馬錫五在邊區近七年的司法工作中，審判、調解了大量刑事、民事案件，及時糾正了一些錯案，使違法者受到應有的製裁，無辜者獲得釋放，人民的合法權益得到保障，方便人民訴訟，因而深受邊區人民的歡迎和愛戴，群眾親切地稱頌他為“馬青天”。
馬錫五審判方式，既是馬錫五多年審判實踐的經驗總結，也反映了整個邊區的審判方式之精髓所在。即：實事求是的司法態度；依法辦案的原則精神；群眾路線的審案方法；徹底民主的審判作風。它已影響和感染了幾代中國法官，是我國審判寶庫中珍貴的曆史遺產。馬錫五審判方式，對我們法官洞察民情、秉公斷案有不可估量的學習價值。
（一）深入農村，調查研究，實事求事，依法正確斷案
我國過去曆代法官審判案件，大都坐堂問案，證據力之強弱由推事認定，悉憑法官之心理判斷。這樣的審判方式，遠遠不適應也不符合陝甘寧邊區民主政權的要求。但是，邊區當時還來不及健全法製，有些司法機關判案仍是坐堂問案，寫裁判書仍引用《六法全書》有關法條，加之多數司法幹部未經過正規訓練，理論水平低，工作方法簡單，時有損害工農群眾利益的事件發生，群眾多為不滿。馬錫五總結曆史審判實踐的經驗和教訓，結合邊區發生的案件多在廣大農村的實際，繼承發揚蘇維埃政權時期幹部深入農村、聯係群眾、發動群眾、調查研究的革命傳統，創造了一整套簡便易行、方便群眾、新的人民民主的審判方式。馬錫五處理華池縣封棒兒和張柏兒婚姻案就是一例。1928年，三歲的封棒兒由其父封彥貴包辦，與張金才次子張柏兒訂婚。1942年5月，封彥貴為了多索聘禮發財，便教唆封棒兒以婚姻自由為借口與張家解除婚約，同時暗中以法幣2400百元，硬幣48元，又將封棒兒許給城壕川南源張憲芝之子為妻。張金才獲悉後告到華池縣司法處，該處判決封棒兒與張憲芝之子婚約無效，但對封彥貴收取張家聘禮隻字未判，對封彥貴的買賣婚姻的違法行為，亦未作處罰。1943年2月，封棒兒和張柏兒在親戚鍾家吃喜酒偶爾相遇，情投意合，雙方表示自願結為夫妻。同年3月，封彥貴再次以法幣8000元、硬幣20元、嗶嘰布4匹，將封棒兒另許給慶陽新堡區朱壽昌為妻。張金才得悉後，即令張金貴等20多人，持棍棒等器械，於同年3月13日深夜闖入封彥貴家，封姓驚恐四散，遂將封棒兒搶回成婚。封彥貴即告至縣上，一審判決張金才有期徒刑六個月，張柏兒、封棒兒婚姻無效。當時封、張兩姓均不服判，附近群眾亦多為不滿。經上訴，馬錫五受理了此案。馬錫五首先向當地區鄉幹部和群眾詳細調查了解此案案情，最後征求封棒兒對婚姻的主張，封棒兒表示“死也要與張柏兒結婚”，全案真相大白。即與華池縣司法處法官對此案進行公開審理，將與此案有關的各方當事人及知情人均傳到法庭，經法庭調查，證實與原調查案情無出入。認為：封姓屢賣女兒，違反政府婚姻條例，應受處罰。張家聚眾深夜搶親，既傷風俗，又礙治安，使四鄰驚恐，亦應處罰。群眾特別關心的是封棒兒和張柏兒的婚姻問題，均請求不能拆散這對幸福美滿夫妻。至此，事實清楚，群眾意見和邊區婚姻條例的規定完全一致。馬錫五遂當庭指出張金才兄弟搶親的危害性。同時，批評封彥貴買賣婚姻的行為是違反政府婚姻條例的行為，教育其要為女兒的終身幸福著想，並教育了封棒兒和張柏兒。馬錫五態度誠懇，講道理深入淺出，分析是非通俗易懂，說明利害真切感人，使雙方當事人心悅誠服。在這種情況下，馬錫五當庭宣判：依法撤銷華池縣原判；封棒兒、張柏兒自願結婚，依據邊區婚姻條例之規定，符合婚姻自主原則，準予結婚，但應履行登記手續；張金才聚眾黑夜搶親，擾亂社會秩序，依法判處徒刑；封彥貴把女兒當財物多次高價出賣，違反婚姻法令，科處苦役。對此判決，當事人均表示服判，群眾認為判得入情入理，一對青年夫妻更是歡天喜地。
