英宗被俘、土木慘敗的消息傳到北京，明朝百官一片恐慌，聚集在殿廷上號啕大哭。皇太後下詔立英宗的長子朱見深為太子。但是，在這國難深重的時刻，怎能讓這個年僅兩歲的小孩登皇帝位呢？因此，又命王朱祁鈺監國，總理國政。
王召集群臣討論戰守之策。翰林院侍講徐理首先站了出來，朗聲說道：“臣夜觀天象，稽算曆數，天命已去，惟有南遷可以紓難。”當時留守北京、身為兵部侍郎的於謙聞聽此言，厲聲喝道：“主張南遷的，罪當斬首！京師是天下的根本，一動則大勢去矣。你難道不懂得宋朝南渡的教訓嗎？”這一駁斥令徐理非常難堪。他不敢再說什麼，低著頭退了回去。其餘文武及太監也讚同於謙之言，決意堅守北京。消息傳出，京師官民才開始恢複平靜。
誰也沒有想到，在朱祁鈺攝朝之初，風波驟起。不少朝臣痛定思痛，對王振的專斷胡為切齒仇恨，右都禦史陳鎰等人在朱祁鈺上朝之時，上前失聲痛哭，請求族誅王振，以謝天下。王振死黨錦衣衛指揮使馬順叱令群臣退下。給事中王竑撲上前去抓住馬順的頭發，張口咬其肉，並罵道：“汝倚王振作威作福，今日還敢如此！”怒不可遏的文武百官忍無可忍，一擁而上，圍住馬順，拳腳齊下，馬順立即斃命。馬順手下的衛士與群臣對峙，當時場麵混亂已極，如不製止，將無法收拾。朱祁鈺手足無措，欲起身回宮。在場的於謙挺身而出，上前護住朱祁鈺，請他宣諭群臣道：“馬順罪當加誅，毆擊者不加追究。”聞聽此諭，文武百官才鎮靜下來。混亂之中，於謙袍袖均被撕裂。緊接著，朱祁鈺又命捕來王振死黨王山，押至刑場處死，下詔將王振家族無論少長皆斬，籍沒其家私，抄得金銀六十餘庫，珠寶無數。京師官民無不歡悅，奔走相告。
王直在這一係列突發事件中，於謙正義凜然，當機立斷，受到朝野人士的崇敬。德高望重的吏部尚書王直拉住於謙的手，感慨萬千：“國家危難之時，正賴於公輩支撐。今日之事，雖有百個王直，又有何用！”眾望所歸，於謙也毅然以社稷安危為己任，數上守禦之策，朱祁鈺全部采納。於謙預計到，也先得誌，留住大駕，勢必輕我中朝，長驅直入，不可不預為計。他認為：京師兵寡，必須四出募兵增援。另一方麵，北京要作好一切防禦準備。繕器甲，修戰具，分兵把守京師九門，在城郭之外屯紮，將附城居民遷入城內。同時，選用一批有才幹的文武官員以充重任。於謙慨然承諾：“軍旅之事，臣身當之，不效則治臣之罪。”這種臨危不懼的無畏精神深深打動了朱祁鈺，因而他對於謙言聽計從。
其實，在“土木之變”英宗被俘後，一件最敏感、也最棘手的問題已擺在留守北京的文武百官麵前。“國不可一日無君”，在中國曆史上的封建王朝中，國君是至高無上的統治者，是國家一切權力與利益的化身與主宰。而明英宗的被俘就使得明王朝陷於極度尷尬之中，國君與王朝實體發生了分離。英宗被擄後，在蒙古人的逼迫下，頻頻向明朝各地索要財物，甚至要求守軍開關相迎，使得明朝官民無可奈何，左右為難。如瓦剌軍擁英宗到大同城外，守將郭登閉關不納，英宗遣人口諭郭登道：“朕與汝有姻親之誼，為何拒朕如此？”郭登慨然回奏道：“臣奉命守城，不知其他。”英宗深恨之。可見，明朝諸臣已陷入忠於君王還是捍衛社稷的困惑之中，郭登剛烈，拒而不納，其實就是做出了舍君主保江山的選擇，這當然承擔了極大的風險，英宗還是王朝的皇帝，抗旨不遵、欺君犯上均是大逆不道的罪行。