總的來說，牛頓的晚年載滿了榮譽與財富。尤其是他在世的最後幾年中，國內外的各界人士不斷地向他表示尊崇和讚揚；他在英國的宮廷中也享有很高的榮寵。
牛頓終身未娶，但他仍度過了一個寧靜與滿足的晚年。他雖年事已高，但五官端正、輪廓鮮明、臉色紅潤，兩眼炯炯有神，始終沒有什麼嚴重的疾病。在他那舒適、豪華的住宅裏，漂亮快活、機敏詼諧的外甥女凱瑟琳·巴頓替他管家。一直到1722年，當牛頓80歲時，患了風濕病、膀胱炎和膽結石。朋友們為他找來了最好的醫生給他治療。同時，又為他在肯辛頓安排了空氣新鮮的新居。盡管病痛日益加重，但牛頓仍然認真做好在皇家學會所承擔的每一項具體的工作。
1727年2月28日，牛頓親自主持了皇家學會的一次大會。許多會員看到這位鬢發斑白的老會長，如此興致勃勃地出席了大會，感到由衷的喜悅和敬佩。但是，誰也未曾料到，這次大會竟然成了牛頓和皇家學會及會員的告別儀式。3月4日，當牛頓返回肯辛頓後，病情惡化，兩名醫生為他作了診斷。85歲的牛頓預感到死神已開始向他伸手了。幾天來，每當牛頓閉上雙眼的時候，逝去的往事，便一幕幕地浮現在他的眼前：幼年時家境的貧寒、孤苦與一係列神奇的幻想；青少年時那令人心醉的探索、發明與發現；中年時的輝煌成就與不斷的爭論；暮年時的榮譽、財富與滿足，這一件件、一樁樁的往事接連不斷地閃現在眼前，使病榻中的牛頓激動不已……3月18日，可怕的病魔不斷地折磨著牛頓，使牛頓失去知覺。1727年3月20日深夜，這位享年85歲的偉大的科學家，最後一次睜開雙眼，深情地望了一下那曾經使他傾注他一生心血的蒼茫宇宙，然後從容地收回目光，與世長辭了。
牛頓是人類曆史上第一位獲得國葬的自然科學家，他被隆重地安葬於威斯敏斯特教堂。全英國和全世界都為他舉哀。現在，他仍然安息在倫敦威斯敏斯特大教堂的榮譽公墓中。那裏有許多英國曆史上著名的藝術家、科學家、政治家、元帥和海軍上將等已故偉人在陪伴著他。牛頓的親戚在他去世4年後，為他建立了一座雄偉的巴洛克式的紀念碑，上麵刻有以下的墓誌銘：
“這兒安睡著伊薩克·牛頓爵士，他以超乎常人的智力，用他所發明的數學方法，第一個證明了行星的運動和形狀、彗星的軌道和海洋的潮汐；他研究了各種不同的光線，以及由此所產生的顏色的性質，而這些都是別人連想都沒有想到的；對於自然、曆史和‘聖經’，他是一個勤奮、敏銳而忠實的詮釋者。他用哲學證明了上帝的威嚴；他度過的是新教徒式的簡樸的一生。所有活著的人都為有他這樣一位人類偉人而感到幸福。伊薩克爵士生於1642年12月25日，卒於1727年3月20日。”
阿爾貝特·愛因斯坦曾經深情地說過：“想起他（牛頓），就會想起他的著作。因為像他這樣一個人，隻有把他看做是尋求永恒真理的鬥士，才能理解他……”由此可見，這位創立了現代物理學和現代宇宙學的科學家對牛頓獻身科學的一生，充滿了無限的敬仰和欽佩。
而牛頓在他彌留之際卻給後人留下了一段耐人尋味的話語：
“我不知道世人對於我是怎樣的看法，但是在我看來，我不過像一個在海濱玩耍的孩子，偶爾很高興地拾到幾顆光滑而美麗的石子或貝殼；但那浩瀚無邊的真理大海，在我的前麵卻還未曾被我發現。”
§§第二章 法拉第