新疆位於歐亞大陸“心髒地帶”的獨特地緣政治環境，中西方文化交彙和民族宗教風雲彙集，使之自古以來就成為兵家必爭之地。在近代史上，沙皇俄國與大英帝國對中亞的爭奪，構成了西方殖民列強對我國新疆地區的直接或間接的威脅。近代新疆問題的緣起，就是與俄英帝國主義對中國西北邊疆的侵略緊密相連的。
一、新疆自古民族風雲多變幻
在古代曆史上，曾有許多部落、民族在新疆聚居。漢代對新疆的民族情況就開始有了明確的記載，當時主要有塞、月氏（音：肉支）、烏孫、羌、匈奴和漢人。匈奴人主要是在公元前176年前後進入新疆的。漢人是較早進入新疆地區的民族之一。公元前101年，漢朝軍隊開始在輪台、渠犁等地屯田，後來擴大到全疆各地，各屯田點成為漢人進入新疆後最初的分布區域；公元前60年，西域都護府設立以後，或為官、或從軍、或經商，進入新疆的漢人連續不斷。魏晉南北朝時期，是中國民族大融合時期，各民族遷徙往來頻繁，又有許多古代民族進入新疆，如柔然、高車、噠、吐穀渾等。隋（581年一618年）唐（618年—907年）時期，突厥、吐蕃等古代民族對新疆曆史進程產生了重要影響。突厥是公元六世紀到八世紀活躍於中國西北和北方草原的古代遊牧民族。公元552年突厥首領土門打敗柔然，以漠北（蒙古高原大沙漠以北地區）為中心建立政權，爾後分裂為東西兩部，為爭奪汗權，爭鬥不休。八世紀中葉，東、西突厥汗國相繼滅亡，其後裔融人了其他民族之中。吐蕃是藏族的祖先，六世紀末興起於青藏高原，占領青海後，開始與唐朝爭奪西域。755年，中原地區爆發“安史之亂”，大批駐守西域的唐軍調往內地，吐蕃乘機占領南疆及北疆部分地區。840年，大批回鶻人進入新疆。塔裏木盆地周圍地區受高昌回鶻王國和喀喇汗王朝統治，當地的居民和西遷後的回鶻互相融合，這就為後來維吾爾族的形成奠定了基礎。1124年，遼朝（916年一1125年）皇族耶律大石率眾西遷，征服新疆地區，建立西遼政權，一批契丹人由此進入新疆。13世紀初，成吉思汗率軍進入新疆後，把他征服的地方分封給其子孫。回鶻人進一步同化、融合了部分契丹人、蒙古人。18世紀60年代以後，清朝政府為進一步加強新疆邊防，從東北陸續抽調滿、錫伯、索倫（達斡爾）等族官兵駐防新疆，他們成為新疆少數民族中的新成員。以後，又有俄羅斯、塔塔爾等民族移居新疆。至19世紀末，新疆已有維吾爾、漢、哈薩克、蒙古、回、柯爾克孜、滿、錫伯、塔吉克、達斡爾、烏孜別克、塔塔爾、俄羅斯共13個民族，以維吾爾族為主體，形成了新的多民族聚居分布格局。
作為古代東西方經濟文化交流前主要通道和樞紐，新疆還是一個多種宗教並存的地區。早在伊斯蘭教傳人前，祆教、佛教、道教、摩尼教、景教等多種宗教，就相繼沿著絲綢之路傳播到新疆，與當地土生土長的原始宗教一起在各地流傳。伊斯蘭教傳人後，新疆不僅繼續維持了多種宗教並存的局麵，而且又有基督教、天主教等宗教傳入。
新疆與中原地區的密切聯係由來已久，曆代中央政府都對新疆加強了治理。西漢之初，西域各地處在匈奴統治之下。公元前138年，為擊退匈奴對漢朝邊境地區的劫掠，漢朝派遣張騫出使西域。公元前121年，漢軍大敗駐牧在河西走廊一帶的匈奴軍隊，漢朝在此先後置武威、張掖、酒泉、敦煌四郡。公元前101年，西漢王朝在天山南部的輪台、渠犁等地駐兵數百人進行屯田，並設“使者校尉”地方官員統領之，後“使者校尉”改稱“護鄯善以西使者”。公元前60年（漢宣帝神爵二年），設置“西域都護府”。當時，匈奴統治層內部發生動亂，駐守西域的匈奴日逐王賢撣“率其眾數萬騎”自願歸服漢朝，西漢王朝萎任鄭吉為“西域都護”，駐烏壘城（今輪台縣境內），治理西域全境，西域各地的首領和主要官吏均接受西漢賜予的印綬。西域都護府的設立，標誌著西漢開始在西域行使國家主權，新疆成為中國統一多民族國家的一個組成部分。東漢（公元25年一公元220年）政府在西域先設“西域都護”，後置“西域長史”，繼續行使對天山南北各地的軍政管轄。640年，唐軍擊敗隨突厥反唐的高昌氏王朝（501年—640年），於該地置西州，同年在高昌設安西都護府，這是唐朝在西域建立的第一個高級軍政管理機構。五代宋遼金時期，因中原地區諸朝爭奪統治權而無暇顧及西域，西域出現了幾個地方政權並列的局麵。其中主要有高昌、喀喇汗和於闐等地方政權，但它們同中原諸王朝都保持著密切關係。高昌與喀喇汗王朝都是公元840年漠北回鶻汗國覆滅後，由西遷西域的回鶻人彙同其他操突厥語諸族建立的地方政權，前者以吐魯番地區為中心，後者控製包括天山南部、中亞和河西等廣大地區。
