國際刑事法院的管轄權必須借助於啟動機製才能得以行使，啟動機製是法院這台機器得以運轉的動力，是開啟法院訴訟程序的關鍵環節。《規約》第13條規定了法院管轄權的啟動機製。法院的管轄權可通過三種方式啟動：第一、締約國向法院提交情勢；第二、安理會根據《聯合國憲章》第七章向法院提交情勢；第三、檢察官依職權開始調查一項犯罪。
一、締約國向國際刑事法院提交情勢
根據《規約》第13條第1款，締約國可以向法院提交情勢，以啟動法院的管轄權。法院是根據《規約》成立的，是一項國際條約的產物，締約國有權向法院提交情勢是符合邏輯的。
國際法委員會於1994年起草的《規約草案》，基於啟動法院管轄權的目的，將犯罪區分為滅絕種族罪與其他犯罪兩部分。如果既是《規約》締約國又是《防止和懲治滅絕種族罪公約》締約國的國家對滅絕種族罪向法院提出申訴（complaint），則法院對該罪具有管轄權，法院沒有必要尋求其他締約國的同意。因此，法院對滅絕種族罪享有國際法委員會所指的固有管轄權。對滅絕種族罪之外的其他犯罪，法院不能行使管轄權，除非犯罪嫌疑人拘留國和犯罪發生地國已經接受法院對有關犯罪的管轄權。根據所謂的選入製（opt-in system），隻有國家為此目的接受了法院管轄權，才會產生效力，法院才能行使管轄權。因此，一國成為《規約》締約國的唯一事實，並不意味著該國自動授予法院管轄權，一國還需在成為締約國時或之後發表一份接受管轄權的特別聲明。簡言之，在締約國向法院提交事項方麵，《規約草案》允許締約國對具體犯罪提出申訴。可以對滅絕種族罪提出申訴的隻限於那些同時是《規約》與《防止和懲治滅絕種族罪公約》締約國的國家，對其他犯罪有權提出申訴的國家限於接受法院對那些犯罪有管轄權的國家。
在1995年的設立國際刑事法院特設委員會上，一些代表團要求擴大有權提出申訴的國家類型，其中的部分代表團認為所有締約國都應當有權提出申訴；另一些代表團則要求限製有權提出申訴的國家類型，以防止濫訴。例如，一些代表團認為，應當隻允許國家集團而不是單個國家提出申訴，或隻由與案件有直接利害關係的國家提出申訴。
在1996年的設立國際刑事法院籌備委員會上，大多數代表團支持法院對所有與《規約》締約國有關的核心犯罪具有固有管轄權，但仍有不少代表團繼續支持國際法委員會為締約國設計“選入”製方案。
在1997年的籌備委員會上，逐漸不再使用“固有管轄權”一詞。因為在這種情況下，是隻有締約國可以提交事項還是非締約國也可以提交事項，不夠明確。同時，英國和德國提議由締約國賦予法院“自動管轄權”。據此，既然一國一旦接受了《規約》就等於自動賦予法院管轄權，就沒有必要采取“選入”方式。最後，在羅馬會議上，經過激烈的爭論，產生了《規約》第12條。至此，隻有該條規定的締約國才有權向法院提交“情勢”（situation）。
二、聯合國安理會向國際刑事法院提交情勢
根據第13條第2款的規定，如果安理會根據《聯合國憲章》第七章行事，向檢察官提交情勢，法院對第5條所述犯罪可以行使管轄權。這一點實質上是法院與安理會的關係問題。下文將從法院與安理會關係的角度出發，論述安理會向法院提交情勢的權力。
（一）國際刑事法院和安理會的關係
《羅馬規約》重申了《聯合國憲章》的宗旨和原則；規定了聯合國對國際刑事法院的經費支持；國際刑事法院對整個國際社會關注的最嚴重犯罪的管轄，是維持國際和平與安全的另一種手段。從這些方麵看，國際刑事法院和安理會的關係具有兼容性。但毋庸置疑的是，安理會是一個政治機構，而國際刑事法院是一個純粹的司法機構，安理會在行使《羅馬規約》規定的司法參與權時，會導致其與國際刑事法院之間衝突的發生。
1.國際刑事法院和安理會的兼容關係
