《農民專業合作社法》第六條規定，國家保護農民專業合作社及其成員的合法權益，任何單位和個人不得侵犯。此處所指的“農民專業合作社及其成員的合法權益”主要包含如下內容：
一是農民專業合作社的合法權益。
（1）財產權利。《農民專業合作社法》第四條第二款規定，合作社對成員出資、公積金、國家財政補助形成的和社會捐贈形成的財產，享有占有、使用和處分的權利。這一規定旨在明確合作社對上述財產享有獨立支配的權利。本條第二款同時規定，農民專業合作社以上述財產對債務承擔責任，這是合作社行使財產處分權利的重要形式。同時，合作社作為獨立的法人，依法享有登記財產、申請注冊商標和專利的權利。
（2）依法享有申請登記字號的權利，並以自己的名義從事生產經營活動，其字號受到相關法律保護，任何單位和個人不得侵犯。
（3）生產經營自主權。農民專業合作社作為獨立的市場主體，在其成立之後享有生產經營自主權，其生產經營和服務的內容不受任何其他單位或者市場主體的幹預。
（4）通過訴訟和仲裁的途徑保護自身權利。農民專業合作社作為法律認可的民事主體，在日常經營活動中，如其合法權益受到侵犯，可以依法通過訴訟和仲裁的方式維護自身的合法權益。
（5）依法享受國家扶持政策的權利。符合國家規定的農民專業合作社可以按照規定享受國家支持農民專業合作社的各項政策。
二是農民專業合作社成員的合法權益。
（1）經濟權益。主要體現為以下三個方麵：①對出資的支配權利。農民專業合作社成員的出資在本質上是將其個人擁有的特定財產授權合作社進行支配。在合作社存續期間，合作社成員以共同控製的方式行使對所有成員出資的支配權。②農民專業合作社應當為每個成員設立成員賬戶，如實記載該成員的出資額，並量化為該成員的公積金份額和該成員與本社的交易量（額）。這說明了成員對其出資和享有的公積金份額擁有終極所有權。即按照《農民專業合作社法》第二十一條規定，成員資格終止的，農民專業合作社應當按照章程規定的方式和期限，退還記載在該成員賬戶內的出資額和公積金份額；同時，資格終止的成員應當按照章程規定分攤資格終止前本社的虧損及債務。③獲得相應的盈餘。農民專業合作社的盈餘本質是來源於其成員向合作社提供的產品或者利用合作社提供的服務。《農民專業合作社法》第三條第五項確立了農民專業合作社“盈餘主要按照成員與農民專業合作社的交易量（額）比例返還”的原則，並且返還總額不得低於可分配盈餘的百分之六十。同時，合作社接受國家財政直接補助和他人捐贈所形成的財產，也應當按照盈餘分配時的合作社成員人數平均量化，以作為分紅的依據。