時間上的前後關係很容易使人得出一個因果推論：徐光啟入教完全是為了較便利地得到西方科學知識。這是一個很流行且曆史悠久的觀點。1906年，著名學者黃節所撰《徐光啟傳》發表在《國粹學報》上，立論認為徐光啟表麵上尊奉天主教，而實際上則隻是為了得到西洋傳教士攜來的象數之學。黃氏之論是有感而發的，因為自19世紀以來“借外族戕同種，得富貴以去”的中國人大有人在。黃氏著文的宗旨是在於痛斥崇洋媚外，甚至借洋人殘害同胞，以此求富貴的惡劣現象，因此希望通過解釋徐光啟入教的原因而引起國人的清醒反思，其動機是無可厚非的，但其結論卻與傳教士柏應理的解釋相似，即走向了另一個極端，缺乏深入的了解和分析。這一解釋對今人還有很深的影響。確實，傳教士們以科學吸引士大夫，希望士大夫從科學真理走向所謂啟示真理的目的是彰明較著的，這種傳教策略也容易使人相信黃氏論斷的準確性。利瑪竇死後，這種策略有所變化，傳教士們不再那麼熱情慷慨地傳授科學知識，方以智“詣之，問曆算奇器不肯詳言，問事天則喜”，也至少說明黃氏的結論反映了一些客觀事實，即入教事天可能在獲得曆算奇器等科學知識方麵得到便利。
然而，徐光啟由儒入耶的動機絕非如此簡單。他的舉動決不僅是從一種宗教或安身立命之學轉向另一種宗教，而是帶有文化上的全麵性的思想轉化。當然，這並不是說他是最早的全盤西化論者。
四、需要與合作
徐光啟受洗後一年即成為進士，他由此便成為利瑪竇等傳教士心目中最理想的教徒，因為徐光啟不但有廣博的知識，可以為利瑪竇會合中西、附儒傳教提供必要的資訊，他還有由科舉功名帶來的聲望。一個有知識、有聲望的中國教徒正是傳教士們求之不得的可以用來感染新的福音聽眾的樣板。而在徐光啟看來，與利瑪竇傳教士接觸，不但可以解決自己在宗教上的終極關切，可以在中西文明的對比中反思自己自幼便浸潤其中的傳統文化，而且還可以從傳教士攜來的西洋科學中獲取中國之急需。徐光啟與利瑪竇之間的這種相互需要的關係注定了他們要攜手合作，在中西文化之間搭架起一座溝通的金橋。這種相互需要愈是急迫、愈有深刻性，那麼，他們的合作便愈是有效益、有價值，並臻於精誠之境。
1604年，在湖北與宦官作過堅決鬥爭的馮應京在北京獄中服刑，這位欣羨西學的士大夫認為“天學”是實學，他在獄中仍難以忘懷他孜孜以求的“天學”，將利瑪竇在南京撰寫的《二十五言》這本論述和闡發古希臘哲人關於修身的倫理學著作酌加潤色並付刻。十月十七日，馮應京出獄時，徐光啟曾前去看望這位勇敢的鬥士，讚揚他是位“仁人”。作為利瑪竇和馮應京二人的友人，利瑪竇與徐光啟的合作臻於精誠之境徐光啟於十二月二十一日撰寫《跋二十五言》。在這篇短文中，徐光啟稱利瑪竇為“海內博物通達君子”，譽之為“博大真人”。這正是利瑪竇需要的用來在北京士大夫中贏得更高聲望的讚美之辭。但徐光啟本人決無阿諛迎合之意，他欣賞的是利瑪竇的博學，而且真誠地認為利瑪竇傳揚的宗教與中國傳統文化沒有根本衝突，或者說對本土文化不構成威脅。
1605年，徐光啟撰寫《山海輿地圖經解》，以“正、戲、別”三論解說天地並為圓體，宣傳由利瑪竇輸入的與中國傳統迥然不同而且是正確的天文學和地理觀。科學對利瑪竇宣傳的天主教來說不過是工具或奴婢，宣揚奴婢的正確性無疑即是隱含地宣揚主子——天主教的正確性，這正是利瑪竇求之不得的合作。然而，徐光啟的宣傳卻出於他對科學真理的追求和虔敬，同樣沒有迎合利瑪竇需要的意圖。