傑斐遜一直向往著和平。他靈巧地維持著黨內的和平，並且巧妙處理了麥迪遜與門羅之間裂痕的擴大，更是避免了共和黨一分為二。傑斐遜在總統任期之內，一直都是實行和平地購買與協商的政策，並且盡量避免與印第安人開戰。傑斐遜不僅不以戰爭為戰績驕傲，同時他還不屈不撓地尋求其他的方式以達到政治和平的目的。對和平的期盼融入了傑斐遜的公開生活，對寧靜的希望也走進了他的私人生活，而理智與冷靜更是他做事的標準。
1802年，《亞眠和約》被廢棄，傑斐遜從一開始就決定在法國與英國之間保持中立。他以前對法國的同情現在已經完全改變了。1804年，拿破侖加冕稱帝，這讓傑斐遜十分憎惡，覺得這是獨裁統治。
1807年6月23日，美國開往地中海的戰艦“切薩皮克號”，在漢普登碼頭外遇到英艦“豹號”的攔截，英艦要求上船搜索叛逃的英國水手，但是遭到拒絕，於是英船炮轟“切薩皮克號”。美國戰艦在一時間沒有還擊的情況下，被擊中了3炮，3人死亡，18人受傷，“切薩皮克號”隻好投降，結果英軍帶走了1名英國的逃兵和3名美國人。
這時候，傑斐遜如果宣戰，全國人民一定都會支持他，從獨立革命的萊克星頓戰役以來，全國從沒有這樣激動憤慨過了。傑斐遜命令英國戰船遠離美國的水域，並警告各州州長召集民兵，下令建造更多小型的、防禦性的戰船，並且馬上召開國會，可是大會的日期卻是在三個月之後。這一年的7月底，傑斐遜輕鬆愉快地返回了蒙特沙羅。
傑斐遜經常回家長住，這早已經遭到非議，但是傑斐遜說自己在蒙特沙羅的工作要比在華盛頓還要努力。傑斐遜認為，宣戰隻會讓英國的海軍戰艦開往美國海岸，他可沒想讓新奧爾良落到英軍的手裏。但是麵臨著英軍日漸猖狂的劫奪行為，要想保持中立並不是一件容易的事。英國不僅加緊控製駛往法國的船隻，而且延伸到美國。
1806年11月，英國通知所有美國的船隻都要先到英國領取執照，否則在海上就可以成為他們劫掠的對象，即使是開往西印度群島的船隻，也適用這項通令。同時，英國增加棉花的稅務，讓美國蒙受了很大的損失。美國的船隻不遵從通令的，沒收充入英國海軍，而美國的船員就被打入英國的地牢。法國的拿破侖也同時對英國港口宣布反封鎖，同樣延伸到了美國。於是傑斐遜的海員們就陷入兩麵受敵的境況中。
傑斐遜覺得，現在他隻有三個選擇了：戰爭、臣服納貢，或者單方麵的英、美貨物的禁運。1808年，這時的傑斐遜是65歲，但是他的身心都沒有老化，他從沒有想過利用這種爆炸性的國際形勢，讓使自己在位長久一點，或是證明自己的雄勁威武。
1806年11月，傑斐遜再度巧妙地說服國會，通過一項禁運的法案，而不必宣戰。他希望以這個方式，讓海上的兩萬至三萬的美國船員都回到家鄉，讓他們和2000艘船隻還有8000萬美元的船貨一起受到國家的保護。其次，傑斐遜計劃試行戰時經濟製裁，希望能夠牽製住英國的經濟，逼迫英國政府撤銷頒布的通令。他希望以這種方式來避免人民卷入所謂的亂戰之中。
禁運這種手段，不僅僅是威力強大的一個經濟武器，也是從國際間退守孤立的重大保障。傑斐遜希望禁運之後，本國自己的製造品能夠應運而生，用來取代英國的產品，這一項的確是做到了，從此國內的農產品達到了自給自足的狀態。後來，全國其他行業也都轉成小工廠的經營，全國得以堅定地獨立著。這樣可以避免不去蹚結盟締約的渾水，而且美國要在經濟與地理位置的孤立中繼續頑強生存。當然，傑斐遜從開始知道要實施禁運，是要付出一定代價的，但是傑斐遜認為，暫時的劣境可以避免國人陷入更危險的情況，而事實證明他確實是對的。
禁運在1809年3月被廢止，這時傑斐遜還沒有離任。之後，除了英、法兩國，所有的貿易重新開啟，這樣就使麥迪遜的新政府不用再為了什麼去低聲下氣地討價還價了。隻是，麥迪遜不知道，當他顫抖著雙手在國會裏要求宣戰的時候，英國政府已經向美國的這種“經濟武器”投降，已經撤銷了通令。但是當時通信科技沒有這麼發達，要不然就不會有戰事的發生了。