哲學的研究法，大概可分三種：
1．問題的研究法。
2．時代的研究法。
3．宗派的研究法。
無論研究東方哲學，或研究西方哲學，這三種方法，皆可適用。各有長處，亦各有短處。儒家哲學的研究，當然亦離不了這三種方法。現在把每一種方法的長處及其短處，先說明一下。
1．問題的研究法。所謂問題的研究法，就是把哲學中的主要問題，全提出來。每一個問題，其內容是怎樣；從古到今，各家的主張是怎樣。譬如儒家哲學的問題，就是性善性惡論、知行分合論……等等。
有許多問題，前代沒有，後代才發生的；有許多問題，前代很重視，後代看得很輕了；又有許多問題，自發生後幾千年，始終繼續不斷，無論哪家，無論東西，都有這種問題。把所有這種問題，分為若幹章，將先後學的主張，總括起來，加以研究。
譬如性善性惡問題。秦以前，孔子、孟子、荀卿，如何主張？到了漢朝，董仲舒、王充又如何主張？唐以後，韓愈、李翱如何主張？宋明程、朱、陸、王如何主張？直到清朝顏習齋、戴東原，又如何主張？把所有關於這個問題的議論，全都搜集在一塊，然後細細研究，考察各家的異同得失。
這種方法的長處，是對於一個問題，自始至終，有係統的觀念，得徹底的了解。從前各家主張的內容若何，現在研究到什麼程度，都很明了。不至茫無頭緒，亦不至漫無歸宿，這是他的優點。這種方法的短處，是對於各個學者全部學說，不能普遍周衍。凡在哲學上大問題，作有力的解答的人，都是有名學者。但這些學者，不單解答一個問題，旁的方麵尚多。而且要了解一個問題，不能不注意其他方麵，因為彼此兩方往往有連帶關係。
譬如性善論是孟子主張的，性惡論是荀子主張的。他們學問的全部係統，與性善性惡，都有關係。孟子為什麼要主張性善，荀子為什麼要主張性惡，牽連很多。因為性善惡的問題，牽到許多問題；不單是牽到許多問題，而且引動全部學說。
要是問題簡單，比較尚還容易；問題稍為複雜，那就異常紛亂。單講本問題，則容易把旁的部分拋棄，不能得一家學說的真相；旁的部分都講，則頭緒未免紛繁，很難捉住要點。
2．時代的研究法。所謂時代的研究法，專看各代學說的形成、發展、變遷及其流別。把幾千年的曆史，劃分為若幹時代。在每時代中，求其特色，求其代表，求其與旁的所發生的交涉。
譬如講儒家哲學，大概分為孔子一個時代：自春秋到秦，七十子及七十子後學者一並包括在內。兩漢為一個時代：自西漢初至東漢末，把董仲舒、劉向、馬融、鄭玄等一並包括在內。魏晉到唐為一個時代：何晏、王弼到韓愈、李翱都包括在內。宋元明為一個時代：自宋初至明末，把周、程、朱、張及陸九淵、王陽明等一並包括在內。清代為一個時代：自晚明至民國，把顧炎武、黃梨洲、顏習齋、戴東原等，一並包括在內。
這種方法，其長處在於把全部學術，幾千年的狀況，看得很清楚；一時代的特色，說得很明白；各家的學說，懂得很完全；同源異流，同流交感，我們都把他研究得異常仔細。譬如春秋時代，不單講儒家，還要講道家、墨家。又如孟子、荀子，不單看他們的性善惡論，還要看他們旁的方麵，其主張若何。所以學問的變遷，或者進化，或者腐敗，都可以看得清楚。
這種方法，其短處在全以時代區分，所有各家關於幾個重要問題的答案，截為數段。譬如討論性善惡的問題，最早是孟子、荀卿，一個主張性善，一個主張性惡。過了百多年，到董仲舒、王充，主張性有善有惡。又過千多年，才到程朱，又分為天地之性，氣質之性二種。又許多年，才到顏習齋、戴東原，又主張隻有氣質之性，性即是欲，不可強分為二。
關於這些問題的主張和答案，看得斷斷續續，不很痛快。哲學不外幾個重要問題，一個問題都弄不清楚，也就失卻哲學的要義了。而且一個問題，要說幾次。譬如論性，講完孟荀，又講程朱；講完程朱，又講顏戴。說後來的主張時，不能不把前人的主張重述一次，也覺令人討厭。