這次持續了近一年多儒學與宗教問題大討論在90年代以來一直比較沉悶的中國學術思想界是不多見的，這其中最重要的是孔子2000網站提供了一個現代化的、快捷的、相對自由、公開、公正的討論場所。當網上爭論進行了一半時，由中國社會科學院哲學研究所、《中國哲學史》編輯部、中國社會科學院“二十世紀中國哲學”重大課題組、新加坡東西方文化發展中心主辦的“儒家與宗教”學術研討會，2002年2月7日在中國社會科學院舉行。會議主持人、中國社會科學院中國哲學研究室主任鄭家棟研究員在會議開始時指出，此次研討會是“當代中國思想論壇”係列舉行的第一次會議。發起組織“當代中國思想論壇”的用意在於提供一個思想對話、交鋒的平台。“論壇”計劃圍繞與“現代性視域中的‘傳統’”相關的主題，每年組織4-5次學術研討會。
此次與會學者圍繞怎樣理解宗教的本質及其功用，“理性”與“信仰”，“理性”與“宗教”，“信仰”與“宗教”，“哲學”與“宗教”，“人文”與“宗教”，曆史上中國宗教的基本特征及其表現形態，儒家思想的核心及其在現當代社會中的定位，儒家思想中“學”與“教”的關係，儒家（或儒學、儒教）是不是宗教，“儒教”之爭的思想史線索與文化脈絡，當代“儒教”之爭的焦點與問題，曆史上“儒教”概念的提出與演化，“儒教”概念在東亞，“儒教”概念在西方，“儒教”概念與比較宗教研究，“教化”之“教”與“宗教”之“教”，“人文主義宗教”的界定，三代文化的本質特征及其曆史地位，殷周之際的思想轉化，漢、宋之間的思想差異，孔子是人還是神，中國曆史上的“天”、“上帝”、“鬼神”觀念，傳統祭祀的宗教內涵，“敬畏之心”的宗教內涵，“宗教化”與“神學化”，“宗教化”是否代表儒學發展的方向，“新儒學”與“新儒教”，“新儒教”是否可能以及如何可能，等等問題，展開了熱烈的討論和爭論。會議發言表明，參加會議的學者的主流觀點是儒教非教，並且在各個方麵進行了有力的論證。會議始終漾溢著理性探討和自由爭鳴的氣氛，且高潮迭起。與會學者認為會議把“儒家與宗教”的討論放到“當代中國思想論壇”的視野中，放到20世紀的哲學視野中，無疑將深化對儒學與宗教相關問題的理解。大家希望類似的研討會應在更大的規模上、更廣泛的範圍內舉行，以推動對儒學與宗教問題的“爭鳴”，推動對儒學及中國傳統文化的研究。與會的有海內外著名學者、專家30餘人。
這次網上爭論有特殊的意義：首先，這次論爭已經遠遠超出了純粹的狹義的學術史上儒教是教非教之爭，超越了過去常見的二元對抗思維影響下的“彼亦一是非，此亦一是非”爭衡不下的局麵，具有更深廣的思想史意義，可以反映出20世紀90年代以來大陸思想文化的新動向，這就是逐漸走出20世紀以文化激進主義與文化保守主義為表征的中西古今文化衝突的曆史，步入多元化、多層次，沒有任何文化壁壘的共時性的思想文化交流的新時代。也就是說，盡管在許多問題上爭論激烈，但從總體趨向上看交流融通的傾向大於隔膜鬥爭的傾向。