黑龍江省夏令所需糧米貨物，均由吉林由水路載運。光緒三十年（1904年），俄國人卻不準華人行船，過往者都被截留，商人聽說後，不敢前往貿易，導致黑龍江省貨物糧米價格異常昂貴。程德全聞知此事後，立即飭令杜伯熊，要求其速向俄東省鐵路公司協商，底線是凡有來往船隻，應由中俄雙方到船查驗，正常通貨者應隨時放行，這樣做即給商人以實惠，也方便了地方百姓購物，有利於民生，社會穩定。程德全在處理地方與俄人交涉中，十分看重我之利權得失，此次事件即表明程德全是非常關注民生的。同時，程德全囑咐杜伯熊，黑龍江省自開商埠，一切應如何辦理，吉、江兩省必須一律，將來航業亟宜振興。再者，黑龍江省已購輪船行使，且已卓見成效。哈爾濱是個巨埠，此節應該特別注意，四家子一帶，務必酌留船塢以保我利權。由此也反映出程之處事周全，在國家主權利益上是沒有絲毫馬虎的。
程德全將船政事業，讓宋小濂專門負責管理。程德全飭令宋小濂說：“日今航業最為要圖，利權所在，主權隨之，可趁日議未定，俄議中止之時，早謀興辦，力爭先著，行當函商經師，由吉、江兩省現撥官款開辦，再行招商，徐圖擴充，以保我利權。”東三省自庚子俄難之後，我們國家的權利，大半為外國人占有，之前雖百計經營，收複者亦十分之二、三。而航業之利，尤其為外國人所獨攬。黑龍江、烏蘇裏江，是我國與俄國共同經營。但是黑龍江左岸共計俄官商輪船160餘隻，新造行江炮船30隻，而我國仍無一艘。鬆花江、嫩江，原本是我國主權內河，自從沙皇俄國修築中東鐵路以後，以運料為名，輪舶往來，視之為自己已得之權利，我國的利權就這樣大多被竊盜。程德全為抵製俄國人無休止的侵滲，於光緒三十二年（1906年），籌款購買輪船，由官商合股的形式，購買輪船3艘，在鬆花江、呼蘭河之間行駛。然而，也僅限於此兩河行駛，不能遠航。在這種情況下，光緒三十三年（1907年），日本駐哈領事又沿江調查，禁止我船在江內航行，欲奪我利權。程德全認為，利權所在，主權隨之，不可不預為抵製。鑒於此，程德全再次設法，聯合吉林、黑龍江兩省之力，統四江，盡力經營，招官商股30萬兩，購買輪船8艘，稍大者2艘，航行在黑龍江；小者6隻，以兩隻航行在嫩江，一隻航行在烏蘇裏江，其餘3艘均航行在鬆花江和呼蘭河，與俄日爭利，保我利權。
此次程德全為抵製俄國侵犯我國航道，沉著冷靜應對，一絲不苟地安排對策，用具體行動對俄國的侵滲行為，進行遏製，起到了一定的作用。