如前所述，蔡元培在對北大的改革中，確立了以文、理兩科為主的預科、本科和研究所三級學製，並規定了相應的學習年限。與此同時，還改年級製為選科製，這是蔡元培對北大進行學製改革的一項重要內容。
1917年10月，教育部召集在京各高等學校代表會議，修改大學規程時，蔡元培提出廢除年級製，采用選科製議案，當經與會代表通過，並決定先由北京大學試行。自1919年起，北大將學門改為學係的同時，又正式對舊學製進行了改革，開始實行選科製。
蔡元培之提倡選科製，是和他主張建立發展個性的新教育相一致的。他在1918年發表的題為《新教育與舊教育之歧點》的著名講演中，就積極提倡實驗新教育，反對封建舊教育對受教者的壓製和摧殘。他在講演中提出“教育者，與其守成法，毋寧尚自然；與其求劃一，毋寧展個性。”主張因材施教，發展個性。他從這一教育思想出發，在大學教育中也注意發揮學生的自動性和積極性，反對強求一律。1919年4月，他又進一步重申他的主張平等者，破除階級而決非消滅個性。從前行階級製度教育時，重在一級中絕對平等，如美國教育會所舉德國教育之劣點，謂‘平民學校中，專以種種儀節製度限止之，使養成其服從心、信仰心，與夫唯帝命是聽之惡根性，……以軋製平民之生活、工作、知力，為一種物質的機械，’是其例也。既破壞階級製度，則即當解放個人之束縛，而一任其自由發展。蓋世界為有機的組織，有特長者不可強屈之以普通。世界有進化的原則，有天才者尤當利用之以為先導。此後新教育，必將漸改年級製而為選科製。他崇尚人的個性發展，承認人的心理品質的差異性，人的氣質、個性、能力、愛好不一，教育中忌劃一性；認為年級製的弊端在於：“不論個性如何，總使讀幾年，方能畢業，很不適當”。而選科與這種劃一的年級製相比，則可以發展個性。
按照原來的舊學製，各係所開設的課程，對本係學生均為必修科，且各係學生不能兼習他係課程。蔡元培認為這種“年級製之流弊，使銳進者無可見長；而留級者每因幾門課程之不及格，須全部複習，興味毫無，遂有在教室中瞌睡，偷閱他書，及時時曠課之弊，而其弊又傳染於同學。”實行選科製，學生除了本係規定的必修科外，還有在總學時中占一定比例的補助學科作為選修課程，可供自由選擇；選修科可以聽本係開設的課程，也可以選習相關學係開設的課程。這樣可以發揮學生之所長，能研究他們所向往的學科。學生修滿學校規定的學分即可結業。
實行選科製，是和實施單位製（即後來的學分製）相聯係的。當時規定預科學生學滿四十個單位（按每周一學時計，學完全年的課程為一單位），本科學生學滿八十個單位即可畢業。在學習年限上分預科二年、本科四年。預科分設甲、乙兩部；本科各學係分置五個學組，即：第一學組，數學係、物理學係、天文學係；第二學組，化學係、地質學係、生物學係；第三學組，心理學係、哲學係、教育學係；第四學組，中國文學係、英國文學係、俄國文學係、德國文學係、法國文學係；第五學組，經濟學係、史學係、政治學係、法律學係。其中生物學、教育學、心理學、天文學四係尚未成立，實際為十四個係。規定預科甲部結業後可升入本科第一、二學組，乙部結業後可升入第四、五組；甲、乙兩部俱可升入第三組。學校按照學組的不同要求，安排預科的課程和單位數量。規定預科四分之三課程為共同必修和分部必修課，四分之一課程為選修課。共同必修科為國文（包括模範文、學術文和文法三種）、倫理學大意和第一、二種外語（第一外語十四單位，第二外語六單位）。分部必修課：甲部為數學、物理、化學三項，乙部為哲學概論、科學概論、古文、本國及世界近代曆史，同時有數學、物理、化學，但分量較輕。此外為選習科：甲部學生將來擬入物理、化學、地質學係者分別選習物理實驗、化學實驗和圖畫，並得選習哲學概論、科學概論；乙部學生擬入法律學係者選習法學通論，擬入政治、經濟學係者選習經濟通論，擬入文學、哲學、史學係者選習文字學。這樣預科的必修和選修的課程設置，既顧及學生學業的全麵發展，又為升入本科準備一定的專業基礎。本科學生每年所習學科約為二十單位左右，規定一半為必修課，一半為選修課（後改為三分之二為必修課，其餘為選修課）。本科四年皆為分係選科製，第一年按各學組要求選習共同的學科，如第一學組各係學生須共同選習立體解析幾何、微積分等，又如第四學組文學各係須共同選習中國文學史、歐洲文學史大綱等。本科二、三、四年級學生所習學科，以本係課程為主，而每人得以其餘力選習相關的學科或本人有興趣的學科，但規定三年中所習學科至少須有三十單位在本係和相關的係內。本科學生仍須繼續學習兩種外國語（每種六單位以上）。