秦學術史與秦的政治史一樣，在中國學術史上有著重要的地位，有鮮明的特點，而且對秦以後的學術發展有著深刻的影響。秦的政治史打開了中國曆史長劇中君主政治的序幕。秦的學術史便也開始了君主政治下的學術，並且影響著秦以後的中國學術史。
說起秦的曆史，有一個觀點我想複述一下。這便是孫德謙教授在為王遽常教授所著《秦史》寫的《孫序》中的一段話。這段話是王遽常先生的父親說的：“秦結三代之局，其史乃自古無專著。汝能為之，明二千年建製所由，補十七史斷代之闕，亦盛業也”。
（一）秦學術史的地位
“秦結三代之局”。這句話說得相當準確和深刻。中國古代社會結束了氏族社會以後，進入了貴族政治時期，這便是夏商周三代。孔子歎息的君不君臣不臣的春秋至戰國是貴族政治的沒落和君主政治的孕育時期。魯隱公元年（公元前722年），鄭伯克段於鄢的故事中記錄了公子呂的話：“國不堪貳，君將若之何？欲與大叔，臣請事之；若弗與，則請除之，無生民心”。《春秋公羊傳》於隱公元年述“王正月”時也說：“何言乎王正月？大一統也”。君權不能與他人並列，也就是不能有第二個君。以後則演變為“國無二主，天無二日”。後來齊桓公也說過“君異於器，不可以二。器二不匱，君二多難”。君權被充分重視起來。君權重要，於是君的命令也便成了鐵律，即“君命無二”。以後的學者們則將君權絕對化。這是從慎到、申不害到商鞅、韓非講法勢術時的基本論點。其他學者也充分強調了君權。為了使之更有說服力和威懾力，君權神授的說法也形成了。誰能否定神呢？誰又敢否定神呢？這便是君主政治的學術表達。到了秦始皇帝統一後，貴族政治結束，君主政治進入了實施階段。這便是秦結三代之局在政治上的表現。接著，秦統一法律，統一貨幣，統一軍事領導，統一文字，統一度量衡，從政治、經濟、軍事、文化上全麵地了結了三代的做法，甚至包括整飭風俗在內。所以，現在看來，秦結三代之局，不僅是“二千年建製”，而且是全麵地從經濟基礎、上層建築、意識形態、社會風俗習慣上，都結了三代之局。
學術屬於上層建築及意識形態範疇之中，也在結的範疇之內。這是學術整合的過程。最早做這項工作的是呂不韋先生。他要為新王朝即呼之欲出的統一後的王朝的上層建築和意識形態及人們的道德標準、行為規範製定一個框架，編了《呂氏春秋》。他的做法是寬鬆的。他雖然以道德為標的，以儒學為旨歸，但是包容了百家學說。這也就是說，秦學術從秦國到呂不韋時期，是繼承了前代（包括三代，主要是諸子）學術的傳統而形成的。這個做法也是秦人發展過程中的傳統。儒墨道法在秦國都曾得到棲息、流傳和發展。穆公以前的儒，孝公以後的法，惠文時期的墨，以及道家，均是如此。即使孝公用法家，排斥儒家，但是也並未斬斷儒家西來的路徑。荀子到過鹹陽，始皇帝時的七十博士多數還是儒者。所以說，秦的學術正如它的曆史一樣，是對先秦學術的繼承。而以《呂氏春秋》為集大成之作。
秦始皇帝三十四年、三十五年所發生的焚書與坑儒事件，是秦學術史上的一次非常事件，也是中國學術史上一次重要的事件。這次事件的特點是將政治鬥爭與學術思想混淆起來，以政治鬥爭的殘酷、暴烈、野蠻、愚昧的辦法來對付學術論爭和學者個人。它創了以言論罪、思想罪罪人的惡劣先例。當然，較他早的還有周厲王胡（公元前9世紀中期）的監謗和秦孝公時商鞅的燔詩書，但似乎不及始皇帝的影響大。厲王監謗不久便下台了，商鞅時期秦仍是六國之一，勢力尚未過黃河，影響都不大。始皇帝的焚坑事業不是學術問題，而是李斯以學術問題借始皇帝之威而進行的一次政治清洗，是政治對學術的粗暴幹預。這一點，秦始皇帝原先也不想做的。這是從他三十五年坑儒前的抱怨口吻中流露出的信息。
