在蔡元培的倡導下，當時北大學生的課外生活是相當豐富多采的；除了上述為數眾多的學術性團體外，在師生中還出現了許多具有鮮明政治傾向的社團組織。
蔡元培積極提倡大學生應當有新的“世界觀與人生觀”，要革除科舉時代的觀念，要“發揚學生自動之精神，而引起其服務社會之習慣。”他曾指出：“大凡研究學理的結果，必要影響於人生。倘沒有養成博愛人類的心情，服務社會的習慣，不但印證的材料不完全，就是研究的結果也是虛無。所以本校提倡消費公社，平民講演，校役夜班，與新潮雜誌等，這些都是本校最注重的事項”。蔡元培正是從提高學生研究學術的興趣、培養學生服務社會的精神出發，本思想自由的原則，對這些社團都給予了直接或間接的支持。當時學校設有學生事業委員會，作為對學生事業的指導機構。其組織大綱規定：“凡大學學生興辦事業，須於未成立前，將其宗旨、辦法及職員姓名，函經本委員會審議，轉呈校長察核備案。其已興辦之事業，本委員會得依其職權調查或整理之”。1922年3月設立的學生事業委員會，由李大釗任委員長。
隨著新文化運動的發展，在五四前夕，校內的和以北大師生為主的革新社團和進步刊物已相繼出現。當時在校內和社會上發生過重大影響的，主要有國民社、新潮社、平民教育講演團等社團組織。
1918年5月北京學生反對中日軍事密約的愛國政治鬥爭，雖然沒有取得直接的結果，但這次鬥爭促使學生們組織了起來。北大等校學生首先組織了學生愛國會，隨後又聯絡天津、上海、湖南等地學生，聯合組成了學生救國會。這個團體在團結全國學生方麵發揮了積極作用，並因此受到反動政府的幹渉。
救國會為了加強聯係和擴大宣傳，決定成立國民社，出版《國民》雜誌。國民社成員不限於北大師生，但北大學生很多，其中如鄧中夏、高尚德、黃日葵、許德珩、張國燾、易克嶷、黃建中、廖書倉、朱一鶚、謝紹敏、李芳、陳寶鍔、陳鍾凡、周炳琳等在其中都起了骨幹作用，並參加了編輯委員會工作。李大釗對國民社給予了熱情的幫助和指導，據許德珩回憶說：“李大釗是《國民》雜誌的總顧問，我們有事都和他商量”。國民社擁有的群眾較廣泛，社員曾達到一百八十多人，成員中既有一些具有初步共產主義思想的知識分子，也有許多無政府主義者，後來成為反動政客的段錫期，這時出擔任過國民社的評議部部長》國民社於1918年10月20日正式成立。《國民》雜誌於1919年1月1日出版。
國民社的成立得到了察元培的支持和幫助。他曾出席國民社的成立大會，並為《國民》雜誌創刊號寫了序言。他在序文中對雜誌提出了三點希望：“一曰正確”，“二曰純潔”，“三曰博大”。他指出，同學出於愛國之心而籌辦刊物，但須知“愛國不可不有熱城；而救國之計畫，則必持以冷靜之頭腦，必灼見於事實之不誣而始下判斷，則正確之謂也。”“救國者，艱苦之業也。”他列舉曆史上艱苦創業的事跡，勉勵《國民》雜誌保持正確的方向和純潔的內容。他說：“墨翟生勤而死薄，勾踐臥薪而嚐膽，範仲淹先天下之憂而憂，後天下之樂而樂。斷未有溺情於耳目之娛，侈靡之習，而可以言救國者。近來我國雜誌，往往一部分為痛哭流涕長太息之治安策，而一部分則雜以側豔之詩文，戀愛之小說，是一方麵欲增進國民之人格，而一方麵則轉以陷溺之也。願國民雜誌慎勿以無聊之詞章充篇幅”。他還勉勵雜誌要有博大的胸杯，“勿提倡極端利己的國家主義”。最後他說：“國民雜誌之醞釀，已曆半年，卒底於成，不能不佩社員之毅力。自此以前，尚為一鼓作氣之時期。若前數期出版以後，漸漸弛其責無旁貸之決心，則此後之困難，正不弱於醞釀時期。願社員永永保此朝氣，進行不怠，則於諸君喚醒國民之初心始為無負也。”
