《黑衣人2》的故事發生在《黑衣人1》的五年之後，在成功阻止蟲族得到宇宙能源“銀河係”之後，K選擇了退休並放棄了所有關於黑衣人的記憶，而由他親自挑選並培養出來的J成為了黑衣人組織如日中天的高級成員，很可惜J一直沒有找到合適的搭檔，沒有人可以分擔工作上的壓力讓他的情緒有些狂躁。而就在J再次解雇了自己新的搭檔的時候，地球又麵臨著一場滅頂之災。
卡洛瑟星種族一直覬覦侵占薩塔星球，而薩塔之光則是薩塔星族守護自己星球的關鍵所在。25年前，薩塔星公主攜帶薩塔之光逃到了地球，為了避免地球卷入這場星際爭鬥，黑衣人K當著卡洛瑟星女王瑟琳娜的麵發射了一艘宇宙飛船，並謊稱這艘飛船中承載著薩塔之光，最終騙得瑟琳娜為了追逐那艘飛船而離開了地球。25五年後，發現自己上當得瑟琳娜再次造訪地球，這一次不找到薩塔之光她不會善罷甘休，同時一名叫做勞拉的黑人女子也被卷入其中，並和J產生了一種莫名的感情。為了了解事情的真相，並摧毀瑟琳娜的陰謀，勢單力薄的J不得不去尋找昔日的搭檔K，並為其恢複記憶，再次攜手為捍衛地球而戰。
每一次被傳送進恐怖片世界之後，張程都會先看看這一次的新人和打量一下周圍的環境，不過這一次他卻迫不及待的查看手表中顯示的任務，而其他中洲隊員基本上也都是這個動作。
主線任務：阻止瑟琳娜殺死勞拉，勞拉死亡則任務失敗，全體抹殺。毀滅小隊將在5天之後進入《黑衣人2》世界，殺死對方輪回小隊未解開基因鎖隊員獎勵D級支線劇情一個，1000點獎勵點數；殺死對方輪回小隊解開基因鎖隊員獎勵B級支線劇情一個，5000點獎勵點數。本小隊殺掉對方輪回小隊一人積正一分，被對方輪回小隊殺掉一人積負一分，最終分數乘以2000，將是最終所得獎勵點數，如最終獎勵點數為負則被抹殺。
看到手表中顯示這一次的對手真的就是毀滅小隊，張程的心中不由的一怔，中洲隊的運氣還真是有夠糟糕，而且湊巧的是，恰恰上一次中洲隊進入《黑衣人》世界的時候，也是遭遇了遠強於自己的德洲隊，並傷亡慘重，幾乎團滅。看來《黑衣人》世界對於中洲隊來說還真是一處不祥之地。
還沒等張程他們從不幸的消息中反應過來，突然主神的聲音在眾人的意識中響起。
“經查詢，毀滅小隊之中有三名隊員為中洲隊死亡隊員複製體，其中一名隊員為進入輪回世界十強排名，是否立刻召喚這三名隊員進入本世界，60秒內做出選擇，否則當做自動棄權。60、59、58……”
“這是什麼意思？”張程急忙向何楚離問道，而主神倒計時的聲音猶如重錘一般在敲打著張程的內心。
“我終於明白了毀滅小隊會和其他輪回小隊不死不休的真正原因，主神的這種安排還真是有趣啊。”雖然倒計時的聲音同樣在何楚離的意識中響起，可是似乎她對此並不是十分著急。