滿桂德勝門大戰力退建虜後，崇禎皇帝遣中官齎送羊酒慰勞滿桂所部，並令滿桂軍入甕城休整；不日袁崇煥親率總兵祖大壽、何可綱等入入京勤王，崇禎皇帝大喜立刻平台召見，溫言慰勉鼓勵原創殺敵。
袁崇煥趁機請入京城休兵，崇禎皇帝沉吟，因為這次建虜突然入關和袁崇煥擅自誅殺東江毛文龍，對袁崇煥已經漸失信任，不許袁崇煥所請，袁崇煥再請如滿桂例，遼東軍入甕城休整，崇禎皇帝亦不答，袁崇煥無奈乃出屯沙河門外，與滿兵遙遙對壘。
原來袁崇煥奉旨五年平遼，自然是修城增堡置戍屯田頗有成效，不過同持尚方寶劍的東江鎮都督毛文龍跋扈難馴，不服崇煥節製，袁崇煥不思精誠團結，竟欲除去毛文龍，其實毛文龍遠在朝鮮皮島，深入建虜敵後，與袁崇煥互不隸屬，袁崇煥起次邪念不思膽大妄為就是居心可測。
袁崇煥借閱兵為名，徑至東江雙島，毛文龍帥手下將領迎接，崇煥顯得格外謙和留毛文龍在舟中對飲，歡語多時言及軍務，崇煥擬改編營製，欲收毛文龍兵權，毛文龍心以東江鎮全仗自己一人努力，招集逃民苦心經營起來，此次袁崇煥前來無端幹涉，怒極勃然而去，袁崇煥殺毛文龍之誌越堅。
袁崇煥臨別時邀東江鎮將士較射山上，文龍自應諾往袁崇煥軍中，袁崇煥又與他攜手同行，到了帳中大呼道：“謝參將何在。”
參將謝尚政應聲即出，崇煥將文龍一推，謝尚政背後，竄出出好幾個將官，出其不意把文龍拿下，文龍大呼道：“我得何罪。”
崇煥道：“你的罪不下十種，就是本部院奉命到此，改編營製，你便抗命不遵，背了我還是小事，你心中早無聖上，即此一端，已當斬首。”
這時毛文龍此時知道中了袁崇煥詭計，隻好叩頭乞免一死，袁崇煥道：“不必說了。”便望著北闕，三跪九叩首，請出崇禎皇帝賜的尚方寶劍與謝尚政，令將毛文龍推出處斬。
不一時獻毛文龍首級帳前，袁崇煥立即下山，曉諭毛文龍部眾道：“罪止毛文龍一人，餘者皆無罪。”
並傳喚文龍子承祚至前，麵諭道：“你父違叛朝廷，所以把他正法，你本無罪，好好兒鎮守此處，我為公事斬了你父，我私下恰很念你父。你果勉蓋父愆，我當替你極力保舉哩。”又召過副將陳繼盛，令他輔佐毛承祚，鎮守東江，分編部兵為四協，袁崇煥盡收東江鎮數萬兵馬。
袁崇煥這次奏報明廷，崇禎皇帝得知袁崇煥殺了毛文龍，難免驚疑猜測，可是毛文龍已死，自己方信任袁崇煥，隻好優旨嘉勉袁崇煥，後來崇禎皇帝決殺崇煥，便是為此時起。
毛文龍死後，東江鎮並沒有如袁崇煥之意，東江鎮不再是建虜的腹心之患，如孔有德、耿仲明等人素受文龍恩惠，便想為文龍報複私仇，把效忠大明之心盡行拋去，竟自通款建虜，願為前驅除去袁崇煥，從此皇太極少了東江鎮這根毒刺，這才敢放膽千裏深入大明京畿重地。
袁崇煥在沙河門駐軍隻是防備建虜劫營，果然熟讀三國演義的建虜乘夜襲擊，袁崇煥按兵固守以逸待勞，扼險為營豎木列柵，任建虜如何進攻隻令將士射箭放炮，隻是不許官軍出營一步，幾日後建虜放棄對袁崇煥部的進攻。
崇禎二年十一月二十日夜，建虜突然偷襲京城東麵的廣渠門，近萬建虜漢軍旗附蟻爬城，京營總兵王樸衣甲不整上城守禦，先到的幹將千總查幹巴日來回指揮，才保得廣渠門沒有失陷。
王樸驚魂未定道：“查幹巴日，城外不是有袁崇煥的遼東軍嗎，怎麼會有這麼多的建虜攻城，難道袁崇煥的遼東軍已經敗了。”