秦良玉隨丈夫馬千乘率500精兵前去支援政府軍，與叛軍展開了激戰，由於“白杆兵”特殊的裝備和長期嚴格的山地訓練，在播州的戰爭中得心應手，給予了叛軍出其不意的打擊，他們宛如神兵從天而降，有力地打擊了叛軍的囂張氣焰。
叛軍首領楊應龍見未能打垮政府軍的猛烈攻擊，便改變了作戰方式，準備死守播州城。他調集所有兵力，設下5道關卡，分別是鄧坎、桑木、烏江、河渡和婁山關，每道關卡都有精兵防守，想以此作護身符。當時攻打鄧坎一戰，是由秦良玉率領500“白杆兵”為主力，去攻打叛軍的5000精兵。麵對十倍於己的敵軍，秦良玉並沒有畏懼，她親自騎一匹桃花馬，握一杆長矛，威風凜凜地殺入敵陣，左挑右砍，東突西衝，如秋風掃落葉一般，殺死叛軍數十人。這有一點像當年項羽在打仗中的英勇表現，取敵軍將領首級如入無人之境。不過，秦良玉有這個實力，因為據有人考證，她身高1米86，穿上軍裝特別威武。當年項羽也不過1米8而已。
在敵軍中，秦良玉愈戰愈勇，她的士兵得到了鼓舞，紛紛拚死殺敵。秦良玉則在一頓猛殺之後，忽地縱馬騰躍，將敵軍將領楊朝棟抓在了自己馬背上，右手揮舞著長矛，左手牢牢製住敵將。俗話說，擒賊先擒王，頭領都被抓住了，再打下去也沒什麼意思。叛軍頓時慌了手腳，也無心戀戰，傷的傷，逃的逃，5000人馬頓時潰散無遺。
攻下鄧坎後，秦良玉又率軍攻打婁山關。由於道路狹窄，部隊無法通過大批兵馬，秦良玉想出了一個巧取方案。秦良玉和丈夫選取了一天淩晨，他們雙雙騎著戰馬並馳，用長矛與敵軍進行拚殺，兩人並肩血戰，而敵兵見政府軍的首領被自己包圍，便蜂擁而上準備活捉秦良玉。哪裏知道，他們徹底失算了，正當叛軍越聚越多時，幾千“白杆軍”突然從關口兩側包圍過來，迅速殺進敵軍，叛軍根本沒有想到還會“從天而降”那麼多援軍，頓時亂了手腳，大多落荒而逃。
很快，秦良玉就率領部隊攻下了婁山關，與此同時，其他政府軍也攻克了其他關口，這時的叛軍隻得垂死掙紮，大勢已去了。政府軍於是一鼓作氣，不費吹灰之力就攻克了叛軍據點播州城。楊應龍的家屬無奈自焚而死，至此叛亂也徹底被平息下來。
論功行賞時，馬千乘夫婦率領的“白杆兵”戰功卓著，被朝廷列為“川南路第一有功之軍”。秦良玉初次參加戰鬥，就顯示出了卓越的軍事才華，為大明朝廷立下了汗馬功勞，除受到重獎外，“女將軍”的英名也由此遠播四方。
請纓帶兵戰後金
萬曆四十一年（公元1613年），秦良玉的丈夫馬千乘不幸被太監邱乘雲誣陷，後冤死在雲陽（今重慶市雲陽縣）獄中。丈夫的死令秦良玉十分悲傷，她心裏的苦不知道對誰訴說，很長一段時間內，她都很消沉。但是，家庭的苦難並沒有影響秦良玉愛國的節操，在國家需要她時，她立即站了出來，並參與到保家衛國的戰鬥之中。
由於女將秦良玉立有戰功，在馬千乘死後，她襲職代領了石砫宣撫使。這時，正值滿洲崛起於東北，對明朝廷構成嚴重威脅之際。大明萬曆四十七年（公元1619年），明朝軍隊在薩爾滸慘敗於努爾哈赤的後金軍隊，“一聞警報，心驚膽喪”，遼東官兵“裝死苟活，不肯出戰”。朝廷無奈，便急調永順、保靖、石砫、酉陽等土司兵赴遼救援。秦良玉奉旨率兵數千奔赴前線，參與了抗擊後金的戰鬥。
《明實錄·熹宗天啟實錄》記載，明天啟元年（公元1621年），清軍攻占了關外的沈陽，勢頭很是強勁，揚言要打到北京城去。這時，秦良玉便派遣其大哥邦屏和弟弟民屏為先鋒，強渡渾河與清兵激戰，可惜寡不敵眾，邦屏戰死疆場，民屏身陷重圍。秦良玉聞訊後，立即率領自己的“白杆兵”，強渡渾河殺入重圍，拚死救出弟弟，搶回了哥哥的屍體。首次戰鬥，秦良玉犧牲了哥哥，心情十分沉重。雖然，在艱苦的條件下，他們還殺敵數千，重創清兵，但這是一場代價慘重的血戰。
親人的戰死令秦良玉十分悲傷，又更為憤怒，她上書大明皇帝，表示將要拚死打敗清軍，為國效力。明熹宗朱由校知道情況後，大為感動，立即下詔賜予秦良玉二品官服，並封為“誥命夫人”，任命其子馬祥麟為指揮吏，追封其哥哥秦邦屏為都督僉事，授其弟弟秦民屏為都司僉事之職，還重賞了“白杆兵”眾將士。
得到皇帝的嘉獎，秦良玉更為賣力，她立即遣使到京城，趕製1500件冬衣撫恤士卒，整頓餘部，隨後親率3000精兵直赴榆關（山海關），命部下加固防守，使後金兵無法攻破。秦良玉在榆關坐鎮時，不僅加強武備，戮力守衛，有效地遏製了後金兵南下的氣焰，還大力救濟關內外饑民，撫慰民心，創造了較為安定的環境。在秦良玉的主持下，榆關防務固若金湯，成為後金兵無法逾越的屏障。
中途，秦良玉回到四川擴兵援遼，期間平定了成都、重慶、貴州叛亂，並為朝廷重新收複了三地。
後來，也就是崇禎二年（1629年），清兵又繞道喜峰口，攻陷遵化，直抵北京城下，形勢極為險峻。崇禎皇帝匆忙下詔征調天下兵馬勤王。秦良玉聞訊後，立即“出家財濟餉”，兩次率“白杆兵”兼程北上。當時各地先後趕來的十餘萬官軍，互相觀望，畏縮不前，隻有秦良玉所率“白杆兵”最先奮勇出擊，與後金兵在京師外圍相遇，雙方全麵激戰。年已55歲的秦良玉，率領士兵，手舞白杆長矛，以一當十，威猛如虎，打得後金兵落荒而逃。很快，秦良玉順利收複了濼州、永平、遵化等四城，解救了京城之圍。