崇禎帝以前，人們大都以為，崇禎帝既然處死了大宦官魏忠賢，就不會再重用宦官。但仔細考察一下就會發現，自崇禎三年著名將領袁崇煥被處死後，崇禎帝認為還是宦官最可靠。袁崇煥因袁崇煥與東林黨人過從密切，他便將東林黨人紛紛罷職，又變本加厲地重用起宦官來。
眾所周知，明代宦官參政由來已久，至天啟年間達到頂峰，以魏忠賢為首的宦官勢力控製了從中央到地方的一切軍政大權。崇禎立誌維新，登基僅三個月，便手鋤大奸，魏忠賢等一大批宦官被清除。這實際是出於崇禎帝鞏固自身地位的需要。熹宗早死，大大出乎魏忠賢等閹黨的意料，崇禎嗣位，魏忠賢等人更是驚恐萬分。魏忠賢大權在握時，根本就沒把朱由檢放在眼裏，而是對包括朱由檢在內的幾位親王在經濟上恣意貶損、克扣，雙方關係貌似融洽，實則形同水火。崇禎帝即位初，為防範魏忠賢，甚至不吃宮中的食物，而魏忠賢等亦有另立福王的打算。因此崇禎帝上台後，便假意信任魏忠賢，優詔答待，暗地裏卻開始削奪他的勢力。即位僅一個月，就撤去魏的死黨司禮監太監李永貞，換上自己藩邸隨侍太監徐應元，接著在以後的兩個月，大批魏黨宦官被撤。但崇禎帝奪魏忠賢等宦官之權，並非要廢除宦官之政。這實際是一次宦官大換班、大調整。經過此次削奪，一方麵解除了魏黨對自己的威脅，同時也為自己信任的宦官出台掃清障礙。
毋庸諱言，崇禎帝在寵信宦官的同時，並不是完全排斥朝臣。但己巳事件對崇禎帝任用朝臣方麵有著舉足輕重的影響。本來，崇禎帝登基伊始，確有起用朝臣、抑製宦官的想法，他對明代前期的宦官幹政及其後果也有較深的認識。在鏟除魏忠賢閹黨勢力後，也大膽起用東林黨人如韓、錢龍錫等人，並對他們寄予厚望，尤其是當袁崇煥在這位年輕的皇帝麵前，誇下海口說五年恢複全遼時，更使崇禎帝備受鼓舞，然而這種中興的熱情卻為崇禎二年後金軍隊兵臨北京城下的危局所撲滅。對遼東局勢並無多少了解的崇禎帝，有一種被人欺騙了的感覺。同時京城軍民也是第一次“遭兵，怨謗紛起”，再加上皇太極巧施離間計，崇禎帝對袁崇煥的信任感一下子破滅了。這次事件在崇禎心中造成極大的影響，認為“諸臣負國家”。崇禎帝素來輕信而好疑，後金施反間計加重了他這種戒心。因此，袁崇煥被逮下獄。而他的下獄又為反對派提供了打擊的契機。袁崇煥事件使崇禎帝喪失了對朝臣——特別是東林黨人的信任。
崇禎四年後，崇禎帝全麵任用宦官。其間雖於崇禎八年和十三年有兩次短暫撤除宦官的行動，但都不久即複。因此，自崇禎四年到明亡，宦官一直掌握著明朝一些重要部門的大權，一直受到重用。
首先，崇禎帝提升了東廠的權勢。按照舊例，東廠一般由司禮監秉筆太監第二人或第三人掌管，最高職級為“提督”，連魏忠賢也隻是東廠提督而已。崇禎帝則一改舊規，將東廠提督京營的宦官升為“總督”。實際上，京營由宦官掌管時，一般由東廠提督兼掌。崇禎帝將東廠提督升為總督乃破天荒之舉，“儼然以將相之職授璫（宦官）矣”，宦官的職級和權勢都大為提高。他們不僅偵緝臣下更加嚴密，而且還公然堂而皇之地上疏，對大臣進行彈劾。這種情況是以前所見不到的。