她臨朝時那鋼鐵般的性格和無所畏懼的氣度所威懾，對她產生了深深的敬佩與仰賴。正因如此，孝文帝逐漸成為馮太後得意的事業繼承人。
由於馮太後的親自教育與監督，孝文帝手不釋卷，刻苦讀書，日複一日，孜孜以求，不僅對儒家經典的精奧諳熟於心，而且史傳百家，也無不涉獵，成了一位頗有才學的皇帝。據說他的詩賦文章皆即興而作，立筆而就，即使有時因事情緊急，騎在馬上口授章草，待其勒定成稿也不改一字，有大手筆之風度。
正在馮太後臨朝稱製，又於後宮之中精心培養孝文帝拓跋宏時，獻文帝卻在抓住機會，不甘心深居宮中，以太上皇名義對天下發號施令，重新培植自己的勢力，這引起了馮太後的強烈不滿和高度警覺。
天不可有二日，國不可有二君！大魏皇宮之中竟然存在著兩個政權，而且這兩個政權經常政見不合，豈不亂了國度？為了大魏的前途，也為了自身的安全考慮，更是為了掃清孝文帝親政成為一代明君實行新政、革除弊端，馮太後暗下決心，必須除掉獻文帝拓跋弘。
雖然馮太後一度視獻文帝為已親生，甚至憑一已之力，力挽狂瀾，誅殺權臣乙渾，鞏固獻文帝的皇位，然而，獻文帝不滿太後臨朝稱製，處處與太後作對，暗中削弱馮太後的影響力，同時培植自己親信，並誅殺了馮太後的精神依托李奕，這讓馮太後感到心寒不已，母子之情已絕。
承明元年六月，朝廷突然宣布戒嚴，京師平涼氣氛緊張，宮禁之中更是戒備森嚴。不久，太上皇應召前來晉謁馮太後，被伏兵一擁而上擒拿住，強行軟禁起來。隨後，馮太後將其鴆殺於平城永安殿。
馮太後得到馮熙的密報，言孝文帝的外祖父南郡王李惠，亦即獻文帝的嶽父，多次趁進宮之機，挑唆孝文帝與馮太後不合。馮太後聞得孝文帝不為所動，心中更是喜歡，。她相信自己這一次再也不會看錯人了。
為絕後患，更是為了大權獨攬，馮太後以謀叛罪誅殺了孝文帝的外祖父南郡王李惠。李惠的弟弟、兒子和妻子也同時被殺。為了清除隱患，馮太後不惜大開殺戒，以致因猜忌嫌疑被覆滅者十餘家，死者數百人。
不過，馮太後對那些明顯沒有政治野心者，往往能加以安撫籠絡。如獻文帝的親信任內三郎的婁提，曾因獻文帝被害憤然拔刀自刎，幸而未果。馮太後不僅不怪罪他，反而下詔嘉獎他的節義。有些心懷不滿的大臣被她的舉動所感服，這在很大程度上化解了潛在的不安定因素。