二十五年前，天機大陸有隱靈廷、紫靈廷兩大統治教廷，下設五大具有管理職權的帝國，分別是白雷、赤火、荒土、瀾水、清風帝國，同時還有不具有管理職權但是專門負責培養戰士進行開疆擴土的煞冥帝國。
在兩大教廷、六大帝國的共同維係之下，整個天機大陸一番欣欣向榮之象，可就在此時出現了一個不安於現狀的人，他甫一出現，便造成了一場莫大的浩劫，此人名叫軒轅晴明，時任隱靈廷教皇軒轅太一的兒子。
軒轅晴明可謂是自天機大陸創建六百年來，出現的一個不世之材，他如曇花一現，卻又在所有人心中留下了不可磨滅的印象，或者更應該說是陰影。
軒轅晴明自小就異於常人，雖然他體內存有五行靈力，但令人驚奇的是，金、火、木三種靈力在他體內五行之中所占的比例竟完全持平，竟全部起了主導地位。按此推理，軒轅晴明無論修行哪一種靈力，都會取得非凡效果，但他卻做了一個令所有人都不敢相信也無法相信的舉動，那就是三靈同修。
那個時候在天機大陸上，實力最強大的兩大教廷教皇也不過是雙修而已，但軒轅晴明卻選擇了三修，而且是同時進行修行。軒轅太一雖然對兒子的舉動感到不可思議，但也沒有多去橫加幹涉，因為一是軒轅太一國事太多，二是他不想讓自己的兒子成為一個背負無盡壓力的強者，所以他就任由軒轅晴明自我修行。
軒轅晴明是隱靈廷教皇的兒子，他不想為自己的父親丟臉，而且骨子裏的那份傲氣讓他更不想成為一個弱者或者是個籍籍無名之人，所以，他在眾人異樣的眼光之中開始了封閉修煉。中間過程，軒轅晴明經常無故失蹤，少則一年，多則三年，眾人不知何故，也懶得去管。軒轅太一也知道兒子經常無故失蹤之事，便每次都派大批禁衛軍保護，久了之後見兒子每次都能安然無恙，也就沒有放在心上。
白駒過隙，彈指一揮，不覺間三十二年過去了，那個曾經發誓要三修的軒轅晴明也已經三十二歲了。當他再次從三年失蹤中走到眾人麵前時，卻不料引得眾人嘻笑不已，因為軒轅晴明左手手背之上隻出現了一個白色半月和一道血紋，三十二年的修煉卻不過剛達到帝級一階而已，自然讓人取笑了。可那些人隻笑了一聲，便再也笑不出第二聲，因為他們已經無法開口再笑，他們竟然被軒轅晴明身體散發出來的靈壓活活給壓製的窒息而死，而那個時候軒轅晴明手背上的靈紋圖案竟驚人的出現了一個黃色太陽和一道血紋——神級一階。
為了不讓別人發現自己的進步，軒轅晴明找到了控製手背靈紋圖案的方法，直到他修為達到神級一階時，他才將自己真正的實力彰顯出來。天機大陸六百年來，唯一一個達到神級境界的神靈者就這樣橫空出世了。那時正好是二十五年前，也正好是隱靈廷教皇軒轅太一進入垂暮之年。
年歲已長的軒轅太一已經沒有太多的精力管理事務，反倒是紫靈廷年輕的東方傲漸漸上位。軒轅晴明看不慣當時的情形，也不滿自己父親多年來的懷柔政策，於是向自己的父親進言要解決掉風頭強勢的東方傲。軒轅太一見自己的兒子已達神級修為，自然高興不已，但沒有料到他居然會有此幼稚想法，當場便否決而且嚴厲嗬斥一番。
憋了多年的軒轅晴明自然不會就此罷手，竟然一個人夜襲紫靈廷，將紫靈廷七大廷衛衛領打成重傷，即便是領了軒轅太一命令而迅速趕到現場的影殺組織出動了三名高手，卻也是被軒轅晴明打的傷痕累累。就在東方傲命懸一線之時，軒轅太一率領煞冥帝國的戰士及時出現，才將軒轅晴明攔下。
為防止軒轅晴明繼續執迷不悟，而惹出不可收拾的後果，軒轅太一派自己的貼身侍衛龍武衛二人公孫無常和公孫凡親自看管軒轅晴明。
吃一塹長一智，軒轅晴明不再明目張膽抵抗父親的命令，而是私下裏做了一筆令他後悔一生的買賣。
軒轅晴明竟然私下裏找到了紫靈廷的教皇東方傲，要求二人聯手推翻父親軒轅太一的統治。二人聯手過程，東方傲隻需想辦法將擁有大批戰士的煞冥帝國解決掉就行，而那些所謂的高手則交給軒轅晴明來處理。對於這種事情，理論上來講，東方傲應該一口回絕才行，因為他根本就無法確定軒轅晴明所說的是真還是假，而且先前軒轅晴明還差點殺了他，但東方傲卻出人意料的答應了。
不久之後，另一個關鍵人物出現了，那就是天機門的扶搖子。