一、“啟生平善疑”
作為明末一位偉大的科學家，徐光啟與宋應星、李時珍等人的不同之處在於，由於他有機會與利瑪竇等傳教士接觸，得以突破傳統思想文化和科學技術對他的限製，站在中西文明的交彙點上，含英咀華，融會貫通，從而為中國科學技術的發展作出了不可低估的貢獻。提到他與利瑪竇等人的關係，我們便難以回避這樣一個客觀事實：在成為一個卓越的科學家之前，徐光啟便已經是一位天主教信徒。換言之，他不僅是西方科學的崇信者和傳播者，也是西方宗教及某些西方思想文化的崇信者。然而，必須指出的是，徐光啟絕不是一位盲從的教徒。考察一下他接受和理解“天學”（宗教與科學）的視角或過程，有益於我們全麵理解這位在中西文明史上不可忽略的重要人物。
前文曾經指出，徐光啟為了科舉功名，曾飽讀儒家聖書，但也由於師承關係而受到陽明心學的不小影響。這種影響在於可能一方麵造成了他在科舉“爛路”上的坎坷，另一方麵則可能培養了他的懷疑和批判精神。在成進士之前，徐光啟與其他士大夫一樣，也曾致力於章句之學，撰有《毛詩六帖》（作於1603年之前），上述的懷疑批判精神在該書中也有所表現。唐國士在《毛詩六帖序》中說，該書是徐光啟在教書之餘輯寫成的，並說他本人“深知是書妙處能補紫陽（朱熹）之缺略，闡箋傳之精微者也。蓋昭代尊崇紫陽傳注外，一切抹殺……”《毛詩六帖序》，見《徐光啟著譯集》第十二冊。從唐氏的敘述中，足以見證徐光啟在早年治學時，有崇尚被官學“抹殺”之學的傾向或某種程度的反抗精神。徐光啟在《毛詩六帖自序》中坦率指出，該書“但求其所以然之故，求其故而不得，雖先儒所因仍，名流所論述，援因辨證，如雲如雨，必不敢輕信所疑，妄書一字。”《毛詩六帖序》。顯然，徐光啟對人們引為權威的先儒之說並不那麼盲目信從，為了求其所以然之故，或者說為了求得真意或真理，他決不拜倒在先儒的權威之下，而是敢破敢立，敢於懷疑。
萬曆三十二年（1604），在《跋二十五言》中，徐光啟明確承認：“啟生平善疑”。這委實是一種非常深刻而又坦率的自我刻畫。正是這種懷疑精神導致了他後來在中西哲學、倫理、宗教思想和科學思想的比較中對傳統文化的認真反思和批評。
陽明心學在明末的盛大影響使一部分士大夫走上了“狂禪”或逃禪出世之路，但對徐光啟的影響則隻限於使他的思想具有基於善疑的開放性，從而使他既不拘於正統的權威之說，也不拘於自己已經接受並且較為偏愛的理論，因而能博采眾長，眾通為己。在翰林院散館前後，徐光啟的治學精神和思想傾向均有明顯變化，開始走向成熟。張溥在為《農政全書》撰寫的序文中說，徐光啟初筮入館時，就以天下為己任，講求治道，博極群書。以前他對詩賦書法均很精通，入館後卻認為這些都不過是雕蟲小技，因而全都摒棄不為，而將注意力集中到治律兵農，“窮天人旨趣”，稍早，已開始“遍閱古今政治得失之林”，這樣，徐光啟書法《鏡心》徐光啟便從致力於章句之學轉向了經世致用之學。徐光啟的門人陳子龍（也是複社領袖之一）所撰《農政全書凡例》雲：“徐文定公忠亮匪躬之節，開物成務之姿，海內具瞻久矣。其生平所學，博究天人而皆主於實用。”陳氏之言高度概括了徐光啟成進士後的治學內容和精神。
徐光啟在成進士後，開始批判由王學末流衍成的明末玄虛學風，也注意反省和清算佛老二氏對學風的影響。1605年，他撰有詩文《題陶士行運甕圖》，其中寫道：“絕代風流是晉家，廷臣意氣淩青霞。霏屑玄談未終席，胡騎蹂人如亂麻。白玉塵尾黃金埒，甕間酒龍聲嗑嗑。誰使神州陸沉者，空複新亭淚成血。”。這是借古諷今，旨在說明“清談誤國”，也是以詩言誌，明確士大夫應承擔起振拔學風的責任，以免重蹈山河遭異族蹂躪的悲慘命運。同年，徐光啟在翰林館課中直接批判明末玄虛的心性之學，尤其批判逃禪之流弊：“人習於欲必修以入聖，自然之勢也，侈口見宗日當下即是，作意妄成，如是以求赤子之心，去孔孟遠矣。”。這篇文章上部分論赤子之心時有一部分思想資料取自王陽明，但這並未妨礙他批判王學中的逃禪之風。