國民社在其成立啟事中說：“本雜誌由學界同誌組織而成，抱定左列四大宗旨：（一）增進國民人格；（二）研究學木；（三）灌輸國民常識；（四）提倡國貨。”還約請李大釗為指導，邵飄萍、徐悲鴻為顧問。《國民》雜誌表現了它積極關心政治，具有明顯的反帝愛國的色彩。如鄧中夏以“大壑”為筆名，每期都為刊物撰述“國內外大事”，並經常發表評論時事的文章。李大釗的重要文章《大亞細亞主義與新亞細亞主義》，就發表在《國民》第一卷第二號上。雖然在五四以前，《國民》還是用文言文發表文章，使它的戰鬥力有所減弱；但它對帝國主義，特別是對當時中國最凶惡的故人日本帝國主義的猛烈攻擊，明確提出取消“二十一條”和歸還台灣、廢除“中日共同防敵軍事協定”等要求，對五四運動的興起起了重要的宣傳作用。它的許多成員，在五四運動中起到了中堅作用；而其中的一些人則成為中國共產黨的早期黨員。
國民社成立後不久，1918年12月3日，北大文科的一部分學生，成立了新潮社。第二年一月出版了《新潮》雜誌。
新潮社同樣得到蔡元培的熱情支持。新潮社醞釀的時間較長，早在1917年秋天，新潮社發起人傅斯年、顧頡剛、徐彥之，及後來加入的羅家倫、潘家洵等，常在一起閑談。“他們談到北京大學的前途時，感覺到自蔡校長主持北大後，學校已成為名副其實的學府，循此前進，不難成為中國一切新思想、新學術的策源地。做學生的應該辦幾種雜誌，竭力盡力，來宣揚學校的新精神，鼓動學者研究學術的興趣，這對於自己的前途也有好處。”但是，當時辦刊物的最大難題是缺乏經費。直至翌年秋天，他們才把醞釀中的計劃付諸實行，正式向文科學長陳獨秀要求學校幫助解決經費問題，陳表示：“隻要你們有創辦的決心和長久支持的誌願，經濟方麵可以由學校負擔！”後經蔡元培同意，由學校從每月頗為拮據的經費中撥出兩千元，為刊物墊付印刷費，發行也由學校出版部兼辦。顧頡剛在《回憶新潮社》一文中說：“李大釗曾給過新潮社很多幫助和指導。他雖不公開出麵，但經常和社員們聯係，並為《新潮》寫稿”。李大釗還將紅樓圖書館一層二十二號房間撥給新潮社作社址。蔡元培還親自為《新潮》題寫了刊名。新潮社按其組織章程規定本校同學投稿三次經本誌登載者，得由本社約為社員；“非本校同學投稿三次經本誌登載者，有社員二人以上之介紹，得由本社約為社員。”社員大多數是北大學生，也有少數教員和校外人士。主要骨幹有傅斯年（主任編輯）、羅家倫（編輯）、徐彥之（主任幹事）、毛子水、楊振聲、李小峰、康白情等。社員有何思源、譚鳴謙（平山）、俞平伯、顧頡剛、潘家洵、張崧年、郭紹虞、葉聖陶、孫伏園等。剛成立時隻有社員二十七人，到1919年底為三十七人；以後陸續加入的，也隻有朱自清、馮友蘭、孫福熙、周作人等幾個人。社員人數很少。
