如前所述，蔡元培是一位以文化教育為職誌的民主革命家，他一生致力於在中國建立近代意義上的教育製度和教育體係，為我國教育事業的發展奠定了重要的基礎。他在多方麵的、豐富的教育實踐中，提出了許多重要的教育思想，這些教育思想涉及麵十分廣泛，涉及大學教育、基礎教育、社會教育、職業教育、女子教育、兒童教育等方麵；具有教育理論的深度，就其基本的方麵說，在很大程度上反映了教育發展的客觀規律，對我們今天仍然有著重要的啟迪和借鑒意義。因此，深入探討蔡元培教育思想的淵源及其特點，會有助於我們全麵而正確地理解他的教育思想。
其一，革命民主主義的立場和教育救國的思想，使蔡元培在其教育實踐和教育思想中，具有勇於探索、善於創新的特點。
在近代中國曆史上，蔡元培是一位真誠的革命民主主義者。在反清革命和反帝反封建的鬥爭中，他始終堅持民族民主主義立場，擁護和追隨孫中山的三民主義；在他經曆的勝利與失敗、曲折迂回的曆程中，包括他已認識到的一時失誤之後，也一如既往，不改初衷。蔡元培這種革命民主主義的立場，在他從事的教育實踐中，又同他的教育救國的思想緊密地聯係在一起。
培育新人以拯救國家危亡，這是近代中國先進知識分子在血與火的教訓中得出的一個重要結論。著名的啟蒙思想家嚴複就將中國在甲午戰爭中慘敗的原因，歸於“民力已茶，民智已卑，民德已薄故也”，因而大聲疾呼：“今日要政，統於三端：一曰鼓民力，二曰開民智，三曰新民德。”並把這三者稱之為“自強之本”。梁啟超在維新變法失敗後，創辦《新民叢報》，宣傳興“新國”必先有“新民”的思想。他在《新民說》中指出：“苟有新民，何患無新製度，無新政府，無新國家；非爾者，雖則今日變一法，明日易一人，東塗西抹，學步效顰，吾未見其能濟也。”正是基於這樣的認識，他明確提出：“重教育為主腦，以政治為附叢。”同樣，蔡元培在探討戊戌變法失敗的原因時，也認為：“康黨所以失敗，由於不先培養革新之人才，而欲以少數人弋取政權，排斥頑舊，不能不情見勢絀。”他說：“凡一種社會，必先有良好的個人，要有良好的個人，就要先有良好的教育。”他在1919年回顧近代中國自強的曆程時指出：“我國輸入歐化，六十年矣，始而造兵，繼而練軍，繼而變法，最後乃始知教育之必要”。他明確提出：“吾人苟切實從教育入手，未嚐不可使吾國轉危為安。”這就真切地闡述了他的“教育救國”的思想。
由上可見，啟迪民智，倡導教育，並把教育視為救國之道，是近代中國先進知識分子在總結慘痛的曆史經驗中提出的一個主張。誠然，單純的教育救國是不可能達到救國目的的，但是，如果把這種教育救國的主張同民主革命的要求相結合，為救國、強國培育新人，這種主張就不但具有進步的意義，而且必然發生重要的作用。應當說，蔡元培倡導並幾十年如一日為之奮鬥的教育救國思想，就屬於這樣一種進步的主張。
蔡元培之所以強調教育救國，一方麵是因為他從教育的特殊功能和作用出發，認為教育旨在立人，人立則國強。他說：“蓋嚐思人類事業，最普遍最悠久者，莫過於教育。”在他看來，教育是人類進步、社會發展不可缺少的一項事業。他認為：“人類所最需要者，即在克盡其種種責任之能力無可疑。由是教育家之任務，即在為受教育者，養成此種能力，使能盡完全責任，亦無可疑也。”他在這裏所說的能盡完全責任的“能力”，既包括為國家為社會“克盡義務”的獻身精神，又包括服務社會、克盡職責的本領。二者都必須具備，而前者尤為重要。他特別指出，要培養公民抗抵外侵、保衛國家、振興實業的本領和技能，“必先養其道德”。所以，他要求青年學生要有“獅子樣的體力”、“猴子樣的敏捷”、“駱駝樣的精神”、“崇好美術的素養”、“自愛、愛人的美德，”，即他所倡導的“健全的人格”。