1922年4月爆發了直奉戰爭。4、5月間，直奉兩方在北京近郊發生故事，北大為自衛計，成立了有三百多學生加入的婦孺保衛團。直奉戰爭結束後，蔡元培為在學生中建立一種永久性的軍事體育組織，決定仿照歐洲各國國民軍的形式，於這一年六月將保衛團改編為學生軍，並製定了學生軍章程大綱，確定以鍛煉身體、增進軍事常識為學生軍的宗旨。全校學生編成六個軍，每軍分三隊，每隊分三排，進行軍事訓練。蔡元培是十分重視軍國民的教育。當時學生軍就是以“喚醒青年尚武”，提倡以“忍勞耐苦，不畏嚴寒酷熱，為本軍必具之精神”。規定學生軍畢業年限定為初級二年、高級一年，分木科、學科、操行三項成績，合格者給畢業證書。還規定每年春秋二季齊合操，每學年請校長檢閱一次。北大學生軍在當時反對軍閥政府的鬥爭中曾發揮一定的作用。在成立學生軍的同時，學校還決定組織體育委員會和體育部，把軍事教育、柔軟體操及各種球類訓練，列為學生正式課程，每周三小時，與其他課程並重。蔡元培還聘請蔣百裏、黃郛等來校授課，對學生進行軍事常識的教育。如蔣百裏曾於1923年至1924年初在北大講了近一年的軍事學課程。但這時體育課還是僅作為預科學生的必修課，對本科的學生則聽其自由選習。蔡元培早年創辦愛國學社時，曾組織義勇隊（後改為軍國民教育會），師生共同進行軍事訓練，以作為將來從事革命活動的準備。民國初年，他任教育總長時，又以軍國民教育輔助道德教育作為教育宗旨之一。但這為一般舊教育家所反對，他們以兵操非體育不應列入課程為理由，排斥軍事訓練，因而使這項主張未能得到實行。這時蔡元培在北大首倡學生軍，即實踐他關於對學生進行軍事教育和軍事訓練，以使國家自立自強的主張。1922年7月，中華教育改進社在濟南召開第一次年會，蔡元培作為該社董事長被推為大會主席。經他委托由楊廉向大會提出了《專門大學應組學生軍受軍事訓練》議案，蔡元培還專門在高等教育組對這個提案作了說明，希望能在全國大學生中普及軍事訓練。但與會的一些人仍以軍事訓練有害體育，橫加阻撓。蔡元培不得不將提案撤回。所以當時雖在北大首倡學生軍實行軍事訓練，但由於舊勢力的反對，應者寥寥。
在蔡元培的倡導下，北大的體育運動有一定的發展。1922年舉行的春季運動會，是中斷了六年之後舉行的一次全校性運動會。蔡元培親自擔任運動會主席，顧孟餘、丁燮林、胡適、顏任光、李四光、陳啟修等許多教授都分別擔任評判長、司令員、評判員、計時員等工作。這次運動會雖然隻有三十四名正式運動員，但學校很為重視。《北京大學日刊》還出了運動會專刊，刊登了蔡元培的《運動會的需要》一文。他在文章中論述了運動會的作用，在於能夠“鼓勵運動的興會”，“增加校外同學的社交”，“養成公德”。他特別強調要通過運動會使人們理解：“團體的榮譽，就是個人的榮譽。寧正直而敗，毋詭詐而勝。敗則反求諸己，不怨尤，不嫉妒。”要善於“用運動會的規則，養成自重急公的習慣”。勉勵同學在學業和體育等方麵全麵發展。此後每年春季都舉行全校運動會。經過蔡元培的提倡，體育成為培養學生的一項重要內容。
§§第六章 開創學術研究、思想自由的風氣