80年代後期開始，任繼愈有意識地對自己的觀點進行深化，同時，也有一些中青年學者，讚同任繼愈或提出類似觀點並從不同角度論述“儒教是教”說，主要有何光滬、李申、朱春、謝謙、張榮明、楊陽等人。特別是他培養的得意門生李申越來越成為“儒教是教”說的堅定信奉者和闡發者。
讚同並發展“儒教是教”說的文章有：任繼愈《論朱熹的<四書集注>――儒家經學的一大變革》，《具有中國民族形式的宗教――儒教》，《論白鹿洞書院學規》，《從程門立雪看儒教》，《朱熹的宗教感情》，《從佛教到儒教――唐宋思潮的變遷》，李申《關於儒教的幾個問題》，《儒教是宗教》，《儒教、儒學和儒者》，《朱熹的儒教新綱領》，《儒教研究史料補》，??何光滬《論中國曆史上的政教合一》，??《中國文化的根與花――談儒學的“返本”與“開新”》，??朱春《儒教是社會化、世俗化的特殊宗教》，??謝謙《儒教：中國曆代王朝的國家宗教》，??陳東《儒教是關於死的宗教――加地伸行的儒教觀》，??張岱年《“儒學是否宗教”筆談?儒學與儒教》、季羨林《“儒學是否宗教”筆談?儒學？儒教？》、張立文《“儒學是否宗教”筆談?儒學與儒教》和季羨林《“儒學是否宗教”筆談?關於儒學是“學”還是“教”的思考》，陳浮、黃昆《儒學、儒教與中國傳統文化》，王慶宇等《析儒學是否為宗教》，顧士敏《論儒教文明》。
在《論朱熹的<四書集注>――儒家經學的一大變革》一文中，任繼愈著重論述朱熹《四書集注》在儒家經學史上的重要意義。然而，作為一個儒教論者，他把《四書集注》看成是漢代“神學經學”在宋代是新變革，他稱之為“儒教經學”，以與他的漢代是儒家的形成，宋代是儒教的完成相對應。他認為，漢人解經，受天人感應思潮的影響，以天道附會人事，是為“神學經學”，是漢代鞏固統一政權的得力工具。神學經學，是一種比較粗糙的神學體係，但它體現了時代思潮，包含了當時許多學科（如哲學、神學、史學等）的內容，用經學為最高思想指導，有助於推行治國安邦的措施，如引經書決獄，施政等。《四書》的出現，標誌著“新經學”的形成，這是《五經正義》以後，吸收了佛、道二教的某些宗教內容，而形成的“儒教經學”。南宋朱熹出色地完成了這一儒教經學革新的曆史使命。
正像漢代經學必須吸收天人感應思潮才能具有生命力一樣。宋代儒教經學的特點在於用心性論來解釋儒家經典，特別是《四書集注》，它強調為人處世的道理，主要教人如何修身養性、涵養性情，正心誠意。在家為孝子，做官為忠臣，成聖成賢，不離於人倫日用之間。以心性論解經，是中國經學中上前所未有的一大變革。
他認為《四書集注》的曆史地位和作用，可以從以下幾個方麵來考察。
第一，《四書集注》吸收了唐宋以來的文化積累，達到了當時可能達到的理論高度，建立了完整的儒教體係，它把各等級的人排到一個被認為適當的社會位置上，建立了封建社會成員的全方位的崗位教育，對安定社會起著極為重要的作用。
第二，《四書集注》是一部強化內心修養，滌除心靈雜念的儒教經典。把“正心誠意”、“主敬”、“守一”、“格物致知”、“存誠”作為人生修養內容，最終目的在於教人成聖賢，使人們在社會生活，人倫日用之中得到精神解脫。“極高明而道中庸”，貫徹“內聖外王”之道。
第三，《四書集注》打破傳統注釋的舊模式。簡明通脫，新人耳目。宋儒自稱得堯、舜、禹的“心傳”及文、武、周公、孔、孟以下千古不傳之秘。朱熹的注解，有的有根據，有的根據不多，也有的直抒胸臆，不要古代書本的根據。它的特點是擺脫依傍，不受古人的束縛。
第四，《四書集注》被指定為國家教科書，元明清各代用來開科取士，作為選拔政府官吏的標準。除了用它的學術影響以外，它還得到曆代政府強迫性的灌輸。讀書人參加國家的各級考試，不能背離《四書集注》的觀點，否則難以被錄取，這也是《四書集注》流傳久遠的一個因素。
