燕王朱棣以“靖難”的名義奪取帝位，這是違背封建宗法製度傳統的，因而他對臣下是否在誹謗他，是不是忠心為他辦事，一直耿耿於懷，認為有必要加強特務統治。他除了恢複錦衣衛外，又在永樂十八年（1420）於北京東安門外設立東廠，由親信太監掌管，皇帝直接指揮，專門“緝訪謀逆妖言大奸惡等”。
提督東廠的太監由司禮監派出，下屬稱之為“廠公”或“督主”。廠公有皇帝特頒密封牙章一枚，有重要事件須上奏皇帝，以此鈐封，可以不經過任何手續，直接送到皇帝本人手中。東廠內部機製相當簡單，廠公之下，隻有掌刑千戶一名，理刑百戶一名，及掌班、領班等，東廠的骨幹力量便是專門出外緝訪的役長（又稱擋頭），有百餘人之多，每一位役長又有番子（也稱番役，或幹事）數人，總計東廠常製有一千多人。這些役長及番子原來都是從錦衣衛中挑選出來的“最輕黠猾巧者”，從此也可以看出，東廠的設立就是朱棣直接剝奪與製約錦衣衛力量的一個重要措施。東廠直接受命於皇帝，不受任何外廷機構節製。除皇帝之外，普天之下的百官平民都是東廠偵緝的對象。
東廠不僅在機構及人員配置上更加精幹合理，而且在偵緝行動上製定了相當嚴密的製度。如每月初一東廠都要集中布置當月偵緝工作，廠役在東廠內抽簽決定所負責的地盤。在文獻記載中，我們可以發現，東廠廠役的工作種類都有特殊的名稱。例如監視朝中各部官員會審大獄及錦衣衛拷訊罪犯者名為“聽記”，在各處地方官府訪緝者名為“坐記”，至於某位官員有何舉措，或某城門捕得要犯，胥吏記錄上報東廠者名為“打事件”。
在任何時代的日常生活中，不可能時時都有驚心動魄的事件發生，無事可做的廠役們便將毫無情報價值的日常瑣事記錄在案，向皇帝彙報。如某地失火或遭雷擊，皇帝當天也能知曉。至每月底，廠役還要特別奏報京師當月糧米油麵之價。平時，廠役番子上報事件後，廠公首先審閱，經過潤色之後方上送皇帝，但如有要事，即使在深夜宮門關閉之後，廠役也可從門縫中塞入，宮人接到後，立即交予皇帝本人。因此，東廠人員高效率的工作，使深居皇宮內院的帝王對外邊發生的一切可以說是了如指掌。顯然，東廠的設立使明代特務政治發展到了一個新階段，朱棣在偵緝臣民隱事方麵的手段的確超過了乃父。
偵緝他人隱事這種不光彩的勾當，吸引了大批地方上整日尋釁滋事的潑皮無賴，這些人自然而然地成了東廠役長、番子們的幫凶。於是他們就勾結起來，利用皇家鷹犬的身份，幹起了敲詐勒索的勾當。當這些無賴打探到某家一樁隱事之後，即稱獲一“起數”，由番子負責向役長（即擋頭）彙報，擋頭則根據情報的價值支付銀兩，這叫“買起數”。然後，這些無賴就帶領番子至此家周圍進行監視，在找到一些蛛絲馬跡後，番子們就衝入該戶人家，加以拘捕審訊。如不立即交納足夠的賄金，就私動慘刑，並授意其誣陷周圍富戶，如果能撈足錢財，即告無事，如若沒有油水可榨，即交於錦衣衛監獄處置，其性命便再無生還之望。
東廠之設充分顯示出朱棣過人的心機，一方麵無論廠公，還是下屬番子，隻有權偵緝，而無權審理處置；另一方麵東廠偵緝範圍極廣，但隻對皇帝彙報負責，不受其他朝廷機構的約束，其結果是大大增強了皇帝對臣下的監視及控製，一切決定都出於皇帝本人，這樣就從根本上杜絕了任何機構（包括錦衣衛）的僭越專斷。因而，在這種意義上，東廠稱得上是名副其實的特務機構。
天啟年間（1621-1627），魏忠賢閹黨專政時期，東廠製造的禍害達到了極端慘重的地步。東廠對於反對魏忠賢閹黨的官民，鎮壓尤其殘酷。許多反對閹黨的官員，都是被東廠隸役誣陷，強加以某種罪名，然後逮捕交錦衣衛的北鎮撫司審訊拷打，折磨至死。左副都禦史楊漣、左僉都禦史左光鬥等人上疏彈劾魏忠賢，魏閹就指使其黨誣蔑楊、左等人受遼東經略熊廷弼的賄賂。當時，熊廷弼因在遼東與後金的戰事中吃了敗仗，被捕在獄。魏忠賢借此興起大獄，把楊漣、左光鬥等六人逮捕下獄。一時緹騎四出，凡是與這六個人有關係的，都被跟蹤盯梢，隨時都有送命的危險。楊漣如楊漣被捕後，特務馬上監視他的親家陳愚，而他的朋友竟有因為怕牽連而自殺的。在這樣的情形下，他們的親戚朋友除少數幾個有血氣的外，大多是關門閉戶，如大禍臨頭，連探問一聲都不敢，更別說出力營救了。在獄中，楊、左等人受盡酷刑，每五天就被拷打一次，每次都是扭、拶、鐐、夾、杖等刑罰輪換著施用。舊傷未愈，新創複加，到後來審訊時，一個個都無法跪起，隻能戴著桎梏平臥堂下。六人除一人自殺外，其餘全在獄中被折磨至死。楊漣死時，土囊壓身，鐵釘貫耳，慘狀令人發指。天啟六年（1626），魏忠賢再次興起大獄，把周起元、周順昌等七人捕捉下獄。這次的特務偵緝比前次更加嚴密，從被捕人的家鄉到京城內外，都布滿了東廠的特務，到處都籠罩著一片陰森恐怖的氣氛。這次被抓的人，也一個個被害死於獄中。