崇禎下令逮捕袁崇煥之後，並沒有要將他置於死地的意思，遼東總兵祖大壽、守備何可綱聞袁崇煥被抓擁眾出走山海關，讓崇禎皇帝十分震怒驚恐，怎麼武將都是薛雲那樣的驕橫悍將，崇禎皇帝對袁崇煥起了殺機。
袁崇煥下獄後的第五天，禦史高捷即疏劾：“錢龍錫與袁崇煥相倚，錢龍錫是袁崇煥“詭計陰謀發縱指示”者，是祖大壽敢於率兵出走“挑激之妙手””。
錢龍錫一疏再疏申辯：“崇煥初在城外，閣中傳奉聖諭、往來書劄，多從城頭上下，崇煥既拿之後，孰敢私通？祖大壽兩重嚴城，誰能飛越，施挑激之妙手？”言高捷話有很多不實誣陷之詞。
但高捷繼續彈劾彈劾道：“袁崇煥罪案已明，臣不必言。獨錢龍錫，不勝傷心之痛。前逮袁崇煥時，大壽口不稱冤，後即飆去，此非崇煥、龍錫排激之哉?崇煥之殺毛文龍也，龍錫密語手書：錢龍錫曾說過，‘用之則用，不用則去之’等語。又，崇煥與王洽書，言建虜欲求和，廟堂之上，已有人持此主張，主張之人，非龍錫而何?因此，毛文龍之死，足乃崇煥效提刀之力，龍錫發推刃之得也。皇上逮崇煥時，崇煥口不稱冤，龍錫皺眉疾首，不勝傷心之痛……。”
錦衣衛查出袁崇煥私下跟建虜議和書簡十封，當錦衣衛掌印官劉僑以斬帥、議和二事審問袁崇煥時，袁崇煥把“斬帥”、“議和”二事的責任全由自己承擔，不牽涉大學士錢龍錫和兵部尚書王洽，大明一朝天子守國門，袁崇煥私下議和已是罪在不赦。
其後崇禎皇帝讓袁崇煥寫信招回祖大壽，孫承宗也遣使撫慰祖大壽、何可綱等，祖大壽等遼東軍請立功贖袁崇煥之罪，崇禎皇帝許之，祖大壽便率遼東軍又回到了關內，不過崇禎對袁崇煥的威勢以不能再忍，隻是對祖大壽、何可綱、吳襄等虛於應付，待北京城平安後，隨時準備置袁崇煥於死地。
這段時間崇禎皇帝基本上沒有得到過什麼好消息，王承恩的話不幸言中，京營總兵王樸沒有能夠接手大同勤王軍的兵權，而且大同軍幾路人馬都沒有奉旨，隨後大同軍從昌平消失，把王樸那一千人孤零零的留在了昌平城，崇禎皇帝大罵王樸無能廢物。
還沒有等崇禎皇帝把脾氣出夠，在天下勤王兵馬中，除宣府勤王大敗不成氣候，保定、河南、山東還遠在北直隸南部，而山西巡撫耿如杞與總兵張鴻功率五千人赴援。軍隊曾有令曰：“卒至之明日，汛地既定而後給餉。”山西援兵既至，今日令守通州，明日調昌平，後日又調良鄉，駐地累更，三日沒有給軍餉，軍隊發生嘩變，多肆剽掠京城周邊市鎮，事發後耿如杞、張鴻功被捕入獄，四方勤王援兵以缺餉故，恐步耿如杞、張鴻功後塵，更是互相觀望畏縮不前。
崇禎皇帝還得到一個遲來的消息，就是建虜在薛莊跟薛家人打了近半月，據從永定門傳回來的消息，薛莊莊外建虜伏屍上萬，五天前建虜就沒有再進攻薛莊了，崇禎皇帝想不明白，一個小小的薛莊居然有如此強大的戰鬥力。
同樣沒有想明白還有建虜皇太極一夥，怎麼一個小小薛莊會如此難攻，
嶽托、濟爾哈朗聯軍作了一些攻寨準備，戰鬥是十二月初一日開始的，建虜聯軍人馬達到了三萬五千多人，嶽托攻西麵、南麵，濟爾哈朗攻東麵、北麵，第一輪進攻采取的是四麵圍攻，出動蒙古、漢軍一萬多人，戰術目的是填平薛莊的護寨溝。
不過薛莊響起的炮火讓建虜瞪目結舌，薛莊寨牆是炮火連天，嶽托估計薛莊有大小佛郎機百門以上，最恐懼的北麵寨頂的幾十門火炮，因為地勢較高，火炮打得非常遠，嶽托在離薛莊七八裏的地方，還感受到火炮的威脅，膽寒之下退至十裏之外，嶽托倒是安全了，可是進攻的軍隊見了士氣大受影響。
建虜第一輪進攻在薛莊護寨溝前留下了近千具屍體，一個時辰後，推著大型攻城車的蒙漢士兵，再次開始對護寨溝填土，薛莊施以火炮轟擊，半個時辰轟爛二十多輛攻城車，藏在攻城車後的蒙漢士卒傷亡慘重，麵對薛莊薛家軍的炮火，嶽托、濟爾哈朗采取了忽進忽退，靈活機動的填土方法，士卒的傷亡大大下降，可是填土的進度也緩慢了下來。
第一天建虜付出了一千六百人的傷亡，損失四十多輛攻城車，以及一大批戰馬甲仗，成績就是勉強填出了三條能夠一人行走的小道，晚上嶽托、濟爾哈朗、李永芳、蒙古紮魯特部吉喇西、敖漢部長索諾木杜棱、奈曼部長袞楚克等首領商量一陣，沒有什麼特別好的辦法，決定明天還是繼續填土，按照李永芳的提議，攻城車停留一處的時間還要大幅度縮短。
十二月初二日，建虜出動一百一十七輛攻城車，參戰士卒達到一萬八千人，先後組織了十八次填土，取得了填平三十處護寨溝的成績，但是付出了三十一輛攻城車和八百士卒的傷亡，嚴重的是濟爾哈朗靠近薛莊東寨牆指揮，*戰馬挨了一火炮，整個馬胸被打得血肉模糊死掉，濟爾哈朗左腳中了幾粒鐵沙子，濟爾哈朗估計沒有一兩個月是無法騎馬打仗了。