由於《涅槃經》弘傳，闡提無性的思想已日見式微，眾生有性的思想入主佛學界，成為佛性思想的主流。關於佛性思想的爭論，反映出佛性的本有與始有的爭論。
所謂本有，主張佛體理極，性自天然，一切眾生，本自覺悟，不假造作，終必成佛；所謂始有，則認為清淨佛果，從妙因生，眾生覺性，待緣始起，破障開悟，當來作佛。佛性本有，還是始有，諸大乘經曲說法不一，甚至一部經典中就有多種說法。例如《如來寶藏經》以九喻說眾生有如來藏性：化佛在萎花喻，淳密在嚴樹喻，粳糧未離皮喻、真金墜不淨喻、貧女有珍寶藏喻，庵羅果內種不壞喻、金像裹穢物喻、貧女懷貴子喻、金像泥模喻。大本《涅槃經》也有貧女寶藏喻、力士額珠、暗室瓶甕、雪山甜藥之喻等，佛性如貧女家中之密藏，其意思是說眾生佛性本來具有，隻是為垢塵煩惱所覆蓋，一時不得自見罷了；這有如貧女家中，本藏有黃金，隻是尚未發掘，故暫為貧女，一旦發掘出來，輒可成為巨富。主本有者以此為據，證眾生佛性本有。
本有說的基本觀點，以所引的經論看，主要以理性和因性解釋佛性。既然真理自然，佛性常住，因此說眾生本有佛性。其基本立足點是眾生有正因佛性在，他日必得佛果，以必有固，言佛性本有。寶亮之《大般涅槃經集解》卷五十六說：“明眾生佛性亦然，非即身中已有一切種智，以有因故言眾生有佛性。若無此天然之質，為神之主，終不修因，除迷求解，正以神明之道，異於木石，可得瑩飾，故習解虛衿，斷生死累盡。”同時述說：“先有酪相在，因中說果，必有故言有也。”其意思就是說，所謂本有者，非即身中已有一切種智，隻為此種生有身中異於木石之神明正因，所以能除迷求解，斷惑盡累，出生死涅槃。這有如乳中有酪相在，必能生酪。“若言乳中定無酪者，至不可言乳中定無酪性。”僧宗（438—496）對此作案曰：“若使乳之無酪，如無兔角者，何故能生於酪，而不能生兔角也。”就是說乳能生酪，而不生兔角，說明乳中有酪性在，而無兔角之牲。乳與兔角是風馬牛不相關，故不可說乳中有兔角之性；反之，乳與酪有必然的內在聯係，故可說乳中有酪性。
灌頂在《大般涅槃經玄義》中說：“木石之流，無有成佛之理，則非本有之用，眾生必應作佛，今猶是因，因是本有，果是始有，本有始有之理，即是功用義。”這一主張認為，眾生異於本石等無情物，由於有成佛之理，有成佛之因，必得佛果。本有論者這種果自因出，有因必得果的思想，從理論思維角度理解，是有其合現因素的。如《中論》說：“法從因緣有，不應言無因。無無因有果，無無果之因。”《大般涅槃經》卷三十七也說：“如來或時，因中說果，果中說因，如世間人，說泥即是瓶，縷即是衣，是名因中說果。果中說因者，牛即水草，人即是食。”《大智度論》卷四十三說：“知人曰食數匹布，不可食，以布因緣得食，是名因中說果。如見好畫，而言好乎，是為果中說因。”這種因中說果，果中說因的思想，是佛教學說的一種重要思維方法。
關於始有說，據史料記載，來自當果義。前述列十一家佛性說，其第八家以當果的正因佛性。吉藏大師在《大乘玄論》卷三說：“當果為正因佛性，此是古舊諸師多用此義。此是始有義。若是始有，即是作法。作法無常，非佛性也。”這假話揭示了二層意思：一認為當來果說為始有義，二是主當來是作法非佛性。始有說的本意正是約果立言，望果說始有。就是說佛果從妙因生，眾生本雜染不淨，自非妙因，因此眾生之於佛性，自為始有；始有還有一層意思，是指眾生本有佛性，既有佛性，必得佛果，但在凡夫位時，原未得果，望得果，說有始有。