關於這次航行，決不是一次純科學性的旅行，這次探險的任務之一是研究和詳細勘察南美洲的東西兩岸。但是，政治上和經濟上的任務，則是這次航行的基本原因。當時的英國，力求奪取南美洲的市場，力求促成英國的資本滲透到這個洲的各個國家中去，以此來控製這些國家的經濟。因此，這次探險的目的，是為英國的殖民擴張提供方便，而以科學探測的名義，隻不過是掩飾殖民目的的一個最方便的借口罷了。當然，達爾文與這個政策和目的是毫無關係的，雖然這次旅行決定了達爾文一生的事業。
此刻，達爾文正站在船頭，迎著海風，望著遠天的白雲，思緒萬千。望著漸去的海岸線，想起岸邊送別的親人，想起了嚴厲的父親，慈愛的舅舅，愛瑪表姐，亨斯羅老師，想起了童年花園裏的化學實驗，想起了愛丁堡美麗的海濱，想起了劍橋，22年的生活在眼前一幕幕閃過，不由感慨不已。雖然經過種種迂回曲折，他終於走上了這條屬於自己的道路，而這條路也僅僅是開始，未來的路途上有多少艱難在等待著他呢？略帶腥鹹的海風吹起他的頭發，一群海鳥鳴叫飛過，遼闊的大海使他這顆年輕的心生出一股豪情。父親啊，祖國啊，你的兒子遠離你，是為了給你爭取更大的光榮，你們等著吧！不論千難萬險，我一定會帶給你們珍貴的禮物。
正當達爾文在船頭思潮澎湃之時，忽然聽到船尾傳來一陣哀叫聲。那是費支羅伊艦長在鞭打犯紀的水手，因為聖誕節晚上全體官兵都喝得酩酊大醉，以至於推遲了起航的時間。費支羅伊艦長十分生氣，把一些醉酒的水手綁在鐵鏈上，不時地施以鞭打體罰。聽到這一陣陣呼喊聲，他急忙走近去看，隻見費支羅伊艦長正揚起皮鞭抽打科恩。科恩在皮鞭下痛得亂叫，讓人十分不忍心。達爾文走上前去，盡量溫和地拖住艦長的胳膊說：“艦長先生，你為什麼這樣打他?”
費支羅伊之所以是個深孚眾望的指揮官，就在於他賞罰分明，對待自己和別人要求同樣嚴格，對待違紀的人從不手軟。所以，他此時不滿地看了達爾文一眼說：“他違反紀律，理應受罰，這是我船上的規矩，達爾文先生，你還是少可憐這些醉鬼，到甲板上去散步吧。”
達爾文懇切地看著艦長的眼睛說：“先生，就算他違紀，應當受罰，不過他也認識到自己的錯誤了，航行剛剛開始，路還長著呢，您就饒過他吧。”
費支羅伊艦長用雙鷹一般的眼睛盯了達爾文一會兒，達爾文微笑著對著他，他氣呼呼地扔下鞭子說：“給我滾吧，看在達爾文先生的麵子上，這次就饒了你，不過，你不要讓我看到有下一次。”說罷轉身而去。
科恩麵帶感激地對達爾文說：“達爾文老爺，您真是個好人，科恩隨時願意為您效勞。”達爾文微笑了一下說：“快去休息吧!”