根據《聯合國憲章》序言及第1條的規定，維持國際和平與安全是聯合國的宗旨之一。《聯合國憲章》第24條第1款規定：“為保證聯合國行動迅速有效起見，各會員國將維持國際和平及安全之主要責任，授予安全理事會，並同意安全理事會於履行此項責任下之職務時，即係代表各會員國。”為了保證安理會能夠有效履行維持國際和平與安全的主要責任，《憲章》第34條和第39條分別賦予了安理會情勢調查權和對侵略行為的斷定權。在和平解決國際爭端方麵，第34條規定：“安全理事會得調查任何爭端或可能引起國際磨擦或惹起爭端之任何情勢，以斷定該項爭端或情勢之繼續存在是否足以危及國際和平與安全之維持。”在維持和平與製止侵略方麵，根據第39條的規定，安理會應斷定任何和平之威脅、和平之破壞、或侵略行為之是否存在，並應作成建議或抉擇依《憲章》第41條及第42條規定的辦法，以維持或恢複國際和平及安全。為了有效恢複國際和平與安全，依第41條，安理會有權建議或決定對實施上述行為的國家采取武力以外的辦法，如全部或局部停止經濟關係、交通和通訊，斷絕外交關係等；根據第42條，安理會如認為第41條所規定的辦法為不足或已證明為不足時，得采取必要之空海陸軍行動，以維持或恢複國際和平與安全。此項行動得包括聯合國會員國之空海陸軍示威、封鎖、及其他必要的軍事舉動。
根據上述條款，安理會在維持國際和平與安全方麵擁有以下權力：對任何爭端及可能引起爭端的任何情勢的調查權；對威脅、破壞和平或侵略行為的斷定權；針對上述情勢采取非武力或武力措施的權力。
《羅馬規約》的相關條款是對《聯合國憲章》上述相關規定的重申與回應。
第一，《規約》序言的規定。《規約》序言第3段規定：“認識到這種嚴重犯罪危及世界和平、安全與福祉。”該段與《憲章》維持國際和平與安全的宗旨和目的完全一致。第7段規定：“重申《聯合國憲章》的宗旨和原則，特別是各國不得以武力相威脅或使用武力，或以與聯合國宗旨不符的任何其他方法，侵犯任何國家的領土完整或政治獨立。”第8段規定：“強調本規約的任何規定不得解釋為允許任何締約國插手他國內政中的武裝衝突。”《規約》在重申《憲章》基本原則的同時，特別強調了各國不得以武力相威脅、不得侵犯任何國家的領土完整或政治獨立原則，以及不幹涉內政原則。由此可見，“《聯合國憲章》和《國際刑事法院規約》共同指向同一目標”。
第二，《規約》第5條的規定和安理會職責的目標一致。根據第5條第1款的規定，法院的管轄權限於整個國際社會關注的最嚴重犯罪。法院根據《規約》，對滅絕種族罪、危害人類罪、戰爭罪和侵略罪具有管轄權。這些最嚴重罪行嚴重危及世界和平、安全與福祉，由法院對其行使管轄權，通過起訴和懲罰這些罪行，達到維持國際和平與安全的目的，這和安理會維持國際和平與安全的主要責任的目標一致。
第三，《規約》第5條第2款、第13條第2款及第16條的規定直接體現了《聯合國憲章》的相關規定。這些條款是法院籌建過程中國際社會不同政治力量對比關係的表現，支持安理會參與法院司法活動的勢力占了上風。因此，《規約》規定了安理會的司法參與權。如果安理會能以合法適當的方式參與法院的司法活動，法院就可以成為安理會履行維持國際和平與安全的主要職責的手段之一。
第四，從理論上講，安理會依照《規約》及《聯合國憲章》對法院司法活動的適當參與在一定程度上有助於法院的有效運作。首先，《規約》締約國之間的合作體製比較脆弱，法院沒有自己的執法手段，必須依靠締約國才能進行調查、拘捕、收集證據、詢問證人和執行查封沒收等訴訟活動。如果締約國配合不到位，訴訟就不能正常進行。在安理會提交情勢的情況下，法院的訴訟活動更易得到聯合國會員國的配合，有助於法院功能的發揮。因為，安理會在聯合國機關體係中擁有最大的權力，安理會作出的決定對全體會員國有法律拘束力，全體會員國務必遵守。其次，一般情況下，法院的領域管轄權局限於接受法院管轄權的國家。在法院成立之初，接受法院管轄權的國家比較少，安理會根據《聯合國憲章》第七章提交的情勢，可能是聯合國會員國境內發生的威脅國際和平與安全的任何情勢，這將大大拓寬法院領域管轄權的範圍。再次，法院的運作需要巨額的活動經費。