西班牙人在美洲大陸的征服殖民事業始於1509年。這年朝廷批準在巴拿馬一帶和哥倫比亞北部海岸兩地殖民定居。巴拿馬地區的殖民事業很快失敗。由於疾病、饑餓、捕捉印第安人遭反擊等原因，幾個月後定居的殖民者就死了9/10，殖民地隻好放棄。另一塊殖民地的情況也不妙。1509年11月，老冒險家阿隆索·德·奧赫達率隊從伊斯帕尼奧拉（海地）出發。他們在今哥倫比亞的卡塔赫納登陸時，與當地印第安人發生了激烈的戰鬥，地圖學家德拉·科薩和許多西班牙人中了毒箭狂躁而死。奧赫達隻得西去，在烏拉瓦灣岸邊建了一個定居點。同樣由於饑餓、疾病、捕捉印第安人遭反擊等原因，該地的殖民者不斷減少。奧赫達也受了傷，他隻好回海地求援，從此沒回來過，幾年後死去。在此期間，這裏暫由後來臭名昭著的殖民征服者皮薩羅負責。1510年，奧赫達的繼任者恩西索給殖民點帶來了增援者和補給品，其中有一人叫瓦·魯·德·巴爾波亞。
巴爾波亞於1475年出生於西班牙巴列羅斯一個小貴族家庭，25歲時到美洲冒險，隨巴士蒂達斯在西班牙海（加勒比海）航行探險過。巴爾波亞以後定居在海地，成為一個種植園主。但經營不善，負債累累。這次為了躲債從聖多明各出走參加新的冒險。他建議放棄烏拉瓦灣的聖塞瓦斯蒂安據點，促成在烏拉瓦灣西北岸非常靠近巴拿馬的地區建立新的殖民點聖瑪麗婭·安提瓜，這裏遂成為歐洲人在美洲大陸上的第一個穩定的殖民定居點。他們在這裏搶到一些食物，當地印第安人也沒有毒箭。這樣，巴爾波亞逐漸排擠和趕走了原來的恩西索，成為這批殖民者的頭領。1511年12月西班牙國王認可了巴爾波亞的地位。接著，巴爾波亞又收編了在巴拿馬一帶殖民失敗而前來的殖民者殘部，實力擴展到300多人。巴爾波亞還把原來的殘部頭領尼庫伊薩等幾個放逐在海上，他們從此失蹤。巴爾波亞對印第安人進行分化瓦解。他利用部落之間的矛盾，與一些部落修好，獲得糧食和土地；然後又進攻、搶劫另一些部落，破壞村莊，販賣俘虜。
巴爾波亞從印第安人那裏打聽到，西邊有一片大海和一個盛產珍珠、黃金的國家，那個海裏航行的船還不比西班牙的小。巴爾波亞決心去尋找這個國家。他給西班牙國王寫信，要求補充人員和槍支、彈藥、弩箭等，以便組織一支遠征探險隊去尋找“西方黃金極多的國家，那裏的酋長把黃金像玉米一樣儲藏在地窖裏。那裏的河流夾帶著金砂奔流，而且西方的海中有豐富的碩大的珍珠。”但傳來的消息是，由於他收編從巴拿馬來的殖民者，放逐它們的首領，當局要懲辦他。巴爾波亞便不再等待，想立功贖罪。
1513年9月1日巴爾波亞率隊乘船離開安提瓜，向西北行駛了約150公裏，到了巴拿馬地峽東部較窄處，這是他們從印第安向導那裏了解到的。9月6日他們登陸，向西南橫穿地峽。遠征探險隊包括190名西班牙人，好幾百印第安人，他的印第安老婆、皮薩羅和一大群獵狗。西班牙人與叢林中的印第安人發生了激烈的戰鬥，但尚無鐵質武器、甚至無銅質武器的印第安人很快被擊敗，逃跑。遠征探險隊繼續前進。道路很不好走，布滿茂密的熱帶雨林、沼澤和湍急的溪流，探險隊不得不披荊斬棘涉水而行。蚊虻和蛇蠍也經常襲擊探險者。一些西班牙人因染上了叢林熱（熱帶惡性瘧疾）而死去。在三個星期裏遠征隊隻前進了45英裏。9月24日，他們又擊退上千印第安人的進攻，在誇雷誇人村落繳獲了一些食品。9月25日，他們終於到了一座陡峭的山峰下。印第安人向導告訴他們，在這座山頂上就可以看見西南方的大海。巴爾波亞把隊伍留在山下，一個人登上山去，果然在西南方看到了一望無際的大海。巴爾波亞稱這片新發現的海洋為南海（Mar del sur），以別於北方的大西洋（北海）。探險隊繼續南下，四天後到達巴拿馬灣的聖米格爾灣。巴爾波亞趟進水裏舉行了占有儀式，以西班牙國王的名義宣布占有了“南部的這些海洋、陸地、海岸、港灣和島嶼。”他們還做了獨木舟在海灣航行，發現了珍珠豐富的漁場。他們沿海岸考察了聖米格爾半島，然後又橫穿地峽，於1514年1月初回到安提瓜。巴爾波亞向西班牙送回了發現大南海的報告和所獲財物的1/5，它們是一些精美的寶石、珍珠和黃金。這樣巴爾波亞得到了寬恕，並被提升為南海、巴拿馬和科伊瓦總督。