葉爾馬克在占領伊斯凱爾後，以為已徹底擊敗西伯利亞汗國，得意萬分，立即派人赴莫斯科，攜帶著掠奪來的2400張貂皮及其他貴重毛皮，向沙皇報捷。他在奏折中寫道：“遵照仁慈的三位一體的上帝、聖潔的聖母和全俄偉大顯靈者的旨意，托虔誠的全俄君主、沙皇、大公伊凡·瓦西裏耶維奇的洪福，占領了西伯利亞汗國，打敗庫楚姆汗，使那裏許多異族人歸服於沙皇的崇高統治之下，其中有韃靼人、奧斯恰克人、沃古爾人及其他異族人，並令他們按照自己的信仰宣誓：永世接受大君主的崇高統治，每年向君主納貢，決不中斷，決不加害俄羅斯人……”葉爾馬克在奏折中彙報了征服西伯利亞汗國的經過，請求沙皇接管這個新地區，同時對自己過去的“罪行”表示懺悔，發誓永遠“效忠沙皇”。沙皇聞奏大喜，下令在莫斯科大教堂做感恩祈禱，並頒布詔書，對斯特羅甘諾夫家族、葉爾馬克和全體遠征軍士大加犒賞，賞賜謝緬·斯特羅甘諾夫城池兩座，特許其在馬克西姆和尼基塔的領地中自由貿易，蠲免租賦；當場赦免了葉爾馬克和其餘哥薩克的罪過，賞賜葉爾馬克禦衣一件、鎧甲兩副，並決定迅速派官員前去接管西伯利亞汗國土地，諭令葉爾馬克在接管官員到達之前，代表沙皇管理當地一切事務。之後，沙皇派伯爵謝緬·德米特裏耶維奇·鮑爾霍夫斯基等率500名射擊軍前往西伯利亞城，增援葉爾馬克，接管西伯利亞汗國。
但是西伯利亞汗國並沒有滅亡，庫楚姆汗領導其軍民繼續抗擊著俄國侵略者。1584年8月，庫楚姆汗采用調虎離山計，派人散布消息，佯稱布哈拉商隊前來西伯利亞同俄國人做生意，途中被庫楚姆汗所阻，現正在瓦蓋河附近，急需俄軍搭救。葉爾馬克獲報後信以為真，急率300人前往，卻未見商隊蹤影。8月14日（俄曆8月5日）夜，葉爾馬克一夥在瓦蓋河畔宿營。是夜風雨交加，就在俄國侵略者酣然入睡之際，早已埋伏在附近的庫楚姆汗的隊伍突然殺了進來，俄軍來不及抵抗便做了刀下之鬼，300人中隻有一人僥幸逃生。葉爾馬克還算機靈，立即穿上沙皇賞賜的鎧甲，直奔河岸，企圖乘船逃跑，但由於驚慌失措，失足落水。這時，曾令他無比榮耀的沙皇的賞賜卻成了他的勾命鬼，笨重的鎧甲使他無法泅渡，結果溺死在滔滔的江水中。一周之後，他的屍體才在下遊被韃靼人發現。這個侵略西伯利亞的急先鋒，雙手沾滿西伯利亞各族人民鮮血的惡貫滿盈的劊子手，終於落了個溺死水中的可恥下場，但沙皇政府卻對其極盡歌功頌德之能事。沙皇追封他為軍役大貴族，賜西伯利亞公爵頭銜。他所領導的軍隊被封為“沙皇軍役人員”。沙皇軍隊以他為榜樣，有些軍團擺放和懸掛著他的雕像和畫像，高唱頌揚他的歌曲，每當他的死難日要舉行紀念儀式。有些村莊以他的名字命名，有些城市為他建造高大的紀念碑。托博爾斯克的紀念碑碑基用花崗石築成，高半俄丈，碑身為大理石，高7俄丈，碑的正麵鐫刻著題詞為“獻給西伯利亞的征服者葉爾馬克”，其餘三麵分別刻著“1839年建立”和“1581年”、“1584年”。
葉爾馬克全軍覆沒使俄國侵略軍遭受巨大打擊。此時伊斯凱爾城中的俄軍僅剩150人，俄軍頭目格魯霍夫深感勢單力孤，難以自保，便率侵略軍殘部棄城而逃，返回俄國。庫楚姆汗聞訊迅速派王子阿萊占領伊斯凱爾，但不久汗國內部發生紛爭，塞伊季亞克王公趕走阿萊，占據了伊斯凱爾。
葉爾馬克一夥的覆滅和西伯利亞汗國的得而複失並沒有挫滅沙皇征服西伯利亞的決心。從1585年開始，沙皇一批又一批地向西伯利亞派遣遠征軍，並吸取教訓，改變方針，遠征軍所到之處不是隻強迫當地土著納貢，不是掠奪之後拍屁股就走，而是設立據點，興建城堡，穩紮穩打，逐步推進。1586年7月，俄國侵略軍抵達西伯利亞汗國已被廢棄的故都奇姆吉，在這裏擇地建秋明城。秋明城建在圖拉河南岸，三麵瀕水，交通便捷，進可攻，退可守，周圍土壤肥沃，水草豐茂，是韃靼人重要的農牧業產區，該城的建立意味著俄國人把這一重要地區置於股掌之中。1587年，俄軍逼近伊斯凱爾，在距伊斯凱爾十幾公裏的托博爾河口建托博爾斯克堡。該城很快成為俄國在西西伯利亞的軍事行政中心。
就在俄國侵略軍步步為營、盡情蠶食西伯利亞汗國領土的時候，盤踞京城的塞伊季亞克王公卻忙於內訌不思抗爭，甚至當俄軍就在伊斯凱爾附近，在其眼皮底下建城築寨、磨刀霍霍之時，他也置若罔聞，沒有派兵幹涉。1588年夏，塞伊季亞克王公率500人出城狩獵，來到托博爾斯克城郊。托博爾斯克俄軍首領達尼爾·丘爾科夫見狀，便派人邀請他進城飲宴，舉行和談。愚蠢的塞伊季亞克王公不知是計，滿口答應，帶100名隨從大搖大擺地進城赴宴。酒過三巡，塞伊季亞克等人已喝得臉紅耳熱，隻聽丘爾科夫一聲令下，俄軍伏兵一擁而上，將來客全部拿下，塞伊季亞克及其隨從束手就擒。在城外守候的汗國兵聽說王公被捕，群龍無首，作鳥獸散，伊斯凱爾城裏的韃靼人也各自逃生。這樣，俄國侵略軍不費一槍一彈，重新占領了西伯利亞汗國的都城。之後，塞伊季亞克等人被押解到莫斯科，狡猾的沙皇為籠絡人心，對其賜以高位，賞以土地，他們從此成為沙皇忠實的臣民。