蔡元培是我國著名的民主革命家、教育家和思想家，是近代中國知識界的卓越先驅。毛澤東對他“學界泰鬥，人世楷模”的崇高讚譽，恰當地表現了他足以垂範後世的道德文章，同時也反映了他在中國近代教育史、思想史和科學史上所做的傑出貢獻和應有的地位。蔡元培作為20世紀初期新舊代替、繼往開來的曆史巨匠，既是舊民主主義革命的元老，又是新民主主義革命的熱忱的支持者，是值得後人景仰和紀念的。
蔡元培在其一生事業中所表現出的睿智的思想、革新的勇氣、首創的精神和高尚的人格魅力，獲得了世人的普遍尊敬。五四運動結束後，北京大學學生在致詞歡迎蔡元培返校複職時真摯地說：“信能啟吾心靈，揚我國風者，環顧海內，唯先生耳。”“故今日之歡迎先生，非感情的，非虛偽的，乃歡迎國家新文化，國立大學之新紀元，學生等之新生命！”蔡元培逝世後，蔣夢麟在悼念文章中寫道：“在中國過渡時代，以一身而兼東西兩文化之長，立己立人，一本於此，到老其誌不衰，至死其操不變。敬為挽曰：‘大德垂後世，中國一完人’。”這些都反映了時人對他發自內心的真實評說。
蔡元培的事業和貢獻是多方麵的，而在教育方麵尤為突出。他一生的大部分時間是從事文化教育事業，一生追求在中國建立一個近代化的教育製度和教育體係，為發展我國的教育事業作出了不可磨滅的貢獻，從而奠定了他在中國近代教育史上的重要地位。
首先，他是中國近代教育製度和教育體係的奠基者。
蔡元培決裂仕途、投身教育，是以深重的民族危機和戊戌變法失敗為契機的。這種反對封建專製主義、尋求國家出路的思想，使他很快走上了民主革命的道路，並把教育事業同培養革命人才聯結起來。這時的中國正處在一個曆史大變動時期，蔡元培通過學習西方，了解世界，更加痛切地認識到教育和科學的重要作用。他認為：“我國科學智識之落後，絕非國人智慧之後人；且欲救中國於萎靡不振中，唯有力倡科學化。故極期望時彥俊士，能急當務之急，一改空談之舊習，致力於實際之探討，庶國家前途有望焉”。欲興科學，必先教育。這是他一生重視教育的深刻動因。他熱切期望通過發達的教育，培養人才，以“造成完全人格，使國家隆盛而不衰亡，真所謂愛國矣”。他在初期的教育實踐中，就進行了新教育的探索；辛亥革命後，他出任民國教育總長，雖然時間不長，但他以務實的精神，旗幟鮮明地廢止封建主義的教育宗旨，推行軍國民教育、實利主義教育、公民道德教育、世界觀教育和美感教育五育並重的新教育方針，組織製定了確立近代教育製度和教育體係的一係列法令、法規。其主要內容為：一是除舊布新，改革學製。規定從前各種學堂一律改稱學校，原監督、堂長改稱校長；初等小學可以男女同校；各種教科書務求合乎共和民國宗旨，前清學部頒行的教科書一律禁止使用；民間通用的教科書，凡在內容和形式上不合共和宗旨者，由各出版書局自行修改，學校教員亦可隨時刪改；小學一律廢止讀經科目；小學應注重手工科；高等小學以上的體操應注重兵式操練；初等小學三學年起兼課珠算；中學為普通教育，不分文、實科；舊時獎勵出身，一律廢止，畢業於學校者分別稱初、高等小學畢業生，中學校、師範學校畢業生。上述教育法規，基本上否定了清末封建教育體製和教育思想，改變了當時麵臨的教育混亂局麵，建立起比較穩定的新的教育秩序。二是反對尊孔，廢止“經科”。反對尊孔讀經，是蔡元培教育思想中的一個重要內容，也是他倡導五育並舉教育方針的題中之意。他認為尊孔與信仰自由相違背，反對把儒家定為一尊和對孔子頂禮膜拜。