總之，他認為，“教育者，養成人格之事業也”，是為救國、立國、強國培養人才。另一方麵，他基於對近代中國曆史經驗的認識，認定民主共和事業完全離不開教育。蔡元培對維新變法運動持同情的態度，甚至說“雖有人說我是康黨，我也不與辯”。但他同時又批評維新派的舉動“太輕率”，他說：“中國這樣大，積弊這樣深，不在根本上從培養人才著手，他們要想靠下幾道上諭來從事改革，把這全部腐敗的局麵轉變過來，是不可能的。”他清醒地認識到，要改變中國腐敗的局麵，就必須改革，而改革不能隻依靠一個孱弱的君主，也不隻是少數人的事業，重要的是有能夠肩負此重任的革新人才，這就要“切實從教育入手”。正是受到戊戌變法失敗的震撼，蔡元培訣別仕途，投身教育，而且在他初期的教育活動中，就有為救國培養人才的明確意識。他創立中國教育會、愛國學社、愛國女學等都是為了救國革命、推翻清廷而培養人才。他曾說，他在清朝所創辦的學校都“含有革命性質”。他創辦愛國學社是為了培養“暴動的種子”，創辦愛國女學是為了培養“暗殺的種子”。所以他要求：“革命精神之所在，無論其為男為女，均應提倡，而以教育為根本。”當辛亥革命發生時，這些學生多有參加南京之役的，“不可謂非教育之成效也”。
辛亥革命後，蔡元培又明確提出：教育“務順應時勢，養成共和國民健全人格”。對於這種與革命政治需要相結合的教育救國思想，他於1917年《在愛國女學校之演說》中作了比較全麵的論述，他說：“當滿清政府未推倒時，自以革命為精神。然於普通之課程，仍力求完備。此猶家人一麵為病者求醫，一麵於日常家事，仍不能不顧也。至民國成立，改革之目的已達，如病已醫愈，不再有死亡之憂。則欲副愛國之名稱，其精神不在提倡革命，而在養成完全之人格。蓋國民而無完全人格，欲國家之隆盛，非但不可得，且有衰亡之慮焉。造成完全人格，使國家隆盛而不衰亡，真所謂愛國矣。”
總之，蔡元培是以教育為救國、立國之根本，以育人為建業、興邦之良策。他說：“教育者非為以往，非為現在，而專為將來。從前言教育者，尚有‘十年樹木，百年樹人’之說，可見教育家必有百世不遷之主義，如‘公民道德’是。其他因時勢之需要，而亦不能不采用，用‘實利主義’及‘軍國民主義’是也。”從這裏可以看到，蔡元培“教育救國”的思想，是同他把愛國救亡、立國興邦的希望寄托在青年的身上相聯係的。他以一個愛國者的情懷，憂憤清政腐朽，國勢日蹙，他曾經感慨地說：“我們中國的社會是一個很老的社會，一切組織形式及風俗習慣，大都陳舊不堪，違反現代精神而應當改良。這也要學生們努力實行的。因為一般年紀大一點的舊人物，有時縱然看得出，想得到，而以濡染太久的緣故，很少能徹底改革的。”他懇切地指出：“就中國現時所處的可憐地位和可悲的命運而論，我們幾乎可以說：凡是可擺脫這種地位，挽回這種命運的事情和責任，直接或間接都是要落在學生們的雙肩上。”基於對民族命運的關切之情和對青年學生曆史使命的殷切期望，他義無反顧地走“教育救國”之路。這一切，使他始終堅持“從教育著手，去改造社會”；始終深信隻有“養成健全人格，提倡共和精神”，方才“可以救我們貧弱的國家”。