元朝時期成吉思汗完成了對天山南北的政治統一。蒙古汗最初設立“達魯花赤”（蒙古官名，意為鎮守官）、“別失八裏等處行尚書省”等軍政管理機構，對西域進行軍政管轄。元朝建立後，在發展西域各地社會經濟的同時，在吐魯番地區設立提刑按察司。1406年，明朝設立了哈密衛，任用哈密當地的世族首領為各級官吏統轄當地軍政事宜，維持中西商貿通道之安全，並對西域其他地區實施羈縻控製。1757年，清朝平定長期割據西北的準噶爾政權。兩年後，清朝平定伊斯蘭教白山派首領大、小和卓叛亂，鞏固了對西域各地的軍政統轄。在管理製度方麵以1762年設立的伊犁將軍，統一行使對天山南北各地的軍政管轄。清朝政府依據因地製宜、因俗施治的原則，對天山北部孜回族居住區實行郡縣製管理；在伊犁地區和天山南部各地維吾爾族中維持當地的伯克製，但是伯克（突厥語音譯，地方官吏稱號）的任免權歸於中央，並嚴格實行政教分離；對蒙古族和哈密、吐魯番地區的維吾爾族則實行紮薩克（蒙古語音譯，意為支配者）製，即冊封王、貝子、公等世襲爵位。清朝政府在官員的任用方麵還采取了以滿族為主、各族官員並用的政策。清朝統治時期，清朝政府加強了對西域的管轄，新疆的社會經濟得到了穩步的發展。
綜上所述，自漢朝於公元前60年在新疆設西域都護府之後，中國曆代中央政府都對新疆進行軍政管轄。由於曆代統治時強時弱，中央政府對新疆地區的管轄也時強時弱。新疆各族人民積極維護與中央政府的關係，為中華民族大家庭的形成和鞏固作出了自己的貢獻。1840年鴉片戰爭以後，隨著西方列強開始覬覦中國，新疆受到沙俄與英國等列強的侵略。
二、近代以來俄國與英國爭奪中亞與新疆
早在17世紀上半葉，沙俄就派遣“外交使節”對中國西北邊疆進行滲透和顛覆。18世紀20年代，沙俄武裝入侵額爾齊斯河和齋桑泊地區。近代以來，沙俄又強迫清政府簽訂了《中俄璦琿條約》，《中俄天津條約》，《中俄勘分西北界約記》等一係列不平等條約，占領了我國西北的大片領土。尤其是19世紀60年代以後，國際資本主義形式發生了巨大變化，壟斷組織出現，資本主義發展極不平衡，由於他們之間的力最對比發生變化，彼此矛盾日益尖銳，所謂聯合侵華的合作政策無法繼續維持下去。與此同時，資本主義各國為了擺脫經濟危機，爭奪市場，原料產地和投資場所，加緊了對中國邊疆的侵略。沙俄並不滿足於侵占我國西疆的部分領土，妄圖侵吞整個新疆，進而南下與英國爭奪南亞地區。英國則以印度為基地，意欲侵占西藏，插足新疆阻止沙俄南下，雙方展開了爭奪新疆的鬥爭。
1864年，新疆回民掀起了大規模的反清鬥爭，占領了新疆的大片土地，但是不幸的是這些武裝起義一開始就被反動的封建主竊取了領導權。同時，浩罕汗國派遣軍事頭目阿古柏帶兵侵入新疆，控製了南疆以及部分北疆地區，建立了“哲德沙爾”汗國，對新疆人民進行十分殘暴的統治。阿古柏建立政權以後，本來就對新疆懷有覬覦之心的英國與俄國都趁虛而入，拉攏阿古柏，把他作為自已侵占新疆和遏止對方的工具。沙俄試圖進一步奪取新疆，以便逐步實現自己建立世界大帝鼠的野心，英國也想把新疆納入自己的勢力範圍，借以遏止沙俄勢力繼續向南發展，鞏固自己在印度的殖民統治，並進而同沙俄爭奪中亞地所以雙方都向新疆地區伸出了魔掌。而阿古柏也有意借英、俄兩國的力量來穩定和鞏固自己的統治。於是英國於1868年授意英國人羅伯特·肖喬裝成商人到新疆進行活動，獲得阿古柏的優待。1870年，英國派以道格拉斯·福西特為首的第一個代表團訪問喀什葛爾。這引起了俄國的極大關注。1873年，英國又派出了一個由三百人組成的特派使團。英國同阿古柏進行勾結的渠道有兩條，一是利用印度與南疆在地理上的接近，二是利用土耳其的宗教關係。當時，土耳其蘇丹對於信仰伊斯蘭教的中亞各族人民具有相當大的宗教影響和政治影響。1873年，阿古柏在其占領的土地上升起土耳其國旗，承認土耳其為上國，並且請賜封號。土耳其賜予阿古柏以艾米爾稱號。與此同時，英國還提供給阿古柏大量的武器彈藥，竭力把它培植為親英政權。這樣一來，阿古柏的偽政權逐漸成為英國控製下的傀儡，從而使英國在同沙俄的爭奪當中，獲得了捷足先登的優勢。