建文帝朱允炆果真是與馬皇後一起投火自焚而死了嗎？明成祖朱棣心中也是將信將疑，或者說，懷疑的成分居多。於是，在他“用天子禮”葬了那被燒焦無法辨認的屍骨時，已有傳言說建文帝在城陷時逃走了。那麼，建文帝究竟哪裏去了呢？
朱棣在位的二十多年中，關於建文帝的下落，民間雖然有很多傳說，而文臣史家格於文禁，記載罕傳。仁、宣以降，有關此事的記載漸漸多了起來。
據說，金川門失守時，建文帝見大勢已去，便欲自殺。翰林院編修程濟勸他說：“不如出亡。”這時少監王鉞說道：“昔高皇帝升遐時，有遺篋，為劉基所製，曰：‘臨大難，當發。’謹收藏奉先殿之左。”眾人聞言急命他將遺篋取來。這是一個紅色木篋，周圍俱固以鐵。程濟打碎木篋，見到三張度牒，一張名應文、一張名應能、一張名應賢。此外並有袈裟、帽鞋、剃刀等物。篋內有朱紅小字寫道：應文從鬼門出，餘從水關禦溝而行，薄暮，會於神樂觀之西方。於是程濟為建文帝剃發，吳王府教授楊應能願剃發從亡。監察禦史葉希賢也說道：“臣名賢，當然是應賢無疑。”也剃發易衣。周圍五六十人，都痛哭仆地，表示願意從亡。建文帝道：“人多無益。有的人名聲素著，勢必引起究詰；有等妻子在任，心必縈係，宜各從便。”諸人哭了一場，散去了一些。有九人跟隨建文帝來到鬼門，見一葉小舟停在岸邊，神樂觀道士王升在那裏等待，自稱是太祖高皇帝托夢，特來相迎。一行人乘舟至太平門，由王升帶入神樂觀。這時天正薄暮，楊應能、葉希賢等十三人同至，共有二十二人：兵部侍郎廖平、刑部侍郎金焦、編修趙天泰、檢討程亨、按察使王良、參政蔡運、刑部郎中梁田玉、監察禦史葉希賢、程濟、中書舍人梁良玉、梁中節、宋和、郭節、史彬等。為防止人多事泄，約定左右不離者三人：楊應能、葉希賢及程濟，稱兩比丘，一道人。此時朱棣已即帝位，削在逃諸臣籍，各地方官府奉詔追查蹤跡。
建文帝在程濟等人的幫助下開始以僧人身份雲遊四方，傳說湖北、湖南、四川、貴州、雲南、廣西等地都有他的足跡。他又曾在各地寺廟留駐，如湖北武當山、廣西橫州南門寺，等等。後來明英宗正統年間，有一位老僧往見廣西思恩州土官岑瑛，自稱建文帝，蹉跎歲月，希望返回朝廷，安享晚年。岑瑛急忙報告巡按禦史，驛送赴京。途中，老僧賦詩雲：
淪落江湖四十秋，歸來白發已蒙頭。
乾坤有主家何在，江漢無情水自流。
長樂宮中雲氣散，朝元閣上雨聲愁。
新蒲細柳年年綠，野老吞聲哭未休。
老僧至北京後，朝廷派當年侍候過惠帝的尚膳監太監吳亮前去辨認。老僧見到他，說：你不是吳亮嗎？亮說不是。老僧道：“當年我禦便殿，你侍食。我棄鵝肉於地，你手執壺，據地狗舔之，怎麼說不是？聽說老臣楊士奇尚在，能讓他出來相認嗎？”吳亮複命，明英宗確認老僧即建文帝，命迎入西苑居住。程濟聞之，歎道：“今日方終臣職矣。”建文帝入宮後，人皆呼為老佛，以壽終，“葬西山。不封不樹。”
這是曆史上記載最多、流傳最廣的建文遜國傳奇，完全是出於後人的臆造。關於建文帝逃亡的故事，流傳最廣的固然當屬上述故事，而記載建文帝逃亡事跡最詳的，莫過於明人史仲彬的《致身錄》和程濟的《從亡隨筆》兩本書。史仲彬，據說曾協助建文帝出逃，並不斷予以財物資助，又幾次南下與建文帝等人見麵的一個人物。後來，史仲彬根據他自己的親身經曆，寫成了《致身錄》。明萬曆年間，這本書被在山中道觀裏避雨的幾個讀書人發現，於是得以傳世。程濟則是傳說中跟隨建文帝出逃的主要人物，據說他精於卜算，建文帝流亡期間，多次遇險，都是經他算卦預知而設法逃脫的。程濟的《從亡隨筆》，完整地記錄了建文帝逃亡期間的行蹤，何時於何地會何人，作何事，乃至飲食詩賦。類似的書還有一些，其中真偽參半，疑信互爭。現在，經過數百年的爭論和當代史學家們的考證，可以肯定地說，《致身錄》和《從亡隨筆》都是後人偽造的。
那麼，為什麼會出現如此之多的傳說和記載，乃至偽造當時人留下的記錄呢？許多史家都曾指出，這種附會“皆因心惡成祖誅夷諸忠烈之慘，而不忍建文之遽殞，故詭言劉基之秘篋，程濟之幻術，以神奇其說耳。”這當然是主要原因，而建文帝與一些建文遺臣下落不明，則成為產生這種附會的基礎。多少年來，人們對建文帝寄予深切的同情，再加上建文帝逃亡之說也並非是全無蹤影，所以這方麵的傳說和記載才會越來越多。事實上，查閱有關建文帝流亡的曆史記載，可以看到，時間越晚，記載越詳，杜撰偽造的成分也就越多。