十月二十五日整個台灣大員海戰中，薛家軍海軍七成軍艦嚴重帶傷，其中損失戰艦十三艘，損壞戰艦十一艘，所謂損壞戰艦就是靠上海岸戰鬥的艦船，不是停靠在淺水沙灘的話，也必然會沉入大海，薛家軍海軍比較幸運的是三艘“華山號”“衡山號”“恒山號”三桅戰艦基本上完好。
薛家軍海軍參戰人數達兩萬人，陣亡將士達到兩千多人，失蹤近一千人，負傷三千多人，這還是因為薛家軍海軍是本土作戰，大批海軍士兵被岸上陸軍戰友劃小船救起，不然傷亡數字還要增大許多，而岸上荷蘭王城、“威遠城”、“平南關”參戰將士也有數百人傷亡，就連滿刺加國參戰士兵也犧牲了九人。
薛家軍海軍傷亡慘重，不過西班牙海軍損失也不小，二十五艘軍艦有五艘戰艦沉沒，因為是客軍沒有足夠的救援，五艘戰艦上的西班牙海軍幾乎全軍覆沒，其他二十艘軍艦半數被薛家軍的“燃燒彈”燃燒。
薛家軍的“燃燒彈”含義特別助燃物體，用海水根本無法撲滅，唯一的辦法隻能是阻燃法隔斷空氣，可惜西班牙沒有沙土掩埋，僅僅靠棉被、濕布救火，效果實在是難以恭維，最後連棉被、濕布都燃起來了，加上海上風大助燃西班牙海軍戰艦被燒得損失慘重，最後西班牙海軍艦隊被迫退出了海戰就是為了去滅火。
根據薛家軍海軍估計，西班牙海軍艦隊有士兵六千人左右，士兵傷亡應該在兩千四五百左右，考慮西班牙海軍五艘戰艦沉沒幾乎沒有士兵逃掉，西班牙海軍陣亡士兵不會低於一千五百以下，讓薛家軍海軍感到滿意的是，西班牙海軍的兩艘三桅戰艦燒毀嚴重，基本上可以確定這兩艘三桅戰艦很長時間都不太可能參加海戰了。
這次薛家軍海軍同西班牙海軍海戰之後，在台灣再沒有發生這麼大規模的海戰，後來從西班牙俘虜軍官哪裏得到此次海戰的秘密，此次海戰西班牙海軍參戰將士隻有不足五千人，其中還有一千不同程度的傷兵，這都是西班牙海軍肆意參加陸戰的報應，使得整個西班牙海軍艦隊的作戰能力隻發揮了七成，最終沒有取得台灣大員海戰的勝利，當西班牙海軍艦隊退回高雄港後，奇缺的海軍水手和劃槳手，使得整個西班牙海軍艦隊再也沒有人員把軍艦開出港口了。
薛雲沒想到薛家軍在台灣跟西班牙殖民者的仗打得這麼大，西班牙殖民者投入的兵力已經大大超過薛雲對這段曆史的認知，不過薛雲相信西班牙人已經是黔驢技窮，西班牙菲律賓總督科奎拉再也動員不了多少戰爭資源了。
燕三娘紅著眼圈說道：“夫君，想不到這些洋鬼子的戰鬥力這麼強，薛家軍從來沒有沒有受到過這麼大的損失啊，唉，要是西班牙傾國來戰怎麼辦呢。”
薛雲說道：“西班牙雖然是歐洲強國，可是跟我們大明簡直沒發比，歐洲、南洋一些小國，西班牙隻要幾百火器兵就可以滅國，可是麵對我們薛家軍已經損失近萬聯軍，其中西班牙本土士兵陣亡應該超過四千，現在整個西洋地區西班牙人是捉襟見肘，當地的百姓也會趁機起來反抗，就是西班牙本土再調兵支援，有我們薛家軍在西洋發揮作用，西班牙人在東方稱霸的夢想已經破滅了。”
燕三娘說道：“夫君，你的意思是讓西班牙占領地區人民起來反抗，這樣他們跟我們薛家軍合作，把西班牙侵略者趕出整個西洋去。”
薛雲笑了笑說道：“姐，這次西洋當地土籍反抗西班牙人，隻能是讓他們跟西班牙人互相消耗為目的，讓西洋土籍跟西班牙人兩敗俱傷，他們任何一方的強大都不符合我薛家軍的利益。”
燕三娘驚異的望著薛雲，薛雲摸著下巴尷尬地說：“姐，沒辦法，西洋土籍和西班牙人隻要有一方騰出手腳來，一定會貪圖大明的錦繡河山，這豈不是前門拒虎後門進狼嗎。”
燕三娘說道：“弟弟，人家西洋百姓還沒有做任何得罪我們大明人的時啊，你是不是有些過濾了。”
薛雲說道：“姐，非我族類其心必異，對異族能夠同化就同化，不能同化的就必須徹底幹淨的消滅，不過最好讓他們先自相殘殺一陣再說。”
燕三娘說道：“這次薛家軍在高雄鳳山戰鬥中繳獲了近千支快槍，看來年後抽調三千支新式快槍沒有問題。”
薛雲這次趕到江南來，除了要見魏忠賢一麵，就是跟燕三娘討論未來幾年大明形勢，其中特別是江南薛家軍的發展方向，以及台灣統一及東西洋的戰略構想，還有一件事就是為了遠征土謝圖汗部，需要調拔最新式快槍二到三千支，這是薛家軍遠征土謝圖汗部能不能取勝的保證。