近年來，不少歐美學者來該島調查，大家都對這項宏偉的工程是否是用人力完成表示懷疑。
據調查，整個建築用了大約100萬根玄武岩石柱，係從該島北岸的采石場開鑿，加工成石柱後用筏子運到這裏。專家估計，如果每天有1000名勞力從事開鑿，那麼光是采石就需要655年，最終要完成這項建築的話，需要1550年的時間。
現在，波納佩島上有人口2.5萬，而南馬提爾遺跡建造在古代，人口還不到現在的十分之一。據此，1000名勞力的人數差不多是動用了全島所有的勞動力。何況為了確保生存，還得抽調一部分人去從事農業生產，因此專家們設想這項工程很難憑借人力完成。
有的考古學家認為玄武岩是岩漿冷卻岩石，試圖將建造遺跡用的五角、六角形石柱解釋成是天然的岩漿冷卻凝固而成的；但是，從實際石柱的表麵來看，很難解釋成是自然成型的，它們無處不在顯示著人力的痕跡。
前不久，美國的調查小組用碳14對遺跡進行了年代測定，結果表明南馬提爾遺跡是在距今800年前，即公元1200年左右建造的。公元13世紀初時，薩烏魯魯王朝正統治波納佩島，所以調查組設想環繞波納佩島的南馬提爾遺跡也許是作為該王朝的要塞修建的。薩烏魯魯王朝創始於公元11世紀，在經曆了2O0多年的繁榮後竟原因不明地滅亡了。因此，在這樣短的時間內就完成這樣宏大的工程，怎麼也不會令人相信。
南馬提爾建築成了一個未解之謎。
英國學者詹姆斯·拉奇伍德從一位印度高僧珍藏多年從未向外人顯露的幾個泥塑板上破譯了其中的記載：遠古的太平洋上存在著遼闊的第六大陸。它包括東到夏威夷群島，西到馬裏亞納群島，南到波納佩群島和庫克群島的廣大區域，是人類文明最早的發祥地之一，距今約5萬年前。此文明曾繁榮一時，卻在1.2萬年前因大地震沉陷海洋。拉奇伍德經多年的考察認為，現今南太平洋上的無數島嶼是第六大陸的殘骸，而南馬提爾遺跡就是泥塑板上記載的第六大陸文化中心的七城市之一——罕拉尼普拉。
長年從事波納佩島與第六大陸的關係研究的詹寧不同意拉奇伍德的說法，他認為第六大陸的真正文化中心是現今夏威夷島東北五六公裏的地方。但他十分稱道拉奇伍德破譯泥塑板上所記載的內容價值。他認為泥塑板所記載的是2萬年前古印度的曆史，文中記述了當時已有像今天的飛機那樣能在空中飛行的機械，與古印度梵語敘事詩“摩訶波羅多”中記載相似，也可解釋南馬提爾島上流傳的巨石建築師阿迪兒法伊兄弟用咒語驅動巨石飛來的神話。他認為，第六大陸的文明科學與今天的科學不同，有控製重力的能力。今天印度瑜珈行者具有身體漂浮在空中的能力，包括在第六大陸文明成果之列。
美國反重力工程專家戴維也認為，通過反重力學的研究，也許可以揭開南馬提爾巨石建築之謎。他根據愛因斯坦的統一論導出的音叉裝置，提出了聲音共振產生反重力的假說，企圖以此來說明南馬提爾巨石建築，是用反重力控製法空運來的。
盡管假說眾多，但也矛盾重重，疑點密布。其中最突出的問題是：研究發掘者暴死之真正原因是什麼？第六大陸是否真正存在過？這一切似乎成了永恒的謎團……