他明確指出：“我認為小學生讀經是有害的，中學生讀整部的經，也是有害的。”但孔子思想和主張作為一種學派、一種學說，則是應當加以研究的。蔡元培反對尊孔拜教，小學廢止讀經，大學取消經科，這在當時確是破天荒之舉，這不僅在教育界思想界，而且在全社會都產生了深遠的影響。三是倡導男女平等，小學實行男女同校。提倡和重視女子教育，是蔡元培教育思想的又一個重要內容。他一向反對男尊女卑、“女子無才便是德”等封建禮教信條對女性的摧殘和壓迫，認為男女具有平等的受教育權利。他出任教育總長後，對推廣女子教育，采取兩方麵的舉措：一方麵，支持創辦各種新式女校，如女子中學、女子師範和女子職業學校；另一方麵，規定在小學實行男女同校。當時男女同校雖然還僅限於小學，但畢竟打破了長期以來所謂“男女授受不親”的封建禁令，開創了近代中國男女同校的先河。四是對大學教育進行了初步整頓。在蔡元培的教育思想中，大學教育占有重要的位置。他重視大學教育，特別是對北京大學的革新產生了深遠的影響。同時，他積極推行基礎教育、社會教育和職業教育，倡導教育的平民主義取向和以美育代宗教的進步主張。正是在蔡元培的努力和領導下，我國建立了比較完整的近代教育製度，對於促進我國文化教育和科學事業的發展起了重要作用。這是一個重大的曆史功績。
其次，為確立近代意義上的大學作出了重要貢獻。
蔡元培一生重視教育，尤其重視大學教育。20世紀初期他在北京大學的革新，是近代中國教育史上具有劃時代意義的一大事件。蔡元培自己曾說：“綜計我居北京大學校長的名義，十年有半；而實際在校辦事，不過五年有半。”從1917年到1923年初，蔡元培實際在校任職的期間（其中於1920年12月至1921年9月赴歐美各國考察十個月），是北大曆史發展上的一個非常重要的階段。在這期間，北大完成了有重大意義的改革，它成為五四時期新文化運動的中心，成為我國傳播馬克思主義的重要陣地，成為近代中國文化教育的重鎮，為我國革命事業和學術文化的發展做出了一定的貢獻。在這段時間裏，蔡元培對教育事業的熱忱，革新的勇氣和成就，以及對五四時期新文化運動的重要貢獻，使他的名字和北京大學緊密地聯係在一起，留下了深遠的影響。
蔡元培在北京大學興利除弊的改革，化腐朽為神奇，使陳腐不堪的舊北大變成了生機勃勃的新北大，有人把他在北京大學建立的業績，稱之“為中國的學術界，開一新紀元”，這是有一定的道理的。他對北大的整頓和革新，可以說是我國近代教育史上的一件盛事，自此之後對它的讚譽之詞不絕於書。有人評論道：“蔡先生學界泰鬥，哲理名家，就職後厲行改革，大加擴充，本其曆年之蘊蓄，樂育國內之英才，使數年來無聲無臭生機殆盡之北京大學校，挺然特出，褒然獨立，延名師，嚴去取，整頓校規，祛其弊習。”“學風丕振，聲譽日隆。各省士子莫不聞風興起，擔簦負芨，相屬於道，二十二行省，皆有來學者。”這確是反映了五四時期北京大學的盛況。僅從學校的發展來看，這時北大學生人數頓增，1912年學生注冊人數為八百多人，而1919年則達到兩千多人。北大自1907年（京師大學堂時期）至1929年23年間，先後畢業學生3822人，其中以1925年畢業生為最多（472人），其次是1923、1924和1926年，分別為390、342和327人，這主要是蔡元培主持學校期間，特別是五四後入學學生增多的緣故。教員人數也由1912年的53人增加到1918年的217人。這是北大發展的一個興盛時期。