如果漢代的經學稱為前一時期的神學經學，後一時期的經學可稱為“儒教經學”。前一時期的經學以宇宙論的形式出現，後一時期的經學（儒教經學）以心性論的形式出現。中間經過魏晉南北朝佛教經學的補充，使儒教經學增加了體現時代特點的新內容。它超越了宇宙論和本體論，上升到心性論的理論高度，它達到了中國封建社會經學的高峰，同時也表明中國封建社會的經學已走到了盡頭，經學的曆史使命已完結了。
《具有中國民族形式的宗教――儒教》是任繼愈對儒教政治性、民族性、現實性的新論證。他認為中國封建社會存在著統一的中央集權政治與分散的自然經濟的矛盾，如何協調這一對矛盾？這就是要靠儒教。儒教在這裏起著重要作用。至於什麼重要作用，他沒有論及，而是又轉到世界上，說世界的三大宗教都是在封建社會發展起來的，這是普遍現象，中國封建社會也應該有自己民族的宗教，這就是儒教。“儒教就是出現在中國古代這塊土地上的特殊宗教，隻有中國才能有的宗教。”儒教的幽靈現在還在中國大地上遊蕩，“人們記憶猶新的十年動亂期間的造神運動所以得逞，千百萬群眾如醉如狂的心態，它的宗教根源不是佛教、表示道教，而是中國儒教的幽靈在遊蕩，隻不過它是以無神論的麵貌呈現在人們麵前的。”這與他前麵否定的儒教價值觀是一脈相承的。
《論白鹿洞書院學規》一文，任繼愈通過對白鹿洞書院學規的宗教化解讀，指出它應當看作朱熹的哲學世界觀的綱領。在學規中指出教育的目的不在於傳授知識，務記覽、為詞章、釣聲名、取利祿；而在於給從學者講明義理以修其身，推以及人，最終為聖賢。然而，它還有更深一層的社會含義，值得引起人們的注意。這個學規與其說它是朱熹的辦學方針，不如說它是朱熹的施政方針；與其說它是朱熹的哲學思想，不如說它是朱熹的宗教思想；與其說它是朱熹的政治學的大綱，不如說它是朱熹的政教合一的體現。
朱熹的政教合一體係，不能僅僅看作朱熹個人的，它代表著宋、元、明、清長達八百年的政治體製。政教合一體係，不在於培養哲學家、科學家，而在於為封建大一統王朝培養大批比過去任何時期更適合鞏固封建秩序的合格人才。曆史證明，這一體製收到預期的效果。宋以後，有奸臣而無篡臣。曹操、司馬懿父子用宮廷政變取得政權的事件，從此絕跡。這都是政教合一的實效。
儒教有其獨特的體係和結構，神權王權之間沒有尖銳的矛盾，沒有生死鬥爭，它利用政權的杠杆，隨時調節兩者的關係，使它溫和地發展著，因而沒有發生過像歐洲中世紀那樣的教權與王權長期的戰爭。儒教即國教，儒家經典有不可褻瀆的神聖性，儒教領導人足以為帝王師，但不可以為帝王。王權擁有最終的管理實權，但必須以儒者為師。
《從程門立雪看儒教》一文也是任繼愈對程門立雪的故事進行宗教化的解讀，說這個故事一方麵說明儒家尊師重道精神，另一方麵也表明當時儒家確實受佛道二教影響，把二教的宗教修養方法納入儒教中來。
在形式上儒教顯然與現在流行的世界三大宗教不同。如果從宗教實質來看，它具有宗教實質。宗教形式為教團組織，宗教教義，崇拜對象，誦讀的經典，固定的教徒等，儒教都有。宗教實質是它對現實世界超越性。像禪宗內在超越觀，儒教完全具備。儒教說，既然運水搬柴都是妙道，可以見性成佛，那麼事父事君，過正常的社會生活為什麼不能成聖成賢呢？
宋代以後，建立的儒教就是特別強調人們精神修養、內在超越的具有中國特色宗教。儒教對中國社會起著穩定封建秩序、延緩封建製度解體的作用。宗教通過有效的政教合一的完備體製，也增強中華傳統文化的傳播和普及，對民族的凝聚力起過積極作用。到了近代，儒教也起過妨礙現代化的消極作用。
《朱熹的宗教感情》一文任繼愈詳論朱熹的宗教意識，說朱熹樹立了儒教的“聖經”――《四書》宗教經典，文字不能太長，要使人便於傳誦。朱熹以畢生精力注解《四書》並取得儒家經典的解釋權，借助政府力量予以推廣，訂為國家教材，為全國知識分子所必讀，為儒教的合法傳播打下了基礎。