科恩感激地離去了。達爾文心中卻無法平靜，當他目睹這一幕暴力事件時，他那顆善良的心就忍不住為之惻隱，人與人之間本來應像兄弟般友愛，卻為何又相互施以鞭打和刑罰呢？他又想起了那3個火地島的印第安土人，他們正在船上默默地勞作。當達爾文在船頭思念親人，夢想著未來的事業時，他的心中一點也意識不到這些事情的存在，可一看到這些，他的心就再也難以平靜下來。除了令人醉心的科學研究和美好的事物，世界上畢竟還有這些生活在底層的人們，有著讓人無法接受的東西。達爾文輕輕吸了一口氣，默默走回艙罵。
“貝格爾”號以每小時七八海裏的速度飛速前進，達爾文平安地度過了第一個晚上。軍艦穿過英吉利海峽，駛入一望無垠的大西洋。向四麵望去，全是一片茫茫的大水，看不到一點陸地，這艘軍艦就像是一片樹葉一樣在大海中飄蕩。達爾文記起自己的職責，他便在船尾安了一個網，捕捉海生的動植物。軍！&雖然躲過了海的風暴，卻遇上了驚濤駭浪，從踏上船板的第二天，達爾文便開始遭受折磨，這種折磨整整持續了1周。一陣陣狂風把海水卷上甲板，小軍艦被打得像個東搖西晃的醉漢。第一次參加遠航的達爾文覺得心髒咚咚直跳，他不停地嘔吐，連黃黃的膽汁也吐了出來，一連幾天，什麼東西也吃不下，周身疲軟乏力。這次暈船使達爾文無法進行工作，他不停地向著天空祈禱著：“讓海浪平靜下去吧!”可海浪舊起勁地咆哮著。達爾文嘔吐不止，渾身軟綿綿地躺在狹窄的艙內吊床上，當軍艦經過馬德拉群島時，他甚至沒有力氣登上甲板去看一看這個群島。他隻有躺著跟蘇利文準尉或費支羅伊艦長談話，或是讀一讀洪保德和其它旅行家寫的熱帶風光的著作，以此來排遣時光。
在暈船期間，達爾文的情緒有些低落，也為不能盡快投入工作而感到焦急，蘇利文準尉常陪他聊天，看護著他。那個被鞭打的侍者科恩還給他送來一盤葡萄酒和葡萄幹，他對達爾文說：“老爺，這是我特意給你搞來的葡萄幹，這對暈船的人很有用。”達爾文謝了科恩，吃了些葡萄幹，果然，他的精神好得多了，便和科恩交談起來。
科恩告訴達爾文說：“達爾文老爺，第一次出海的人都會暈船的，我們剛上船的時候也是這樣，不用多久你就會好了，關鍵是你不要太在意它，你越怕，它越不好，你不去管它，就會慢慢習慣了。”
聽了科恩的話，達爾文笑了：“對，科恩，你傅得很對，你放心好了，我會熬過這一關的。”
風暴終於平息下來，達爾文也慢慢適應了海上的顛簸。他站到甲板上，看著平靜的海麵心情逐漸舒展起來，平靜的大海顯出了它美麗的一麵，這景色足以補償暈船所遭受的折磨。費支羅伊艦長拍著他的肩膀說：“科學家，怎麼樣，大海的滋味如何啊?想回家的話可以乘返回的英國船，前麵的苦頭還多著呢。”達爾文聽了微微一笑，望著遠方說：“放心吧，我會完成我自己的使命的。”
在比斯開灣的風暴之後，到美洲的路程大都是在風平浪靜中度過的。在船上的時候，達爾文靜靜地讀了一些書。臨行時亨斯羅教授曾贈給他一本新出版的萊伊爾的《地質學原理》第一卷。萊伊爾這本書，對當時在地質學上占統治地位的災變論者觀點，進行了有力的駁斥。法國科學家居維葉提出的連續災變說認為：“擁有現代動物群和現代各民族的當今世界，並不是一個很古老的世界，它從最後一次災變時起就存在。這最後一次災變就是《聖經》和傳說中的世界性大洪水。災變理論與《聖經》是相一致的。當時的地質學也為宗教服務，解釋一切現象都以《聖經》第一章“創世紀”為依據，認為地球、生物、宇宙間的一切，都是上帝在6000年前創造的，創造出來之後就沒有什麼變化。可是，許多新的地質學和生物學的許多發現，就無法用創世紀來解釋。居維葉就用連續災變說來解釋這一切，說地球曾發生過多次周期性的大災變，每次大災變之後，上帝又重新創造一切。麵對災變理論的駁斥，則成了科學和宗教傳說以及神話作鬥爭的一個階段。