此後幾年後勤建設特別是中越邊境自衛還擊戰後勤保障實踐證明，總部不直接領導戰略後方倉庫，不直接管理戰略儲備不行。為此，從1977年初開始，總部就開始論證重建戰略後方基地管理體係。
1980年1月，洪學智同誌再次回到總後任部長，這是他第二次就任這一職務。麵對新的形勢，洪部長堅決貫徹中央軍委的決議，明確提出現代化的軍隊必須要有與其相適應的現代化後勤來保障，要加強後勤戰鬥化建設。隨後，他親自組織在全軍後勤係統開展了一係列大調查、大整頓、大建設。就其規模、範圍和解決問題的廣度和深度來說，這些措施在我軍後勤史上是空前的，對於推動我軍後勤工作和發展起到了積極作用。
也正是在這一時期，重建戰略後方基地管理體係的問題，再次成為洪部長十分關心和重視的問題。他認為，在現代戰爭條件和國力軍力有限的情況下，後勤力量管理過於分散，不利於實施集中統一保障，為了便於平時合理調配和使用有限的後勤資源，戰時對各戰區實施強有力的支援保障，總部必須直接掌管戰略儲備和相應的保障機構。為此，他親自組織開展了一係列的調查論證工作。
1981年1月，經軍委批準的全軍後勤工作要點明確提出，要會同總參研究儲備計算依據和儲備標準，建立戰略、戰役和戰術三級儲備責任製；搞好儲備物資的推陳儲新，製定物資儲備管理和戰時物資動員辦法；研究戰略、戰役後方倉庫的區分和調整方案，並著手進行調整工作。有重點地抓好戰略後方基地倉庫的調整和建設。
同年四五月間，在洪部長的親自指示和關注下，總參作戰部、軍務部和總後司令部、營房部聯合組成調查組，分別對南線、北線戰略後方倉庫建設和管理情況進行了調查。調查報告認為，戰略後方倉庫存在的突出問題是管理體製不適應任務的要求，主要表現在：一是管理與使用脫節，削弱了對倉庫工作的領導；二是領導多頭、職責不清；三是割裂了戰略後方基地和戰略倉庫群的組成，不利於統一建設和管理。對戰略後方倉庫下放軍區管理帶來的問題，各戰略後方倉庫反映比較強烈，普遍要求倉庫的人、財、物應當由總部統一管理，實行誰管物、誰管庫的管理體製。有關軍區也反映現行管用脫節的體製問題很多，希望總部把戰略倉庫收回去。為此，調查組建議，應適當調整現行的戰略倉庫管理體製：一是收回戰略倉庫，實行三級儲備、三級管理；二是戰略後方基地按北中南三線配置，明確戰時任務；三是調整組建相應的機構，對戰略後方基地實施統一領導和管理。
1982年10月至1983年4月間，在洪部長的親自領導下，總後組織11個工作組，共381人參加，曆時近半年時間，對全軍千餘座戰略、戰役後方倉庫和隊屬倉庫進行全麵調查，對戰略後方倉庫管理體製中存在的問題和解決的思路更加清楚了。洪部長還親自身體力行，先後到昆明、廣州、武漢3個軍區，聽取倉庫調查彙報，並親自深入到21個倉庫直接調研。
全軍倉庫大調查結束後，洪部長親自聽取彙報，並圍繞建好、管好、用好倉庫提出了具體意見，他還要求調查組要搞好向軍委首長的彙報，做好召開全軍倉庫工作會議的準備工作。1983年7月，軍委常務會議專題研究全軍倉庫工作問題。會議觀看了全軍倉庫調查錄像，聽取了總後劉明璞副參謀長的彙報，對一些重大問題進行了認真審議。會上，軍委楊尚昆副主席和餘秋裏、楊得誌副秘書長都作了重要指示。會議對將戰略後方倉庫收歸總部集中統管，重建戰略後方基地管理機構等問題，形成了一致性意見。
應當說，1977年至1983年間，總部機關圍繞戰略後方基地建設、戰略後方倉庫管理等問題進行了大量的、深入的、充分的調查研究，所提出來的意見、建議和結論是科學的、合理的，是符合我軍後勤建設和戰略後方基地建設與發展方向的，也是建設現代化正規化軍隊、保證未來作戰需要的一項重要舉措。
1983年以後，將下放到各軍區的戰略後方倉庫收歸總部統管，在總部機關和相關軍區基本達成共識，但何時收、收哪些、怎麼管？則需要慎重實施和選擇適當機會。此後進行的全軍“百萬大裁軍”，則是一個很好的機會。
1985年8月，軍委召開擴大會議，軍隊實行精簡整編，裁軍100萬，武漢、昆明、福州、烏魯木齊軍區等單位撤銷。開會前幾天，我因腰傷到鹹寧住院去了，電報一來，叫我去參加會議，我當時還爬不起床，就建議由後勤部馬兆昆政委去，軍區首長同意了。會議差不多開了一半，我出院了，軍區嚴政政委從北京打電話來，要我馬上到北京參加會議，並說是總後洪部長的意思。
到了北京，洪部長就找我談話，當時參加談話的還有時任總後副部長兼副政委趙南起同誌、總後司令部副參謀長劉明璞同誌。洪部長說：軍隊裁減100萬，武漢軍區撤銷，總後準備以武漢軍區後勤部為基礎，成立基地指揮部，新的基指牽涉範圍很廣，把各軍區管的戰略倉庫都收回來，但沒說具體單位；還說再給配幾個年輕的（助手）。我當即表了態：一是感謝總後首長對武漢軍區後勤部機關和對我本人的信任；二是自己年齡剛好滿60歲，最好能退下來，找年輕的同誌來擔任此工作。洪部長說，全軍整編裁員100萬，好多老同誌想工作沒位置，你不想幹也得幹，幹不好就找你。很明白，就是把任務壓給我了，隻能盡力幹好。
在全軍百萬大裁軍的形勢下，許多單位都盡量保自己的單位不撤或少撤，總後把自己原有的西安基地指揮部撤銷了，把武漢的基地指揮部弄起來，這說明洪部長看到了武漢位置重要，總部依托武漢南上北下，西進東出，對各個戰略戰役方向實施支援的意圖是很堅定的。在基指機關如何編設的問題上曾有過爭議。當時圍繞基指編製體製設置中的一些重大問題，都是洪部長親自過問、親自拍板，或由他親自出麵向軍委首長彙報和與有關部門協調後確定的。
1985年10月15日，總後勤部下發了《關於組建基地指揮部的命令》，10月18日上午，基指成立大會在武漢黃浦路禮堂隆重召開。出席大會的有：中央軍委副秘書長、總後勤部部長兼政委洪學智，總後副部長兼副政委趙南起，副部長劉明璞、宗順留，原武漢軍區、湖北省、武漢市和廣州軍區、湖北省軍區等領導同誌，以及基指所屬團以上單位主要領導和部分駐漢單位的幹部，共約1100人。
大會由劉明璞副部長主持。洪部長宣讀了中央軍委關於總後基地指揮部領導班子的任職命令，我任基指司令員，還有基指其他領導的任職。基指政治委員一職暫時沒有任命。