朱熹奉孔子為教主，把孔子捧為神。朱熹對孔子的信仰出自真心實意，他相信孔子在天有靈，隨時監察、傾聽著後世儒生的言行。朱熹忠於孔子，不隻是一般學術上的信奉，而是有著宗教徒對教主的虔敬。朱熹文集中，把孔子當作神，大小事必有“告先聖文”，其次是祭告各地先賢祠堂文，這類文章數量也很多。其次是祭社稷、祈雨、謝雨、止雨、祈禱山川神□的文章。還有祭告家廟、焚黃，敬祀祖先的文章。此外還有祭土地、祝歲，占卜，求神明指示吉凶、定行止的文章。
任繼愈以這樣的方式解讀朱熹，為後來李申撰寫長達150萬字的《中國儒教史》提供了寫作模式，不斷推動儒教是教說向前發展。
《從佛教到儒教――唐宋思潮的變遷》一文任繼愈認為隋唐時期的三大宗教――佛、道、儒處於一種道教、特別佛教興旺發達的形勢，而儒教的勢力不免相形見絀。儒教直接為政權服務，起了它應起的實際功能，涉及高度抽象思維的造詣，儒教的發言權不多，顯得薄弱。
後來佛教遭受重大打擊，各宗衰落了，而中國化的佛教――禪宗獨盛。儒教在北宋時期，繼承了韓愈、李翱的強化集中統一的路線，同時吸收了佛教，特別是禪宗的心性論，把佛教的心性修養，禪宗的明心見性，改造為主敬、涵養、守一，與治國平天下的政治目標相結合。
宋以後的三教，表麵維持著各自的門戶，都力圖以另外二教充實自己。宋以後的三教勢力也不平衡，不同於唐代的三教，在於儒教成了主流，佛、道二教處在依附的地位，起著配合儒教的作用。
儒教是教的第一位支持者，是研究西方基督教的何光滬。何於1988年發表《論中國曆史上的政教合一》，明確論證儒教是教。此後在他的博士論文中，又堅決而明確地讚同儒教是教說。
在《論中國曆史上的政教合一》一文中，何光滬按照宗教與統治階級政治相結合的緊密程度，提出了政教合一現象的三個類型――“神權政治”、“國教統治”、（溫和的）“政教合一”。然後，他肯定中國曆史上有“神權政治”，這就是存在於上古時代，或者說從夏商直到西周的一種政治形式，它有其鮮明的理論表現形態，即把人間的統治秩序和政治製度，一概說成超自然超人間的“天意”或“天命”的結果。這種神權政治既神化了統治階級及其各項政治活動，神化了當時的政治法律和社會秩序，當然對於鞏固當時的政治、維護統治秩序，統一新興國家發揮了重大的作用。
關於中國曆史上是否有“國教統治”，他的回答是肯定的：“我國自古以來的確存在著實質上的國教，或者說，我國古代的某些宗教確曾有著國教的特征和職能。”漢初統治者經過了一段時期的選擇，最後看中融合陰陽五行說和傳統宗教（敬天祭祖）而宗教化了的儒學，罷黜百家，定於一尊，確立了它統治中國思想達二千年之久的國教地位。當時儒教的國教化還表現在：第一，施政往往以“經義斷事”，甚至司法工作也有“引經斷獄”的現象。第二，選用官吏，也以儒經為標準，以便於“祖傳秘記，為漢家用”，以至於“大師眾至千餘人，皆祿利之路然也”。第三，天子親與教義的製定。中國和西方的宗教在此時也都經曆了一次巨大的革命：吸收了希臘哲學的基督教比之羅馬多神崇拜和東方神秘宗教，吸收了先秦哲學的儒教比之以前的祖先崇拜和自然崇拜，顯然是一種宗教革命。
自此，儒教經典一直成為統治階級的最高教條。從兩漢時期的經學和讖緯之學，到魏晉時期以老莊解釋儒經的玄學，從唐代排佛的“道統”說，到宋明兼融佛道的理學和心學，儒學的宗教特征在每一個階段都有所發展，其理論也益發係統而完整，孔子更被推崇為聖人和教主。甚至連受到西方資產階級思想影響而掀起變法運動的康有為，也認為“孔子創教”，而且仍要從該教的經典中去尋找維新的理論根據。
對於中國曆史上有無“政教合一”，他的回答也是肯定的：“夏商周三代的神權政治崩潰以後，比較溫和的政教合一製度，在中國並未走下曆史舞台，而以一種新的特殊的形式延續了二千年之久。這就是特殊的儒教與特殊的中國專製政治的結合。”並從政治指導思想，統治集團構成，教育製度，法律製度，基層統治五個方麵進行了考察，最後得出結論：在中國曆史上，政教合一的確是存在的；在中國封建社會的大部分時間裏，這種政教合一，就是儒教與封建專製政治的結合。