根據《規約》第115條的規定，法院和締約國大會，包括其主席團和附屬機構所需經費，除了由締約國攤款外，還由聯合國經大會核準提供經費，尤其是安理會提交情勢所涉及的費用。安理會不會看著由自己通過提交情勢參與的國際司法活動，由於缺乏經費而變得無效，。在這種情況下，法院的無效就是安理會的無效。因此，安理會的司法參與能為法院的有效運作提供物質資源。最後，安理會還擁有與情勢提交權相關的執行權。在安理會提交情勢的情況下，如果《規約》締約國未按該規約的規定行事，不執行國際刑事法院的合作請求，致使該法院無法行使《規約》規定的職能和權力，該法院可以在認定存在這一情況後將此事項提交安理會。在安理會提交情勢的情況下，如果非《規約》締約國沒有根據已同國際刑事法院達成的安排或協議執行該法院的合作請求，該法院可以將此事通知安理會。安理會接到提交或通知後，有權根據《聯合國憲章》的規定，采取適當的執行措施。
上述《羅馬規約》的有關條款是對國際刑事法院與安理會兼容協作關係的一般性規定。2004年10月4日簽署的《聯合國與國際刑事法院關係協定》對二者之間的關係作了進一步規定。《關係協定》序言規定：“希望與聯合國建立一種互利關係，以便聯合國和國際刑事法院履行各自的責任”。《關係協定》還規定：“為了方便有效履行各自的責任，雙方將根據該協定和按照《聯合國憲章》和《羅馬規約》的規定，酌情在彼此之間密切合作，並就共同關心的事項谘詢對方意見”。具體而言，二者之間的合作內容主要包括：安理會向法院提交情勢，法院對該情勢予以處理；相互交換信息和提供資料；在調查和執行方麵相互合作；就共同關心的事項相互谘詢意見。
盡管《規約》與《憲章》在維持國際和平與安全方麵的目標一致，法院與安理會的關係在一定範圍內具有兼容性和互補性，但是安理會是一個政治機構，其權力來源於《憲章》，其核心任務是維持國際和平與安全，處理的主要是國家之間的爭端；而法院是一個純粹的司法機構，其權力來源於《規約》，其核心任務是依據一係列嚴格的法律原則和法律程序，追究個人的刑事責任。二者在許多方麵頗有差異，二者之間的衝突問題一直是各有關國家深切關注的問題。
2.國際刑事法院與安理會的衝突關係
《規約》第5條第2款、第13條、第16條分別規定了安理會對侵略罪的先定權、情勢提交權、推遲調查起訴權。這些規定具有兩麵性，一方麵是對《憲章》關於安理會政治地位與責任條款的回應；另一方麵，正是這種回應，直接導致了法院與安理會發生衝突的可能。
（1）安理會對侵略行為的先定權
在《規約》起草過程中，對侵略罪的討論主要涉及兩個問題：一是關於侵略罪的定義問題；二是法院與安理會的關係問題。法院與安理會的關係問題，也就是法院對侵略罪行使管轄權的先決條件問題。國際法委員會起草的《羅馬規約草案》第23條第2款規定：除非安理會已斷定有關國家實施了作為申訴理由的侵略行為，否則法院不得處理侵略行為或與侵略行為直接有關的申訴。在後來的籌備委員會上，對該項規定有兩種不同的觀點，一種觀點根據《聯合國憲章》賦予安理會維持國際和平及安全的主要責任，支持安理會對侵略行為的先定權。另一種觀點認為，如果安理會的許可是法院行使管轄權的先決條件，那麼將會使司法製度政治化。有人指出，這將意味著在實踐中安理會常任理事國從不會因侵略行為遭到指控，因為它們對任何非程序性決議都享有否決權。安理會有著獨特的否決權製度，《憲章》第27條第3項是關於“實質性事項”的表決規則，此項規則包括兩個條件：第一、在十五個理事國中，需要九個以上的多數票讚成；第二、在五個常任理事國中，沒有任何一個投反對票。隻有當這兩個條件同時具備時，有關實質性事項的決議才能通過。若有一個常任理事國投反對票，即使其他十四票都是讚成票，該決議也無法通過。正因為安理會常任理事國有著如此巨大的權力，在法院籌建過程中，對安理會在侵略罪問題上的作用，爭論非常激烈。五個常任理事國始終堅持安理會的判定是法院管轄侵略罪的先決條件，而且這一內容應當作為侵略定義不可或缺的一部分。