達爾文出身於一個篤信宗教的家庭，對於《聖經》的教義他自小深信不疑。他聽了格蘭特讚揚拉馬克的話後，有些不以為然，他說：“格蘭特，拉馬克的學說怎麼能輕信呢，我們可不能懷疑《聖經》上的真理啊。”格蘭特笑了笑說：“如果我們能夠到世界各地周遊一番，對自然界進行詳細認真地考察，或許我們就能知道真理到底是什麼。”雖然如此，達爾文對進化觀點之類的純理論問題不感興趣，現在他熱衷的是對生物界的考察和對動物機體的研究。
達爾文在1826年和1827年度過了兩個快樂的暑假，在這期間，他第一是旅行和遊玩，第二便是打獵，他還常去他舅舅韋季武德的梅爾莊園。達爾文是舅舅一家寵愛的人。舅舅、查洛蒂表姐、愛瑪表姐都很喜歡他，他在梅爾莊園總是感到十分快樂。盡管達爾文對大學的必修課程學不進去，但他早在童年時代就表現出來的對自然科學的愛好，卻得到了進一步的發展和培養。他結交了一大批年輕的自然科學家，考察了分布在海岸邊的動物群，掌握了一些研究自然界的新方法，參加了大學生們組織的普林尼學會的活動，並且還訪問了一些其它的自然史學會。假期的遊玩和打獵使他得到了鍛煉，更加把他訓練成為一個野外的博物學家。
達爾文進入愛丁堡大學學醫兩年後，他的父親卻失望地發現，要兒子成為一個名醫的願望幾是不可能實現的。
達爾文對醫學已經失去了最初的熱情，他不去上課，也不參加考試，也不進行外科實習。他曾經對他的姐姐說過他那些不愉快的手術經曆。他父親也知道他對打獵和運動人迷，但他不願意讓兒子遊手好閑，希望他能夠找一個正當的職業，於是，他想讓達爾文成為一名牧師。達爾文十分聽從父親的話，但他要求父親允許他認真閱讀一下神學著作，以便確認一下是否可以把所有的教義都當作真理。父親答應了他的要求。達爾文在認真閱讀了有關的神學書籍之後，認為《聖經》上的真理是無可懷疑的。於是，便接受了父親的建議，於1828年聖誕節後不久進人劍橋大學神學係學習。如果想到達爾文以後的理論受到教徒們猛烈地攻擊，而他本身還曾是個神學係學生，這的確是件十分有意思的事。或許正是因為達爾文曾專門學習過神學，他對它的批判才顯得更為有力。
盡管老達爾文醫生是個十分聰明的人，但是，他仍然難以理解兒子對自然科學濃厚的興趣。在當時人們的心目中，搞科學研究並不是一件正經事，是歪門斜道。但正是這些歪門斜道仍然強烈地吸引著達爾文。他不能夠使自己全力學習神學課程，就像他在愛丁堡不能全心學習醫學一樣。但是為了不讓父親傷心和失望，他盡力約束自己去完成神學課程。他采取了平時不上神學、語文、數學等課程，而臨近考試時，便臨時抱佛腳去臨陣磨槍，盡管如此，他的神學成績也不算壞，一旦考完試，他便把神學扔到了一邊。
那麼，達爾文不上課的時間去幹什麼呢？當然是他那些昆蟲。他人迷地收集昆蟲，並對收集到的昆蟲作了極詳細的記述。他曾為了甲蟲的問題同一位昆蟲學家發生爭吵，每當考期臨近，他便抱怨考試使他沒有時間去抓一隻昆蟲。他結識了動物學家霍普教授和研究昆蟲的著名專家斯捷芬斯，經常把自己收集到的罕見的昆蟲標本寄給他們。當達爾文看到斯捷芬斯編寫的關於英國昆蟲的書《不列顛昆蟲圖解》中標有查理·達爾文先生采集的字樣時，內心無比激動，就像工匠第一次看見自己的作品那麼高興，看到自己的名字被印在書上，他覺得自己也能為科學研究做一點貢獻，這無疑推動他繼續從事心愛的事業。
劍橋大學除去必修課外，還開設公共課，有著名的塞治威克教授講的地質學，還有亨斯羅教授的植物學課程。達爾文對亨斯羅教授的課特別感興趣。亨斯羅教授是個知識淵博的博物學家，通曉多門科學，具有豐富的植物學、昆蟲學、化學、礦物學、地質學的知識。他態度謙和，很喜歡年輕的學生，每周在家裏接待一次客人，客人中有學生、教授、科學家。亨斯羅教授的家成了博物學家聚會的地方。他們無拘無束地探討各種問題。達爾文通過朋友的介紹也參加了這個聚會，並很快同亨斯羅教授交上了朋友。在劍橋的最後幾年中，他們幾乎天天在一起散步，以至於人們稱達爾文是“常同亨斯羅一起散步的那個人，”他同亨斯羅教授的友誼對他一生產生了巨大的影響，並導致了後來的環球航行。
亨斯羅教授家的聚會對達爾文的成長起了很大的促進作用。這個時期，他還閱讀了天文學家約翰·赫瑟爾所著的《自然哲學的初步研究》，它激起了年輕的達爾文的熱情，使他產生了用自己菲薄的力量為建立自然科學的大廈作一點貢獻的願望。這本書同前麵提到的洪保德的《南美旅行記》是對青年達爾文影響最大的兩本書。