黑色教團除本部外，還有六個分部，分別是亞洲分部、中東分部、非洲分部、北美分部、南美分部、大洋洲分部。黑色教團還分為七個班，分別是科學班、探索班、醫療班、通信班、警備班、對外調整和綜合管理班，而驅魔人、室長和各班的職員等均以教團作根據地。
驅魔人/驅魔師
驅魔師，每一個聖潔（innocence）都會選擇一位使徒，亦即是“適格者”，而驅魔人就是加入了“黑色教團”的聖潔適格者。屬於“黑色教團”的前線人員，專門負責回收沉睡在世界各地的聖潔和破壞“惡魔”的聖職者。全體“驅魔人”都穿著黑色的團服。團服的胸口位置有作為“驅魔人”象征的“薔薇十字”標誌。通常“適格者”是由“元帥”發現，並帶到“黑色教團”成為驅魔人，教團為確保作戰能力和護“心”等的情況，也有“適格者”是被“黑色教團”發現，強製的被帶去成為驅魔人。
元帥
比驅魔人高一級的職位，也是“適格者”，而且與聖潔同步率超越100%以上的“臨界者”。成為元帥的主要條件是與聖潔同步率超越100%以上的“臨界者”，通常元帥要定期與教團聯絡。元帥的主要工作是四處尋找“適格者”來成為“適格者不明的聖潔”的“適合者”，成為“驅魔人”。另外元帥還會參與訓練新的“驅魔人”。
聖潔/神之結晶
神所賜予的神秘物質。隻有擁有“使徒”資格的人類才能使用，用來對付惡魔和諾亞。聖潔可以淨化惡魔靈魂，使其不再痛苦。發動時普遍發出不同顏色的熒光形態分別是寄生型、裝備型、結晶型和自立型，原有109個，在大洪水時代被衝至世界各地。
心髒（heart）
聖潔中最為特別的是“心之聖潔”，據說隻要將其摧毀，其他普通聖潔也會隨之消逝。持有者未知。（它是所有聖潔的中樞，如果毀壞了作為心髒的聖潔，那麼所有的聖潔都將失去作用，也是千年伯爵一直想得到並毀壞的聖潔。
臨界者
臨界者是指聖潔（innocence）與其適合者的聖潔同步率高於100%或以上(臨界點)的適合者。元帥全體人員都是臨界者。
降咎（咎落）
聖潔（innocence）同步率在零以下的人，強迫不適合者和聖潔同步就會產生的現象。所謂“咎”就是並非使徒還要和神進行同步。在教團製造驅魔師的實驗中，就有許多人被降咎。同時如果驅魔師有背叛神或者聖潔（innocence）的行為，也會遭到降咎。聖潔失控後人體會**縱並暴走，在24小時內遭到破壞。降咎結束以後聖潔將會恢複正常。
科學班
黑色教團的第一班，組員都是知識分子，主要進行對驅魔人的對惡魔武器的研究和開發，以及製造對探索部隊的工作必要的武器和工具，另外也負責製作團服。組員在各自的專業突出。有些擅長地質學和植物學。
探索班（hunter）
黑色教團的第二班，班組成員稱為探索部隊，負責收集全世界的情報，根據奇怪事件來尋找聖潔。是死亡率最高的職業。非驅魔人的普通人類，聖潔（innocence）的落空者，隸屬於世界各地的黑色教團及其支部，負責支援驅魔人的任務。武器是結界裝置，在驅魔人未到達現場前，用其製止惡魔的活動。（實際上他們很容易被害，結界對lv2以上的惡魔根本沒什麼用）
諾亞一族
諾亞一族（ノアの一族），諾亞共有13人，七千年前--在和持有[心髒]的家夥的戰鬥中，身為第一諾亞的千年伯爵被打敗後存活下來的十二位諾亞成為了被大洪水毀滅的世界的第二亞當，也就是現在人類的祖先！所以所有的人類都有[諾亞]的基因。
惡魔
是千年伯爵以“機械”、“靈魂”和“悲劇”作為材料製造出來的惡性生化兵器。其靈魂被千年伯爵控製，通過不斷殺人吸取能力，進行進化。惡魔的代表色是紫色，額頭上有五芒星-五芒星通常被視為惡魔符號。lv1惡魔沒有自己的意識，隻會服從伯爵和諾亞的命令發射病毒子彈，長相恐怖，為圓形，上麵插著類似於鋼管的結構，是最初形態，等級2的惡魔有自我思考的能力，能力更強，lv2保持人形，還可變身，等級3更加厲害，防禦能力更強，常常讓驅魔師措手不及，外形貌似黑骷髏，每個等級3的惡魔都有自己的暗物質，並且還會吃1，2的惡魔，有時還可以和在一起變成超大型惡魔，等級4惡魔是無法讓人形容的存在，惡魔的最高等級為等級6。
守化髏
原身為擁有頭腦聰敏的人類，被魔術改造了身體壽命約200年，身體非常堅固，能抵禦普通刀槍。負責的工作有製造惡魔﹑打掃方舟﹑幫伯爵縫衣服及一般雜務。