原文以明弘治十七年（1504年）馬思進《武經總要·百戰奇法》刻本為底本（簡稱“馬本”），以明萬曆二十七年（1599年）唐富春《武經總要·百戰奇法》刻本（簡稱“唐本”）和王鳴鶴《登壇必究·百戰》刻本（簡稱“王本”，但該刻本僅存錄《百戰奇法》前集之五十戰）、崇禎九年（1636年）所刻《韜略世法》叢書收錄的《百戰奇法》之汪淇參訂本（簡稱“汪本”）為參校本，對照有關正史原著進行校勘的，凡是重要校正處，均在本書“注釋”中加以說明，不另出校記。原文校勘中需要強調說明的問題有二：
其一、該書所引古代兵法（即“法曰”內容），凡與原著不同且影響原意的，均據原著校改，並在“注釋”中說明校改理由；引文字詞雖與原著不同，但不影響原意的，一般隻注明原文，不作文字改動；凡引文脫漏成分，則補足後加方括號“〔 〕”。
其二、該書所引的史例，凡引文與史籍相悖者，均據原著予以訂正；引文字詞雖與原著不同，但並未改變原意的，一般不再更改；引文凡有重要脫漏，不補則影響文義連貫完整或者減煞該書軍事特色的，則據史書原著予以增補，所補成分加方括號“〔 〕”。
注釋力求準確、簡明，一般不作字源、詞源考證。注釋的主要內容是：生僻字詞釋義，重要專用術語，兵法引文及史例出處，曆史人物及地名，重要校勘注文和足以證明其成書時代的避諱文字。這裏需要著重說明的，史例中所涉及的曆史人物，一般都加注釋，但同一人物在不同篇目中多次出現時，隻注釋首次；戰例中所涉及的曆史地名，一般都注明今地名，但同一朝代的同一地名，雖在不同篇目史例中多次出現，隻注釋首次，不同朝代的同一地名，則分別注釋。