1916年6月袁世凱死後，黎元洪繼任總統。正在法國的蔡元培以欣喜的心情，獲悉國內政局的重大變動。8月間，他寫了《對送舊迎新二圖之感想》一篇短文，從民主主義的立場出發，深入地揭露了袁世凱專製政體的社會根源，他寫道：“袁氏之罪惡，非特個人之罪惡也，彼實代表吾國三種之舊社會：曰官僚，曰學究，曰方士。畏強抑弱，假公濟私，口蜜腹劍，窮奢極欲，所以表官僚之黑暗也；天壇杞帝，小學讀經，複冕旒之飾，行拜跪之儀，所以表學究之頑舊也；武廟宣誓，教院祈禱，相士貢諛，神方治疾，所以表方士之迂怪也。”蔡元培在政治上早已同袁世凱徹底決裂，但他並不把袁的專製、複辟看作個人的行動，而是透過現象看到民國建立之後封建複辟勢力得以存在的社會原因；基於這個認識，他並不陶醉於因袁世凱垮台這一現實造成的共和勝利的幻景，而是發出：“今袁氏去矣，而此三社會之流毒，果隨之以俱去乎？”表示了對國內政治的憂慮。這說明察元培的認識是比較深刻、清醒的，也可以看出不久他回國後在北大施展抱負的政治思想基礎。
袁死後，蔡元培同其他因反袁流亡海外的革命黨人一樣，準備回國服務。北京國會裏的一批浙江籍議員，曾打電報請他回國擔任浙江省長，但他一如既往，無意於高位厚祿，婉言回絕了。這時，北京大學校長胡仁源已提出辭職，北京政府教育總長和次長已由範源濂、袁希濤分別擔任，範、袁曾與蔡元培在民元教育部共過事，深知蔡之為人，於是，經浙籍議員陳黻宸和北大教授馬敘倫的推薦，並取得時任總統的黎元洪同意，範即提名蔡元培出任北京大學校長。1916年9月1日，蔡元培在法國收到了範源濂的促歸任職電。原電文是：
蔡鶴卿先生鑒：國事漸平，教育宜急。現以首都最高學府，尤賴大賢主宰，師表群倫。海內人士，鹹深景仰。用特專電敦請我公擔任北京大學校長一席，務祈鑒允，早日歸國，以慰瞻望。啟行在即，先祈電告。範源濂宥。
蔡元培接電報後即決定返回，並遠道專程往訪李石曾，約其同到北京大學，“以整理故都之學府，引為吾人共同之責任”，同時還約吳稚暉亦同去。10月2日，他同吳玉章一道自馬賽啟程回國，11月8日抵上海，先後在上海、紹興等地小住。
如前所述，民國建立後，北京大學曾進行過一些初步的民主主義的改革，但由於官僚積習很深，改革極不徹底，校政還相當腐敗。不少人以上大學“為升官發財之階梯”，對研究學問沒有興趣，讀書就是為了混資曆謀取官位。他們對專任的教員不歡迎，甚至教學認真的反遭反對；而對由政府官吏兼任教員的，雖時時請假，年年發舊講義，亦十分歡迎，以為有此師生關係，可作自己將來仕途的靠山。教員中也有不少是不學無術的。課堂講授是敷衍塞責，“把第一次的講義，照樣印出來，按期分散給學生，在講台上讀一遍”。由於學生有這種“做官發財思想，故畢業預科者，多入法科，入文科者甚少，入理科者尤少，蓋以法科為幹祿之終南捷徑也”。造成了學科發展上輕文理的極不正常現象。因此，學校裏缺少學術研究的空氣，封建複古主義的陳腐思想泛濫。
對當時北大腐敗的校風，時為北大學生的顧頡剛曾有過形象的描述，他說：那時“學校像個衙門，沒有多少學術氣氛。有的教師不學無術，一心隻想當官；有的教師本身就是北洋政府的官僚，學問不大，架子卻不小；有的教師死守本分，不允許有新思想；當然也有好的，……但不多見。學生們則多是官僚和大地主子弟。有的學生一年要花五千銀元；當然，這樣的豪富子弟數量不多，大約不過兩三人。至於一年花千把銀元的人就多了，少說也有好幾十。像我這樣一年從家裏隻能拿二三百銀元來上學的，就是窮學生了，在學校裏簡直沒有地位。一些有錢的學生，帶聽差、打麻將、吃花酒、捧名角，對讀書毫無興趣。那時的北大有一種壞現象：一些有錢的教師和學生，吃過晚飯後就坐洋車奔“八大胡同”（和平門外韓家潭一帶）。所以妓院中稱‘兩院一堂’是最好的主顧（‘兩院’指參議院、眾議院，‘一堂’指京師大學堂）。這種壞現象是從清末保留下來的。那時在學生中還流行一種壞風氣，就是‘結十兄弟’。何謂‘結十兄弟’？就是十個氣味相投的學生結拜作兄弟，畢業後大家鑽營作官，誰的官大，其他九人就到他手下當科長、當秘書，撈個一官半職，‘有福同享’。這個官如果是向軍閥或大官僚花錢買來的，那麼鑽營費由十人分攤。這樣的學校哪能出人才？隻能培養出一批貪官汙吏！蔡元培先生來長校之前，北大搞得烏煙瘴氣，哪裏象個什麼‘最高學府’？”由此可見，北大當時受到社會非議並非偶然。