1.政府重視，製定法規與規劃
多年來，我國各級政府和廣大人民群眾，為大遺址保護付出巨大努力和代價，取得成績，並積累了寶貴經驗。依照國家文物保護法規，各級政府及文物部門劃定保護範圍，建立檔案、樹立標誌，建立組織和委托專人看護，做了大量基礎工作。國家安排進行了一係列大遺址調查、勘測、發掘和研究項目，為大規模搶救保護和展示創造了一定的基礎條件。一些地方堅持貫徹了大型基本建設避開大遺址的措施。有些地方則遷移了遺址範圍內的村莊、單位，拆除了有影響的現代建築，建設了遺址博物館和保護展示遺跡的設施，做了一些局部性工作。近些年來，各地積極對大遺址保護展示進行規劃。對一些特別重要、又受城鄉建設威脅嚴重的大遺址，國家進行了重點指導和支持，一些項目已經啟動。國家文物局在2004年10月，組織國內專家學者雲集西安召開大遺址保護規劃討論會，針對目前大遺址保護存在的問題以及保護規劃進行討論。
2.法規與規劃落實不力，破壞時有發生
近年來，國家和社會對大遺址采取了不少保護措施，如大遺址保護規劃的製定，國家主管部門對大遺址之內大型基本建設項目審批的嚴格控製等，使大遺址保護取得了一定進展。但是，目前大遺址保護形勢依然嚴峻，對遺址的破壞時有發生。例如吉林省四平市有關部門在修建環城公路時，未待考古部門對區內文物搶救發掘即強行施工，為了修一條公路，損壞了5處金代遺址。雖然《文物保護法》已經公布實施，一些大遺址所在地也製定了“保護規劃”，但是現在不少大遺址仍然嚴重存在有法不依的問題。在大遺址保護範圍之內，不遵守《文物保護法》，不向文物行政管理部門報告，不經文物行政管理部門批準，擅自進行開發建設、破壞遺址的現象已發展到十分嚴重的地步。例如，在夏代都城的河南偃師二裏頭遺址中心保護區，新辟了大量房基地，建起了一片一片的樓房；著名的偃師商城遺址，僅僅十幾年就被城鎮化過程中的偃師市大麵積蠶食；漢長安城遺址區內，農民占用大量土地修建樓房；作為大城市近郊，他們又把大量土地出租，承租人則在遺址之上興土木、搞開發。
3.分布範圍廣，區域保護與利用不平衡
據統計，在我國全國重點文物保護單位中，屬於大遺址的有412處，幾乎遍布全國各個省和直轄市。在2000多處（屬於大遺址）省級文物保護單位中，麵積由幾公頃至幾萬公頃。時代多集中於新石器時代、春秋戰國時期、漢代和唐代。大遺址在地域分布上極不均衡，甘肅、河南、山東、河北、陝西有200處以上，青海、湖北、山西有100處以上，新疆、廣西近百處。從我國東部、中部和西部三區來看，東部經濟發達，用於大遺址保護的經費較多，人們開始熱衷於文化旅遊，在一定程度上促使了對大遺址的保護與利用；中西部經濟落後，用於大遺址保護的經費有限，人們首先考慮的是如何生存發展，但近幾年，隨著旅遊業的快速發展，對大遺址保護與利用也越來越重視。
4.經濟投入有限，保護措施不力，保護技術有待提高
由於國情所限，我國的文物保護單位又多，用於文物保護的經費較少，許多文物保護單位處於無人管理的狀態，有人看護的文物保護單位也多隻是看管現狀，避免遭受進一步的破壞，但隨著經濟的快速發展，城鎮的不斷擴張，現有的保護措施已跟不上形勢的發展。目前，絕大多數遺址缺少技術保護措施，采用技術保護的遺址也大多數是設置圍欄、搭建簡易的廳棚等。
5.保護與利用的矛盾日益突出