鄭七帶領第二批支台部隊到達台灣基隆港時，趙一他們已收複了基隆港，在港口會麵後，趙一馬上向鄭七交接了軍事指揮權，隨後兩人便開始忙碌起來。鄭七把第一個攻堅目標放在台北，這也是張平的計劃，先攻下日本台灣都督府所在地，能更加有利於收複全台灣的行動。他命令除各地留下守備力量外，其餘的生化戰士馬上向台北附近集結。為了此次收複台灣的行動，張平準備了大量的軍火裝備，既有各型輕重火炮，也有便於巷戰的mp18衝鋒槍、毛瑟c96自動手槍和m1897霰彈槍，以及大量的m1924木柄手榴彈和煙霧彈。在基隆港留下民政人員和裝載工業設備的貨輪後，鄭七帶領部隊和裝備繼續乘船在三艘驅逐艦的護衛下，準備沿海岸從台灣島西北部進入淡水河，沿淡水河到達台北發動攻擊。
在三艘排水量隻有1154噸的驅逐艦護衛下，他們很快通過淡水河到達台北，還用驅逐艦的104主炮轟開了日軍的外圍防線，在這裏建立起進攻基地。三日後，集結的生化戰士全部抵達，開始進攻前，鄭七先宣布了張平下達的戰場“三殺”令：一殺凡是手裏持有武器的，哪怕是日本老人婦女小孩，哪怕是隻拿了一個木棍，那就是武裝人員，不投降的必殺！二殺凡是敢利用平民要挾救國軍的，不管負出多大代價絕不妥協必殺！三殺凡是漢奸賣國賊親日分子，凡是趁火打劫欺淩平民百姓的，不要有任何後顧之憂必殺！
宣布了三殺令後，鄭七下令進攻，反攻台北之戰開始了。由於參加反攻的部隊全是由生化戰士組成，作戰勇敢攻擊猛烈執行堅決，當天便突入城內展開血腥的巷戰。日本人根本沒有接觸過巷戰訓練，毫無經驗可言，武器裝備又不乘手，中間又夾雜著大量警察和武裝平民，在訓練有素裝備精良的救國軍麵前，根本不堪一擊，所以巷戰進行的格外順利。
有幾拔占據民房劫持平民進行要挾的，被救國軍投入煙霧彈後以迅雷不及掩耳之勢消滅掉，並砍頭示眾，雖造成了平民傷亡，但也有效震懾了殘餘日軍。終於在二十多個小時的激烈戰鬥後，救國軍隻付出了犧牲不到二百人的代價，就全殲了台北日本軍警和武裝平民上萬人，俘慮四千多人，總督安東貞美被擊斃，收複了整個台北。
隨著台北的收複，趙一率領民政人員迅速展開工作，恢複次序，在鄭七的配合下加強治安，接收重要場所和日產日資，建立軍管會辦事處，工作雖千頭萬緒，可在生化戰士和生化人的努力下，台北在兩日內便完成了全麵管控。能如此迅速完成管控，一方麵是?人心思定，另一方麵也說明救國軍眾望所歸，早就不堪忍受日本人殘酷統治的廣大民眾，積極配合和響應軍管會的工作和政令。當然，經過日本二十年殖民統治後，台北也不缺乏變質的親日份子，對於這些人，救國軍在民眾的檢舉揭發下全部鐵腕整治了，他們的下場隻能是勞動改造。
隨著台北的穩定，鄭七以部分生化戰士擔任軍官，補充了1000名完成基礎訓練和初步教育的新兵，成立台北守備團。並將原來設在東部山區的培訓分基地取消，在台北以北的金麵山建立新兵培訓基地，將已入選的近5000名新兵全部調派過去，並抽出100名生化戰士擔任教官，一邊訓練一邊接受愛國主義教育。趙一也優先調度人員物資裝備加快訓練基地的建設步伐。安排好後，鄭七便開始向其他的日軍聚集城市進發。
在救國軍全殲台北日軍收複台北的消息傳回日本本土後，日本民眾一片大亂，他們不約而同的發起遊行，抗議內閣和軍方的無能，一邊砸鍋賣鐵的發起捐款，要求皇室接管權利重整軍備，重新發動對台灣和中國東北的攻擊，一邊民間對皇室也產生了質疑。所以說日本人都是變態，他們的矛盾性雙重性，決定了他們想要幹什麼連他們自己都說不清楚。而日本皇室和高層更是寶寶心裏苦但寶寶說不出口，他們更急，海上力量被神秘勢力一掃而空，剩餘的也被救國軍用潛艇擊沉，國內的大型造船廠悉數被滅，新連東京灣直到現在還被財部彪那個笨蛋布下的水雷封鎖著。國內受到嚴重打擊，就連東京都受到炮轟，內傷致命傷一大堆等著急救，可海運被救國軍的潛艇封鎖，就等於連外援也被斷絕，長此以往，後果不堪設想。已經連續派出了好幾拔試探隊伍，可惜的是哪怕是偽裝後冒險乘漁船出海，也是有去無回，甚至連近在咫尺的朝鮮都去不了，這樣下去連朝鮮也危險了。