1919年1月，《新潮》與《國民》同時創刊。新潮社宣布：“專以介紹西洋近代思潮，批評中國現代學術上、社會上各問題為職司，不取庸言，不為無主義之文辭。”確定刊物應具備的要素為：（一）批評的精神；（二）科學的主義；（三）革新的文詞。它一開始就以“文藝複興”相標榜，主張“去遺傳的科舉思想，進於現世的科學思想；去主觀的武斷思想，進於客觀的懷疑思想。”它與《新青年》相呼應，反對吃人的封建禮教，提倡個性解放和婦女解放，鼓吹文學革命和“倫理革命”。《新潮》發表的文章和文藝作品，以白話新體為主，使用新式標點。
《新潮》在新文化運動中曾產生過廣泛的影響。它的第一卷第一期發行不到一個月，就接連三版，達一萬多份；以後各期也多在一萬五千份左右，這在當時已是一個驚人的數目了。新潮社除出版《新潮》雜誌外，還發行一套定名為《新潮叢書》的文藝叢書。1920年，新潮社還編輯出版了一部《蔡孑民先生言行錄》。
《新潮》反封建文化思想的宣傳，曾招致舊勢力的忌恨。一個安福係國會議員曾向教育部指控《新青年》、《新潮》等雜誌，陳說“此等出版物實為綱常名教之罪人”，竟要教育部將其取締製裁。1919年4月，教育總長傅增湘曾致書蔡元培，指責《新潮》持論逾於學術範圍之外，稱《新潮》出版，輦下耆宿對於在事員生不無微詞；要求遵行軌道，發為言論，“若其以倉卒之議翹於群眾，義有未安，輒以滋病，殆有未可。”反對革新進步，畏懼新思想流行。蔡元培當即作書回答，他針對所謂張新說而悖舊誼的指責，用兼容並包的宗旨巧妙地指出：“敝校一部分學生所組之《新潮》出版以後，又有《國故》之發行，新舊共張，無所缺琦。在學生則隨其好尚，各尊所聞。當事之員，亦甚願百慮殊途，不拘一格以容納之。局外人每於大學內情有誤會之處，然若持《新潮》、《國故》兩相比擬，則知大學中篤念往昔，為匡掖廢墜之計者，實亦不弱於外間耆賢也。”同時針對所謂喜為抨擊的指責，說：“至於持論，間有殊於舊貫者，容為外間誤會之所集。然苟能守學理範圍內之研究，為細密平心之討論，不涉意氣之論，少為逆俗之言，當亦有益而無弊”。為《新潮》作了辯護，保護了這個刊物。
《新潮》在新文化運動中贏得了很高的聲譽，但這個社團受胡適的影響很深，一開始就表現了政治上的改良主義和文化思想上盲目崇拜西方的傾向。他們對政治鬥爭始終持冷漠態度；對民族文化持虛無主義態度，竟稱“極端的崇外，卻未嚐不可”。對於新潮社脫離政治的錯誤，魯迅曾提出過嚴肅的批評。五四以後，新潮社中的絕大多數成員，都迅速地向右轉了。他們當中的一些人，如傅斯年、羅家倫等，則咒罵學生運動，醉心出洋留學，追求個人升官，與當時的進步運動分道揚鑣。
國民社和新潮社是當時青年學生中有代表性的兩大社團，也都頗有影響。《國民》是以反對日本帝國主義的宣傳為主要內容，具有較鮮明的反帝愛國的色彩，《新潮》則以倡言“文學革命”和“倫理革命”而出名，在反對封建文化思想鬥爭中起了重要作用。但是，隨著新文化運動的深入發展，《國民》在李大釗的推動下積極參加關於改造社會的討論，並開始進行某些社會主義宣傳；而《新潮》則在胡適的影響下成了宣傳實用主義的陣地。與此同時，這兩個刊物的主要成員，也向著不同的兩極迅速分化。這反映了五四時期思想戰線上的激烈鬥爭，反映了中國知識分子不同的發展道路。