日俄戰爭以後，雙方擬定了和平條約，即《樸次茅斯條約》，把中國東北一分為二，俄國占據長春以北，日本占據長春以南。程德全以為，東三省轄境之闊，南起遼邊，北枕沙漠。甲午之後，俄國人興築鐵路，以哈爾濱為總埠，獨立經營，儼然有不可拔之勢，必須設法予以抵製。恰逢光緒三十一年（1905年），日俄兩國戰勢已定，此時朝廷軫念時艱，擬將東三省商賈輻輳地方，自行推廣，並許各國前往通商，蓋一以保，日後和平，以興中國自有利權。因時製宜，莫切於此。程德全對清廷能在日俄戰後，自開商埠感到稍有安慰。程德全深知，在當時的世界，開商埠是大勢所趨，因為當時正處在資本主義發展時期，資本主義列強用火藥和大炮，為其尋找商品市場，並在擴大生產的同時，尋找廉價的原料和勞動力。與此同時，各列強已經開始在殖民地、半殖民地地區進行大規模的資本輸出。程德全認為，開商埠既然不可阻擋，亦可為商埠內設定法規，贏得主動權，盡力保我利權，外人也易接受。
程德全認為，如不自行開設，不久也會被外人逼著訂約而開，到那時主權就會被外人所把持，甚至被其“據為己有”。因此，程德全積極支持和奉行清廷自開商埠的政策。
清廷原意在黑龍江省自行開四城為商埠，即海拉爾、滿洲裏、璦琿、齊齊哈爾。特別璦琿一城，地處極邊，是中俄兩國都很重視的地方。有關璦琿開為商埠一事，光緒三十四年（1908年），俄國領事曾持圖找見程德全，稱他接到公使璞科第電報，為璦琿開為商埠一事，璦琿副都統姚福升老是推諉，因此特來省城與程德全相見協商，並指著地圖上所繪一百一十一號燈照的地方，要求向北退二百沙繩。程德全當時就說，“姚都護針對此事曾經與璦琿之古思敏談過多次，並稱璞公使所說互操利益如有窒礙，可另給一段，然而你們俄國人卻對此兩種意見均置之不理。反而專索我城有主之地，以致摩擦不斷。並有俄員謊稱，燈照以北華政府已允撥給，副都統應該執行，何得阻止？
而實際情況是我們華府隻是飭令與你們商辦，並未答應燈照以北華政府之地撥給你們。俄領事語塞。”在此次交涉中，程德全用事實說話，不與俄人兜圈，揭露俄國人虛偽的麵紗。嚴斥俄國領事，使其無言以對，並同時保住了我應有之利權。
程德全在與俄使交涉中，關於江東六十四屯的旗人。在庚子俄難後，漂流在外，現在均聚集在璦琿附近。程德全說要讓商民遷邊也是做不到的，“這並不是我國政府推諉。”這時俄國領事說，“該事，難道作為巡撫的你也想推諉嗎？”程德全說，“這事是由我外務部與璞公使議定好的，由姚都護與俄對俄交涉“爭得一分算一分”邊界官商辦，以使彼此商民互有利益。其他機構誰也不可以決斷。我也無能為力。如果貴領事可給華商相當利益，並將江東六十四屯交還，與全商辦本無不可。”俄國領事說，“有關六十四屯，璞公使早有命令，不許領事幹預，並且這件事應該由兩國政府另議，不應該歸入商埠案內議及。”程德全回答說：“你們也知道這樣說，如果我及姚都護及中國官員答應了你們索要之不應該索要的商埠問題，並將我們本來擁有主權的江東六十四屯置之不顧，我們如何交代，換成你們的邊疆大臣恐怕也不能這樣做吧。”俄國領事理屈窮詞，始終就地圖談論，要求必須在頭道溝南撥地。程德全始終堅持，隻能在頭道溝以北原來議定的界限撥地。雙方僵持不下，最後俄國領事說：“古思敏何必讓我來呢，我會把這次商談的情節轉達給公使，再作商量。”後來程德全經過調查了解到，俄國領事發此感慨的原因，原來是俄國古思敏沒能在璦琿與姚都護談妥，才請求由領事到省城找程德全商談的，結果仍是無果而歸。所以很懊悔。
在此次事件中，反映了程德全堅持原則，針對俄國人的虛虛實實，總能以務實的態度應對，以保我國利權的出發點，在此原則下，據理力爭，絕不放棄任何利權。