盡管蔡元培有過“教育萬能”一類偏頗的認識，但是，他對“教育救國”的至誠願望，以及自覺地把教育同爭取民主共和、興邦強國的目標聯結起來，是富有遠見卓識的。正是這種自覺的、革命的驅動力，使他在教育實踐中具有勇於改革、善於創新的特點。他在初期的教育活動中，就有為培養民族民主革命的人才而進行教學內容和教學方法的改革，在辛亥革命之後，他出任民國教育總長，就此開始了施展改革中國教育製度的抱負。在他的倡導和努力下，廢止了前清教育宗旨中違背共和政體和不合信仰自由原則的“忠君”和“尊孔”的條文，小學廢止讀經，大學取消經科，改革學製，修訂課程；在教育中首倡德、智、體、美四育並舉，以“養成共和健全之人格”；並積極推行義務教育和社會教育……通過這些改革，初步建立了中國新式的、與共和政體相適應的教育體製，從而揭開了我國近代教育史上新的一頁。隨後，蔡元培對北京大學的革新，成為他在教育事業上最突出的貢獻，“培植無數革命青年”，“偉大的五四運動，實先生提倡誘掖，導其先路”。可以說，改革創新的精神貫穿了蔡元培教育實踐和教育思想的全過程。
其二，深厚的國學根底和對待傳統文化的正確態度，使他在教育實踐中既能擇善而從又能注意剔除封建糟粕。
蔡元培以“翰林革命”而著稱，他“年少通經，文極古藻”（翁同龢評語），可謂舊學深沉，深知中國傳統文化。他一生博覽群書，“以一物不知為恥，種種書都讀；並且算學書也讀，醫學書也讀”。在接觸新學之前，他閱讀的範圍包括了舊學的經、史、子、集，尤涉足小學、經學、考據、訓詁、宋明理學。他在晚年回憶青年時代的讀書生活時，對所受的舊學教育仍有清晰的記憶，他說，在少年讀了蒙學小書後，接著讀《大學》、《中庸》、《論語》、《孟子》；四書讀畢，再讀《詩經》、《書經》、《周易》、《小戴禮記》、《春秋左氏傳》五經。他說：“讀小書、四書的時候，先生是不講的；等到讀五經了，先生才講一點。然後背誦是必要的，無論讀的書懂不懂，讀的遍數多了，居然背得出來。”這些奠定了他國學的基礎，“山陰才子”之名由此而得。
蔡元培雖飽讀經書，但並不盡信古書。他喜自由閱讀，喜探究人生哲理，如他讀清末學者俞正燮的《癸巳類稿》、《癸巳存稿》時，對其“從各方麵證明男女平等的理想”推崇備至。他青年時期也習作八股文，但不喜這種文體對思想的束縛，不嚴守老八股的格調，而作那種不合時宜的怪八股。他十分讚同孔子所說的“三人行，必有我師焉，擇其善者而從之，其不善者而改之”。這就是不守舊、不盲從的態度。這是蔡元培對待中國傳統文化的基本態度，也是他對待中西文化的基本準則。這個認識，對他的教育實踐和教育思想產生了很大的影響。在近代中國，文化教育的發展和創新，五四以來新舊文化的爭論，從根本上說，是一個如何對待“古今中外”關係的問題。在這方麵，長期以來存在著全盤保存國粹和全盤西化這樣兩種截然相反的主張，兩者之間的激烈爭論往往是反映了兩種迥然不同的政治立場。蔡元培曾指出這兩種主張的弊端，他說：“主張保存國粹的，說西洋科學破產；主張輸入歐化的，說中國的文明沒有價值。這是兩極端的主張。”他既反對那種拒絕外來文化、故步自封的國粹派，也不讚同消亡民族個性的全盤歐化論，而主張中西兼容、融彙創新。這反映了適應時代發展要求的、進步的文化教育觀，也反映了他對中國傳統文化的基本主張。在蔡元培看來，中國傳統文化絕不會因近代科學的發達而失去其存在的價值，他說：“雖然，科學之成立，率在近代，而人類經驗之暗合學理者，則自昔為昭。例如烹飪之法，鑄冶之術，引重致遠之具，其發起也，均在理化學未立以前，而實為理化學之導線是也。且科學成立以後，其應用也，仍不能不有資於複雜之經驗，例如機械學、氣象學，在今日固為精密矣，而應用之於航空，則屢頻危險；農藝學、工程學，在今日至為進步矣，而徑行之於素未調查之區，則動多窒礙，是也。是故鑒舊學之疏，而以新學進之，則可。謂既有新學，而一切舊日之經驗皆得以吐棄之，則不可。”這就是他所堅持的對文化思想不守舊、不盲從的正確態度。他認為，對文化思想采取極端的主張，往往是輕率的，不是應取的實事求是的態度。