再如馬錫五處理李能與胡生清婚姻自由一案。隴東分區華池縣元城區一鄉有一個姑娘叫李能，與四鄉一個青年胡生清自由戀愛，相許訂婚。李能的母親為了多吃彩禮，將李能許給八珠區郭某的兒子。引起胡、郭兩家爭婚。1942年臘月二十八日，胡、郭兩家到元城區政府打官司，區政府根據李能的意願，按照婚姻自主原則，準許李能與胡生清結婚，區上當天給李能與胡生清辦理了結婚手續，讓他們在區政府駐地舉行了婚禮。不料婚後一個多月，李能突然提出離婚，訴稱：她本不願與胡生清結婚，是區政府逼著結的。郭家也提出控告，官司打到了隴東分庭。馬錫五攜帶卷宗，到百裏外的元城區辦理此案。到元城後，就向當地區鄉幹部和群眾了解情況。後翻山越嶺，到距區政府30多裏的胡家崾峴，找李能當麵進行調查。
胡家崾峴是一個偏僻的山村，隻住著幾戶人家。他們走到村裏已是黃昏，當晚就住在胡生清家。馬錫五在油燈下，同胡家一家人一邊聊天一邊問情況，又同二位區長及知情群眾商量解決辦法，直到深夜。第二天早上，馬庭長坐在莊子門前的草地上，同李能談話詢問李能訂婚、結婚經過和離婚的真實原因，耐心向她解釋邊區政府婚姻自主的法律，勸導她珍惜自己好不容易爭取來的自由婚姻。李能見馬錫五說話和氣，語詞懇切，能為她的自主婚姻做主，就如實承認了和胡生清鬧離婚是受其母的挑唆，迫於母命。馬錫五當即把小兩口叫到當麵作了一番勸導，當天返回元城，做通了李能母親的工作，又做好郭家的工作，李能與郭家將訴狀撤回，糾紛平息。
（二）依靠群眾，堅持原則，調解處理糾紛
馬錫五在調解案件中堅持在雙方當事人自願的基礎上，共同協商，達成協議，平息糾紛。在具體調解的過程中，善於依靠有威望的群眾給雙方當事人做解釋說服工作，他為人民解決糾紛，又依靠人民解決糾紛，馬錫五常說，真正群眾的意見，比法律還厲害，三個農民佬頂一個地方官。他在物色這些人員時，一是盡量選擇熟悉當事人和糾紛情況的人，二是要在群眾中有威信，說話公道、處事公正的人，三是要和雙方當事人無親屬關係及與案件無利害關係的人。如1944年8月，馬錫五巡視曲子、環縣、鎮原三縣司法工作期間，在調解處理鎮原縣餘家灣村慕榮祥與慕榮華土地糾紛案時，就邀請了一位當地比較有威望年高66歲的老人趙啟發。這位老人掌握案情真相和症結，有時解勸，有時用事實反駁，幾句話問得雙方啞口無言，無法狡辯。最後調解結案，遂由劉鄉長負責劃分地界，並重新立約，填寫調解書。多年的糾紛一天即行解決。
馬錫五調解上訴案件，必先自己或派員深入實地，將案件事實調查清楚，明其曲直和根源，然後耐心以理開導，曉以利害，使無理者醒悟，有理者讓步，最後公平合理解決糾紛。如合水縣王家莊王治寬，父親生前買得高姓地一塊，計四段五畝，約據上明確寫道：東南北三麵俱靠王統一地，西麵靠莊窯。王治寬企圖霸占王統一家的一畝打糧場地，遂故意歪曲方向，把南麵說成西麵。經區鄉幹部及四鄰群眾調解，認為王治寬無理，王治寬不服，告到合水縣司法處，司法處隻憑呈狀所說，未去實地調查，致將場地判歸王治寬所有。王統一不服上訴分庭，雙方辯論各有各的道理，馬錫五即派石靜山推事赴當地進行調查，石靜山到實地王家莊後，先將約據上寫的房親、中證人（出賣人已經不在）等20餘人找來了解，後將居住四鄰老年知情人找來進行調查，並到爭議地塊對照約據仔細逐段丈量畝數，就地組織幹部群眾發表意見，說得王治寬理屈詞窮，承認自己企圖占地的錯誤做法，至此，全案明白，土地仍歸王統一。