有一天傍晚，達爾文和科恩圍著篝火在休息,火上放著些食物。這時，一群行動敏捷的秦卡鳥飛來啄食他們的烤肉，科恩站起來趕它們，它們吱吱叫著飛走了。
“科恩，你聽，這些秦卡鳥的叫聲和智利的秦卡鳥叫聲有什麼不同嗎？”達爾文說。
“沒有啊，老爺，你總是那麼細心，我可沒有聽出它們有什麼不同。”科恩說。
“你再認真聽聽”“啊！我聽出來了，老爺，是有些不一樣，可怎麼不一樣，我也說不清楚。”
達爾文說：“科恩，你有沒有發現，這裏許多動植物都和南美大陸上的同種動植物有所差異，更為奇怪的是，這兒各個島上的同一種動植物都有所差異。”
達爾文認真地思索著這些有趣的問題。按照當時博物學家們固有的觀點，動物和植物是被它們生存於其中的那一部分環境所決定的。那麼，這些離大陸很遠的土壤性質相同的熱帶島嶼上的動植物群都應，當是相同的，即使這些島嶼彼此相距很遠，隻要環，境相同，也應當是如此。比如說，加拉帕戈斯群島上的動植物與美洲大陸的動植物形態相近，而佛得角群島上的動植物卻與非洲大陸上的動植物相類似，它們都與它們相接近的大陸的動植物相近，但它們又都與大陸上的動植物有所不同。這就使人們認為它們都是由同一個根源所產生的，同時又認為物種是可變的，是進化的。
“為什麼生長在加拉帕戈斯群島上的基本生物是按美洲類型的生物創造出來的呢?”達爾文自言自語地問道:“為什麼這十幾個群島的氣候、土壤性質、地形高度都是那麼一致，島上的生物類型卻不相同呢？在詹姆斯島上發現的38種植物中，有30種是這個島所獨有的；阿爾貝馬爾島上的26種植物中，有22種是這個島所獨有的；同樣都是地雀，為什麼嘴殼的長度都不一樣呢？怎樣用傳統的博物學觀點來解釋這一切？又怎麼用《聖經》來解釋這一切呢?”達爾文努力尋找，從《聖經》上找不出一句解釋，反而使《聖經》上講的話在這事實麵前顯得蒼白無力。“《聖經》上說的不對，物種不是不變的。”達爾文自信地說道。
達爾文回到了艦上，在狹窄的船艙裏寫他的旅行日記，在這裏，他最早產生了進化的觀點。由於他的認真考察，更增加了他對這一看法的確信。他總結說：“在這些群島中的每一個島嶼，都可以找到一個品種，並且每個品種都有特殊的變異，可以推斷，島上的生物是在島嶼形成之後由南美洲遷來安家落戶的，由於海洋的隔離作用，它們各自在島上形成了獨特的物種。《聖經》上的解釋是不可信的。”當他同費支羅伊艦長說起這個看法時，傳統而保守的艦長露出了大惑不解的神色，他對達爾文笑著說：“我的朋友，你怎麼能得出這個結論來，這就是一路考察的結果嗎？不可思議。”艦長像是聽到一件荒唐至極的事情。
達爾文耐心地對艦長解釋了群島上的物種的分布情況，並且以地雀的嘴殼長度為例，來說明這個問題。
艦長聽完後很不以為然地搖了搖頭說:“你的想法不對，這裏的地雀嘴殼又短又厚，正好說明了問題，那是因為上帝對小鳥的非凡的關心，陚予它們強有力的嘴巴，是為了讓它們在堅硬的岩石上尋找食物的方便，朋友，上帝的每一個造物都是有目的的，而且也是完善的，我們不應該懷疑《聖經》上的話。”
達爾文微微一笑：“既然是這樣，這裏的每一處岩石都是同樣的堅硬，而上帝為什麼煞費心思地把它們的嘴殼造出四種長短不同的種類呢？隻須一種便足夠了呀，上帝沒有必要在小鳥嘴的長度上做文章，再說又何必在不同的小島上造出不同種類呢?”“是的，就是這樣，盡管如此，可是，就是這樣，上帝對每一件微妙的事物自有其安排，那是我們凡人所無法預知的……”費支羅伊艦長有些張口結舌，說不下去了，盡管達爾文不能將費支羅伊艦長一下子說服，但他對自己的理論充滿了信心。
本來，達爾文環球航行的目的是以地質學考察為主的，在考察生活的最後一年，他也幾乎把全部精力集中於地質學考察上，可是，加拉帕戈斯群島上的發現,使他把主要精力放到了生物學研究上，並且在以後的研究中，寫出了大量的生物學著作。加拉帕戈斯群島也因此而成為了世界上最有名、最大的自然博物館。
從加拉帕戈斯群島出發，“貝格爾”號軍艦向西航行，開始了在太平洋的漫長航行。環球航行生活進入了尾聲，在太平洋上可供搜集的博物學資料也不多，雖然這對嗜工作為生命的達爾文來講有些遺憾，然而生活卻並不枯燥，這倒可以使他觀賞沿途的風光，愉快地度過他的航行生活。
首先，他們抵達了旅行史上有名的塔希提島，這個長滿了香蕉樹、椰子樹、麵包樹的低地島嶼，給達爾文留下了深刻的印象，海灣四周環繞的珊瑚礁擋住了海浪，構成了獨特的熱帶風景。島上的居民熱情、好客，也給達爾文留下了愉快的印象。