受到這次風波後，上官婉兒徹底成熟了，她吸取了以往失敗的經驗，重振精神，始終把握一個原則，武則天喜歡的東西千萬別碰，武則天說的任何話也永遠是對的。她精心侍奉，曲意迎合，終於得到了武則天的歡心，從此也更受寵愛。《舊唐書》記載，武則天之後讓上官婉兒處理百司奏表，參決政務，權勢也日盛起來。就連武則天的侄兒武三思，也想去攀上官婉兒，並與其私通。在所草詔令中，上官婉兒便經常推崇武氏而排抑皇家。當時，與上官婉兒關係好的都得到了提拔。其中，中書侍郎崔湜因為與上官婉兒在外宅私通，便被引以為相。這個崔湜是什麼人，他就是杜甫一首詩中“岐王宅裏尋常見，崔九堂前幾度聞”中崔九的哥哥，當了中書令。可見上官婉兒在朝廷中起到了不可小覷的作用，其權勢鮮有人可比。
不滿現狀參與政變，依附太子再找後台
雖然權勢得到了滿足，但上官婉兒並不是一個甘於現狀輕易滿足之人，她知道武則天已經年老，不可能永遠當皇帝，她得為自己找好退路，便默默尋找自己的新後台，這個後台便是太子李顯。
在宮中，上官婉兒勾引了李顯，並與其有了肌膚之親。這個時候，上官婉兒歲數並不大，才16歲，大約也就是現在的高中生年紀。她年齡雖小，但心機不淺。上官婉兒知道李顯以後必定會有作為，得下一盤大棋，搞一場政治投機。就像當年呂不韋押寶秦國王子異人一樣，希望這次“奇貨可居”以後能成大事。然而，最開始李顯並沒有交上好運，還被廢，遠戍鈞州、房州。
不過，這樣的黴運並沒維持多久，就因武則天的下台而改變了。神龍元年（公元705年），張柬之等擁護李唐宗室的大臣發動神龍政變，武則天被迫退位。神龍政變後，唐中宗李顯複辟了。這時的上官婉兒心裏那個高興啊，自己押的這個寶可算是得到了回報。李顯當上皇帝後立即安排“老相好”上官婉兒專掌起草詔令，對其充分信任。李顯覺得這還不夠，便拜上官婉兒為昭容。這個昭容是個什麼職位呢，就相當於貴妃，除了皇後她就最大。除了封上官婉兒，她的母親鄭氏也得到了回報，被李顯封為沛國夫人。
上官婉兒不忘“舊情人”，又向韋皇後推薦了武三思，將武三思領進宮中，李顯於是開始與武三思商議政事，當年發動政變的張柬之等人反而受到了武三思的遏製，不久還被武三思等人設計貶殺。這時，上官婉兒的權勢達到了最高峰。
手掌大權重視文風，培養人才受到追捧
在上官婉兒掌握了朝政大權，被稱為“巾幗宰相”之時，她也做了一些利己又利國的大事。
首先，她說服中宗李顯將自己的祖父上官儀一案進行了平反，並追贈上官儀為中書令、秦州都督、楚國公，追贈上官庭芝黃門侍郎、岐州刺史、天水郡公。另外，她的母親鄭氏去世後，她請求李顯追諡為節義夫人，並上表將自己的品級降為婕妤以示哀悼，不久之後恢複。
其次，上官婉兒請求皇帝李顯規定天下百姓23歲時才算成丁，55歲為老人，到59歲就免除勞役，改易製度，用來收取人心民望，李顯也一一準許。
另外，上官婉兒十分重視文學，多次勸說李顯大量設置昭文館學士（相當於翰林學士），廣招當朝詞學之臣賦詩唱和。每次聚會時，她都同時代替李顯和韋皇後幾人作詩，文思泉湧，數首並作，詩句優美，時人大多傳誦唱和。譬如她創作的《彩書怨》這首詩就被天下人廣為傳唱，內容如下：“葉下洞庭初，思君萬裏餘。露濃香被冷，月落錦屏虛。欲奏江南曲，貪封薊北書。書中無別意，惟悵久離居。”同時，對大臣所作之詩，中宗李顯又令上官婉兒進行評定，名列第一者，常賞賜金爵，貴重無比。學者計有功在《唐詩紀事》中寫道，中宗曾於景龍三年正月晦日遊長安附近的昆明湖，即興賦詩，命群臣各應製一首。由上官婉兒最終評定出了宋之問的詩作，然後評論：“二詩工力悉敵，沈詩落句雲：‘微臣雕朽質，羞睹豫章材。’蓋詞氣已竭。宋詩雲：‘不愁明月盡，自有夜珠來。’猶陟健舉。”自此，朝廷內外吟詩作賦頓時形成一股潮流，從一定程度上提高了眾人的文化素養，陶冶了情操，也客觀上發現和培養了一批文化人才，並使初唐的文學事業得到了長足發展。