學園都市，這是一個將東京西部占據並占有琦玉縣和神奈川縣一部分的圓形城市，這裏居住著230萬名人口，其中八成人口是學生的巨大都市。分為23個學區。和外部隔離，擁有領先世界20~30年以上的最尖端科技。“超能力開發”被列為學校課程的一部分，所有學生都接受超能力開發。
夜晚的學園都市並不像其他的大都市一樣熱鬧，在這個以學生為主的大城市裏，門禁時間已經過了還在街上遊蕩的學生絕不多見，因此學園都市的夜晚顯得不是很有活力。
冷清的街道上，一個白發、身形消瘦的少年在緩慢的走著，少年身上穿著印有白色條紋的黑色的T恤，血紅色的雙眼使得沒什麼表情的少年看起來有些猙獰，
（話說今天的實驗是在哪裏來著？…算了，反正那些劣質品肯定能找得到我就是了。）
少年想著這些沒什麼營養的事情，完全沒有注意到自己什麼時候已經走進了一條小巷，得到他回過神的時候，發現麵前站著一位有著茶色齊肩發的少女，少女穿著學園都市五大名校之一的常盤台中學的校服，校服的右下側別著一枚印有奇怪青蛙圖像的徽章，額頭戴著一個軍用護目鏡，纖細的身體背著一個黑色吉他箱，當然少年知道那裏麵裝的並不是什麼樂器，而是武器。
（哦，來了呢，這個是今天最後一個了吧。）
少年露出一種可以稱之為獰笑的表情看著麵前的少女，雖然麵前的少女相比自己之前遇到的那些多出一枚徽章，不過少年完全沒有注意，或者應該說是沒有在意，對於少年來說，麵前的少女就和路邊的螞蟻一樣，是那種隨隨便便就可以踩死的存在，恐怕沒有人會在意一個螞蟻與其它螞蟻有什麼不同吧。
“現在是二十點四十八分，距第九九八二次試驗十一分四十秒，請你移動到指定的地點。”
少女用著不含一絲感情的聲線和表情說道。
（雖說已經聽過很多次了，不過這種和電腦合成一樣的聲音真是令人惡心啊。）
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在學園都市內部的另外一處，一個從外表上看與正在進行什麼實驗的某個少女長相完全一樣的少女在無人的大街上狂奔，而這個外表普通的茶發少女正是學園都市七大超能力者（level5）之中NO.3，常盤台的王牌，最強的電擊公主——禦阪美琴。
今天對於禦阪美琴來說真是讓人心情複雜的一天，原本因為某個實驗終止而感到心情無比放鬆的禦阪美琴卻意外遇到了一個理應不存在的人，那是一個無論衣著還是外表都與自己相同的少女，一個因為某個實驗而被製造出來的，自己的克隆人。
難以置信，這是禦阪美琴在遇到那孩子，也就是自己的克隆人時的第一感覺，明明自己已經確認過了，實驗應該已經終止了才對，為什麼還會有這種家夥存在。
可是，就在禦阪美琴質問對方的時候，卻被告知需要通行指令，那個少女不會告訴沒有通行指令的禦阪美琴任何情報，於是，禦阪美琴決定跟蹤她，可是…
（為什麼到最後感覺像是我陪她玩了一天呢，還把娃太送給她了…真是的，這樣不就像真正的姐妹一樣了嗎）
“永別了，姐姐大人。”
這是那孩子最後對自己說的話，讓人有種不好的感覺。
禦阪美琴跑到了一個電話亭，給自己的好友，“書庫”的管理員之一，在黑客界被譽為學園都市的“守護神”的風紀委員——初春飾利，打了一個電話。
“初春，晚上打擾你不好意思，雖然很唐突，但是你知道ZXC741ASD852QWE963指的是什麼嗎？”
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學園都市內某個無人的列車終點站，一個白發少年，一個茶發少女，兩人相對而立。
“已到二十一時零零分了，那麼，第九九八二次實驗，開始。”
少女將護目鏡放下並從背後的吉他箱裏拿出了自己的武器，一柄微型衝鋒槍。
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“……這個是，什麼啊？”
學園都市中某個電話亭裏，禦阪美琴麵部表情極其僵硬的看著麵前的掌機屏幕，這裏麵是剛剛通過初春飾利解讀的通行指令，而從學園都市的“書庫”中查找出來的資料。
“絕對能力者進化計劃”——學園都市能力開發的終極目標是「SYSTEM－成為宛如神明意旨一般降落凡塵的人」，為了更進一步靠近神而需要創造出超越人類的存在——絕對能力者（Level6），以超越人類的存在理解神明的意誌。為此誕生了「絕對能力者進化計劃」。經過“樹形圖設計者”精密演算，學園都市中的七名超能力者中隻有排名第一的一方通行有機會進化為絕對能力者（Level6），但是需要二百五十多年的一般課程訓練才能進化為絕對能力者（Level6）。因為沒有能使人能夠活二百五十年的方法，因此「樹形圖設計者」有找出了另一種方法，那就是利用實戰來促進能力的增長，即準備好特定的戰場，讓戰鬥依照計劃進行以掌控“實戰中能力增長”的方向性。根據“樹形圖設計者”的演算結果，隻要準備好一百二十八種戰場將超電磁炮殺害一百二十八次，一方通行便可以進化為絕對能力者（Level6）。但是因為無法準備一百二十八個超電磁炮，所以實驗將目標鎖定在同時期進行的「能力者量產計劃」中的“妹妹們”，由於量產型的“妹妹們”具有的能力不及其素體超電磁炮的1%——也就是「Level2」的程度，因此根據“樹形圖設計者”的演算結果，隻要準備好兩萬種戰場及兩萬名“妹妹們”也可以達到相同的目的。