侯行、盧生逃走後，始皇聞亡，乃大怒曰：吾前收天下書不中用者盡去之。悉召文學方誌甚眾，欲以興太平，方士欲練以求奇藥。今聞韓終去不報，徐県等費以钜萬計，終不得藥，徒奸利相告日聞。盧生等吾尊賜之甚厚，今乃誹謗我，以重吾不德也。諸生在鹹陽者，吾使人廉問，或為謀夭言以亂黔首。
始皇帝坑儒的原因有二：一是長生不老藥久未弄到，受了方士的騙；二是養活了諸生，但他們反說自己的不是，給他提意見。從焚書的原因也說明了坑儒的必然性；不給他歌功頌德，書要燒，人要坑。在這種形勢下，可以看到和聽到的便是頌聲一片。頌詞之中，豈能有學術的創見和卓識。於是，先秦學術隨著秦而結束。學術史的新階段亦即開始。梁啟超在《清代學術概論》第一段中說：
佛說一切流傳相，例分四期，曰：生、住、異、滅。思潮之流轉也正然例分四期：一、啟蒙期（生）；二、全盛期（住）；三、蛻分期（異）；四、衰落期（滅）。無論何國何時代之思潮，其發展變遷，多循斯軌。
先秦學術浪潮在秦如遇到了一堵厚牆而遏製住了。下來的學術本應是學術在逐步趨同時期後有更民主自由的新的學術境地和學術環境。但是，它卻變異向了另一個極端，即缺乏學理性的秦學術。
（二）秦學術史的趨向
秦的學術從總的趨向尤其是孝公以後看，缺乏理論性，基本是應用性的。也就是說，缺乏形而上的學理性的學術思考而更多的是形而下的應用操作。這是秦學術總的趨向和特點。也是它的不足。我曾認為，“秦的統治者並沒有一個統一的思想。”“即沒有自己的統治理論。在這種情況下隻能出現思想混亂，出現離心力，缺乏內聚力，向心力”。理論思想的薄弱在秦來說既有曆史原因，也有人為原因。
非子立國以前，秦人傳承的是商周的文化，到了甘肅東部與戎人雜處，在其文化因子中既有商周，也有羌戎文化，進入陝西西部後，主要的是接受周的文化及楚文化。這是在秦襄公前後。秦穆公似乎重視文化建設，重視人才，發表了《秦誓》，引進了百裏奚等人才。從他與由餘的談話中可以看出當時秦人重視的是周文化，並以之自豪。其後，在秦地出現了《石鼓文》、《詩經·秦風》等作品。《石鼓文》的風格與《詩經》有相通之處，文字也頗類中原的大篆。這是早期的秦學術中的閃光點。即使在這個時期，也未見秦人在學術上的成名之作。秦人在由西向東的邁進中，忙碌的是東進，操心的是富國強兵，在學術上用心不多，既有文化底蘊的不足，也有客觀環境迫使它無暇從理論上作縝密的學理性思考。他們要擺脫被東方諸侯以夷翟遇之的窘境，致力於尋找速成的強國之道。這一點，在秦孝公表現得很突出。他出了求賢詔，引得衛鞅西來。機心甚重的衛鞅多了一個心眼。他以縱橫家的方法，先用王道、帝道來試探孝公的想法。孝公認為費時間而且收效慢，不能很快收到強國之效而興趣索然。衛鞅最後亮出了霸道的殺手鐧，才使孝公如獲至寶，立即變法，重用衛鞅。商鞅的所說所做是應用哲學。他不談學理，少講理論，而關注於農戰，確實很快使秦國富強了起來，雄視六國。以後的秦王，便照這條路走了下去。